| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,273,641 | G→C | 17.3% | G106A (GGC→GCC) | PP_2871 → | class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,273,641 | 0 | G | C | 17.3% | 58.0 / 8.2 | 29 | G106A (GGC→GCC) | PP_2871 | class II aldolase/adducin domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/12); new base C (3/2); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
GTCCAGCCTGGTGAAGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGAACAGCAACGGCTGGTG > NC_002947/3273495‑3273771 | gTCCAGGCTGGTGAAGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGTGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACATTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCt < 8:12074/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTGAAGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGcgcg < 4:157194/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGAAGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCATCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCgg > 8:57193/1‑149 (MQ=255) aaGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACA‑CCGCGCAGCCTGCGCgggtgtgg > 6:193580/1‑141 (MQ=255) aaGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACA‑CCGCGCAGCCTGCGCgggtgtgg < 5:193580/147‑7 (MQ=255) tCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCAtt < 2:149205/148‑1 (MQ=255) tGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCAGCCTTGGAAtgt > 8:254456/1‑149 (MQ=255) gggCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACA‑CCGCGCAGCCTGCGCgggtgtgg < 1:150261/132‑7 (MQ=255) gggCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACA‑CCGCGCAGCCTGCGCgggtgtgg > 2:150261/1‑126 (MQ=255) tccTGTCATACGGTAAACACGGCCGTGTTCTTCATTGACAGTTCGATTCACGCTGCGCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGTATGCGCTGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGa < 4:138447/147‑1 (MQ=255) aTCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCAGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATg > 1:185080/1‑149 (MQ=255) ccggGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCACAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAAt > 8:134385/1‑149 (MQ=255) cggGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAAtg > 4:265118/1‑149 (MQ=255) gTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTa > 1:85499/1‑149 (MQ=255) ttCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAAt < 5:27319/137‑1 (MQ=255) ttCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAAt > 6:27319/1‑137 (MQ=255) cccGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCt < 7:57193/148‑1 (MQ=255) ccGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTgg > 1:265381/1‑119 (MQ=255) ccGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTgg < 2:265381/119‑1 (MQ=255) gcgAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGa > 7:148375/1‑148 (MQ=255) gATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACgg < 6:63854/104‑1 (MQ=255) gATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCACAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGa < 7:134385/149‑1 (MQ=255) gcgggtgtgcgtgcTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTc > 6:91918/7‑133 (MQ=255) gcgggtgtgcgtgcTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTc < 5:91918/127‑1 (MQ=255) cccGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGaa < 2:85499/149‑1 (MQ=255) tgcACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGAACAGCAACGGCtg < 7:88676/149‑1 (MQ=255) acacccacacccGCGCAGGCTGGGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGAACAGCAACGGCtggtg < 8:148375/149‑1 (MQ=255) acacccacacccGCGCAGGCTGCGCGGTGGGCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGAACAGCAACGGCtggtg > 1:23924/1‑149 (MQ=255) caccGCGCAGCCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTgg > 4:113004/3‑85 (MQ=255) | GTCCAGCCTGGTGAAGATCGACCTGCAGGGGCGGCCGGTGGGGGCTGCCTGTCATCCGGTCAACCCGGCCGGGTTCGTCATTCACAGTGCCATTCACGCTGCCCGCGAGGATGCCCGGTGCGTGCTGCACACCCACACCCGCGCAGGCTGCGCGGTGGCCGCATTGGAATGTGGCCTGCTGCCGGTCAACCAGATGTCCATGGAGTTTTACGGCAATGTGGCTTACCACGCCTATGAGGGCGTCGCGCTGGACATGGATGAACAGCAACGGCTGGTG > NC_002947/3273495‑3273771 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |