Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,342,688 | C→G | 9.8% | K5N (AAG→AAC) | yoeB ← | YefM‑YoeB antitoxin/toxin complex toxin/DNA‑binding transcriptional repressor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,342,688 | 0 | C | G | 9.8% | 110.3 / 5.2 | 41 | K5N (AAG→AAC) | yoeB | YefM‑YoeB antitoxin/toxin complex toxin/DNA‑binding transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/18); new base G (2/2); total (21/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 |
ACCACAAGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGTTTTTGGAC > NC_002947/3342540‑3342836 | aCCACAAGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCcctcc > 2:247733/1‑149 (MQ=255) aCCACAAGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCcctcc > 7:76169/1‑149 (MQ=255) caAGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTgg > 3:135608/1‑149 (MQ=255) aaGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGt > 8:97791/1‑149 (MQ=255) aGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTg < 5:49718/149‑1 (MQ=255) ccAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGaa < 3:86112/149‑1 (MQ=255) cAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAAc > 5:48939/1‑149 (MQ=255) cAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAAc < 3:79801/149‑1 (MQ=255) ccTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGAGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGACAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAAGTTCACGCTTAc > 3:9650/1‑149 (MQ=255) tCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTg > 2:71019/1‑149 (MQ=255) cGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTGGACGCTTACCTTGTcgc > 6:272363/1‑149 (MQ=255) ggCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTcgcg < 1:247733/149‑1 (MQ=255) gCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCgg < 7:97791/149‑1 (MQ=255) tCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGc > 4:157374/1‑149 (MQ=255) aGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCtt < 2:194670/149‑1 (MQ=255) ggCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCGTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCtt > 8:95686/1‑148 (MQ=255) ggCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCGTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCtt > 8:91842/1‑148 (MQ=255) ttGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGt > 3:225237/1‑116 (MQ=255) ttGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGt < 4:225237/116‑1 (MQ=255) gCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTc < 3:157374/148‑1 (MQ=255) ccGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCgc > 7:86367/1‑149 (MQ=255) acacGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCAtt > 8:209667/1‑149 (MQ=255) acacGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCAtt < 7:209667/149‑1 (MQ=255) acacGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCAtt > 4:3159/1‑149 (MQ=255) cacGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTg < 4:135608/149‑1 (MQ=255) acGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCAtt > 4:150306/1‑147 (MQ=255) acGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCAtt > 3:79034/1‑147 (MQ=255) cAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGt > 8:177782/1‑148 (MQ=255) gTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTc < 8:86367/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCaa < 3:150306/148‑1 (MQ=255) ttGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAgg < 7:177782/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGCATTCTGACAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGa < 8:76169/149‑1 (MQ=255) tCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCCTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCt < 6:48939/149‑1 (MQ=255) cGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCt > 7:244895/1‑148 (MQ=255) gCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCGTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAg < 7:91842/149‑1 (MQ=255) gCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCGTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAg < 7:95686/149‑1 (MQ=255) gCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAg < 2:73582/149‑1 (MQ=255) ccAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCgatg < 4:72875/146‑1 (MQ=255) aGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCaa > 2:253200/1‑149 (MQ=255) tAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAgc > 5:144135/1‑149 (MQ=255) ctccCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGa < 4:79034/148‑1 (MQ=255) tccCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAg > 2:75336/1‑149 (MQ=255) cAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGt > 7:187178/1‑149 (MQ=255) cctcctTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGttttt < 8:244895/149‑1 (MQ=255) cctcctTGGGGAACTTCACGCTTACCTTGTCCCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCACTGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGttttt < 1:71019/149‑1 (MQ=255) tcctTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGTTTTTg > 7:44787/1‑148 (MQ=255) ctTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGTTTTTGGAc < 6:144135/149‑1 (MQ=255) | ACCACAAGCCAGATAAATCGCCTTTCAGCGGCTCAGGCTTGCCAATACCCGTGAAGGGGGTGCGTAGGCACACGTCAATTAGGCGGTTGATGTTGCCGAGGATGGTGAGGTCGGCATTCTGCCAGTGACAGTAATCCTCCCAGCCCTCCTTGGTGAACTTCACGCTTACCTTGTCGCGGGCTTCATTCTTGTTCCGCTGCTTCTGGTTCTTGCTCATTGAGGTCCAGTTCCTTCGTCAAGGCCTGGCCGTCCCGGAGCTGAGCGATGGATGAGCGCAAGCGCGAAGCGTTTTTGGAC > NC_002947/3342540‑3342836 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |