| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 337,809 | A→G | 14.9% | intergenic (‑59/+70) | PP_0279 ← / ← PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 337,809 | 0 | A | G | 14.9% | 81.7 / 6.3 | 38 | intergenic (‑59/+70) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/15); new base G (2/3); total (20/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
ACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGA > NC_002947/337669‑337952 | acaGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCGTGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCCCCCCCCCCCCCCCACGGTTTAGCGcc > 2:252875/1‑149 (MQ=255) gctgctGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACAt < 6:205749/149‑1 (MQ=255) gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTGAAGGt > 1:239016/1‑149 (MQ=255) gTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGGGGTGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGt < 4:256011/149‑1 (MQ=255) aGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCACTaca > 3:171641/1‑149 (MQ=255) ggAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGGC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTacac > 5:137658/1‑149 (MQ=255) aaCTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCt < 5:28576/149‑1 (MQ=25) cTGGTCGAGGGCCTGGAAGATGGTGGTTAGTTGGGGGCTGTGGATGGGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACTCCCGCTCCGACA‑GGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCtgt < 5:151952/149‑1 (MQ=18) gCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGGGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGc < 1:235259/149‑1 (MQ=255) tGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGtt > 3:7179/1‑122 (MQ=255) tGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGtt < 4:7179/122‑1 (MQ=255) ggAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 3:200570/149‑1 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCaa > 4:106507/1‑105 (MQ=255) ttAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCaa < 3:106507/105‑1 (MQ=255) ggCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGAC‑AAATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGAGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAgg > 7:249882/1‑148 (MQ=255) tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCt > 8:253958/1‑109 (MQ=255) tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCt < 7:253958/109‑1 (MQ=255) gtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTAAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGtct > 7:153859/1‑147 (MQ=255) gtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGt > 7:66759/1‑136 (MQ=255) gtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTAAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGt < 8:66759/136‑1 (MQ=255) ggcatggcatGTATGTGTGGTGTTTTTGTGGGCCTCTTCGCGGGCAGGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGTTTGCCTCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 4:171641/149‑1 (MQ=37) 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aca‑GGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 5:208137/1‑146 (MQ=25) aca‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc < 6:154393/136‑1 (MQ=255) aca‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 5:154393/1‑136 (MQ=255) ca‑GGTGTAGCGCCAACCTTGAATG‑TGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 3:91219/1‑145 (MQ=25) ca‑GGTATAGCGCC‑CCATTCAAGGTGGCCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGGCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 6:137658/149‑1 (MQ=255) | ACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA‑GGTATAGCGCC‑ACATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGA > NC_002947/337669‑337952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |