| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,476,986 | T→G | 14.3% | E327A (GAA→GCA) | PP_3088 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,476,986 | 0 | T | G | 14.3% | 83.5 / 8.6 | 35 | E327A (GAA→GCA) | PP_3088 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/16); new base G (2/3); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
CTTACCTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAGGCGCGGTCGTCGGGGGCGTGGCATTCAT > NC_002947/3476842‑3477128 | cTTACCTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGAt < 1:26765/149‑1 (MQ=255) ccTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGAACGTGCGATCaag < 7:157035/149‑3 (MQ=255) cTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCCCGTTCGATCAgg > 6:14857/1‑148 (MQ=255) cTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAgg > 1:87566/1‑148 (MQ=255) cTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGAACGTGCGATc > 7:1056/1‑145 (MQ=255) cTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGAACGTGCGATc < 8:1056/145‑1 (MQ=255) aCGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTa < 6:233041/147‑1 (MQ=255) gTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACCTGATCGAACGTGCGATCAAGTggg > 6:56342/1‑147 (MQ=255) gTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACCTGATCGAACGTGCGATCAAGTggg < 5:56342/147‑1 (MQ=255) aaGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCggg < 5:14857/146‑1 (MQ=255) aaGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCt < 7:126582/148‑1 (MQ=255) ttATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGtt > 6:137652/1‑149 (MQ=255) tATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGtt < 8:199306/148‑1 (MQ=255) aTTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCg > 2:113668/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACt < 2:87566/149‑1 (MQ=255) cccAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGc < 1:113668/149‑1 (MQ=255) gcgGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCaa < 6:139374/149‑1 (MQ=255) caccacATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAAt < 5:137652/148‑1 (MQ=255) cTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGAt > 3:164323/1‑114 (MQ=255) tCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGt > 4:192806/1‑124 (MQ=255) tCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGt < 3:192806/124‑1 (MQ=255) cGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGt < 1:102945/121‑1 (MQ=255) cGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGt > 2:102945/1‑121 (MQ=255) cGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCgg > 3:238504/1‑137 (MQ=255) cGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCgg < 4:238504/137‑1 (MQ=255) tCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGggtg > 5:43336/1‑143 (MQ=255) tCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGggtg < 6:43336/143‑1 (MQ=255) aaCCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATgg < 3:169218/112‑1 (MQ=255) aaCCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATgg > 4:169218/1‑112 (MQ=255) ccAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCCCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGggtg < 4:22210/139‑1 (MQ=255) ccAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCCCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGggtg > 3:22210/1‑139 (MQ=255) ttCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAg > 2:3427/1‑149 (MQ=255) ttCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGACAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAg > 7:124292/1‑149 (MQ=255) gCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAGGCGCGGTCGTCGGGGGCGTGGCATTCAt < 1:3427/149‑1 (MQ=255) gCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAGGCGCGGTCGTCGGGGGCGTGGCATTCAt > 1:104709/1‑149 (MQ=255) | CTTACCTGACGTTCGTCTCAAGGCTTTTATTGCAGCCCCTAGCGGGTGCCCAGCACATCGCGGATGTTGTCCACCACATTGTTGTCCTTGATCACGTCACTCAACCAGCCTTCCAACGGCATGTTGCCCCACTTGATCGCACGTTCGATCAGGTAGGGTACCGGGCTTTGCGGTTCGCTCTGTTTGAAGTACTGGGCGATGCCCGCAAGCATGGTGAATGCCTCGTCGCGGGTCAGCGGGGTGGTGCGCAGGGCTGCAGGCGCGGTCGTCGGGGGCGTGGCATTCAT > NC_002947/3476842‑3477128 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |