Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,548,090 | C→A | 9.1% | A345A (GCC→GCA) | PP_3132 → | polysaccharide transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,548,090 | 0 | C | A | 9.1% | 134.9 / 4.5 | 44 | A345A (GCC→GCA) | PP_3132 | polysaccharide transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/22); new base A (2/2); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 |
CAAGCCGCGCCTGAAAGCGCTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAACATCATCCGCCTGGTCTCGTTATGGGGGCTGTT > NC_002947/3547955‑3548230 | cAAGCCGCGCCTGAAAGCGCTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGTGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTgg < 7:104442/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCCTGAAAGCGCTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGa < 1:17189/149‑1 (MQ=255) aaaGCGCTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCg < 3:44618/147‑1 (MQ=255) cgcTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCg > 8:142185/1‑149 (MQ=255) gCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTg > 5:65739/1‑149 (MQ=255) tttCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTgcg > 3:97267/1‑149 (MQ=255) tCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTgcgc < 4:232684/148‑1 (MQ=255) cGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCta > 1:245139/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATAc > 2:38909/1‑149 (MQ=255) ctgGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATAcc < 1:38909/147‑1 (MQ=255) ggTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGAtt > 8:25278/1‑112 (MQ=255) ggTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGAtt < 7:25278/112‑1 (MQ=255) gTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGc > 7:201080/1‑149 (MQ=255) tCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATc > 1:225524/1‑128 (MQ=255) tCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATc < 2:225524/128‑1 (MQ=255) tgctgGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCAGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCtcat < 3:248311/146‑1 (MQ=255) tgctgGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCAGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCtcat < 3:252293/146‑1 (MQ=255) tgctgGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCAGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCtcat > 4:248311/1‑146 (MQ=255) tgctgGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCAGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCtcat > 4:252293/1‑146 (MQ=255) ctgGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGgt < 7:142185/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGa > 8:84472/1‑149 (MQ=255) tgtgGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTgg < 8:201080/148‑1 (MQ=255) gtgGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTggg < 8:178986/148‑1 (MQ=255) gCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTg < 5:63119/119‑1 (MQ=255) gCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTg > 6:63119/1‑119 (MQ=255) gCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCt > 5:22874/1‑148 (MQ=255) ggTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGAc < 2:245139/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGAc > 8:80449/1‑149 (MQ=255) gTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGAc > 7:2012/1‑148 (MQ=255) tCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCaa < 4:97267/148‑1 (MQ=255) tGACCGCCAGCCCGCTGCTGATAGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGCGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACAAAGTAc > 2:201653/1‑149 (MQ=255) ccAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGc > 1:211606/1‑148 (MQ=255) ccGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGTTATCCTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGa < 4:33388/149‑1 (MQ=255) cGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGac < 6:22874/149‑1 (MQ=255) cGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGac < 7:80449/149‑1 (MQ=255) ctgATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGacaaca < 2:211606/148‑1 (MQ=255) aTCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAAcatc < 7:84472/147‑1 (MQ=255) aTGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAACATCATCCGCCTGGt > 1:13498/1‑149 (MQ=255) aCGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAACATCATCCGCCTGGTCTCGtt < 1:201653/148‑1 (MQ=255) cGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTgg < 6:183401/94‑1 (MQ=255) cGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTgg > 5:183401/1‑94 (MQ=255) cgcgAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAACATCATCCGCCTGGTCTCGTTATGGGGGCTGtt < 8:2012/149‑1 (MQ=255) cgAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTg < 2:158970/85‑1 (MQ=255) cgAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTg > 1:158970/1‑85 (MQ=255) | CAAGCCGCGCCTGAAAGCGCTGTATTTCCGCTTTCGGCTGCTGGTCGACCTGCTGGTGCTGTTCATTTGTGGCGGTTTCCTGACCGCCAGCCCGCTGCTGATCGGCTGGATGTATGACGATCGCTACCGCGAAGCCGGGCCGATGCTGGCGATTCTCTCGCTATCGTTCATCGTATTGCGCTATACCTTGGCTCATCAGGTGTGGATTGCCTTGGGCCTGACCAAGTACCAGGCCATGGACAACATCATCCGCCTGGTCTCGTTATGGGGGCTGTT > NC_002947/3547955‑3548230 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |