Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,835,761 | A→C | 9.9% | Q83H (CAA→CAC) | PP_3387 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,835,761 | 0 | A | C | 9.9% | 115.2 / 3.0 | 40 | Q83H (CAA→CAC) | PP_3387 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/20); new base C (2/2); total (18/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
AAGAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTCGTACCTGTTGCGCTTCCACACCGCCGCGG > NC_002947/3835616‑3835906 | aaGAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCGGTGGCAACtt < 2:34847/149‑1 (MQ=255) aaGAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGCAGCACCtt > 8:84094/1‑149 (MQ=255) aaGAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGCAGCACCtt > 4:39368/1‑149 (MQ=255) gAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTg > 5:180229/1‑148 (MQ=255) cTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAgg < 3:137091/149‑1 (MQ=255) gACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGtg > 5:208390/1‑149 (MQ=255) aCCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGtg < 3:130912/148‑1 (MQ=255) cTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGCAGCACCTTGTTCAAGTTGCCACTggaa < 3:39368/149‑3 (MQ=255) cTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGCAGCACCTTGTTCAAGTTGCCACTggaa < 7:84094/149‑3 (MQ=255) aaacGGGCCGCTGCTGGCCACTGGTGCAGAAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACCGAAGGCGCGTGGGGGTGCGGGGCGCGCCGCGGTTACGATGGCTAGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGGAACGAGAAAAAGGTGCTGATTGCGcc > 4:150152/3‑149 (MQ=255) acGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑gt < 5:138424/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGCTGGCGACTGCTGCCGCAAGCGCAGTTAAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCTCGCATAGGTTCCGAAGTCTCGGCCCAGTACGACTTCAAGTGGAAAATTGAAAATGGTTCTTCTTGCGCC‑gtgttc > 1:193399/1‑147 (MQ=255) gCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGc > 1:100649/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCt < 3:150152/149‑1 (MQ=255) ctgGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGa < 6:208390/149‑1 (MQ=255) tgGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGa > 4:97489/1‑148 (MQ=255) ggCCACTGCTGCAGGAAGCCCAGTTCAGCAGCCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGCTGCTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGCTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATa < 5:245477/149‑1 (MQ=255) tgctgcATCAAGGCCAGTTCTGCAACCTGCGGACAGCATGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGgc < 8:252493/125‑1 (MQ=255) tgctgcAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGgc > 7:252493/1‑125 (MQ=255) caAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGTCGCC‑GTGTGCGGCTGGATACTCAGCGCGCTTcc > 5:127320/1‑149 (MQ=255) aGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCg < 6:180229/149‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCATCGCGCTTCCCGCTg < 6:64706/149‑1 (MQ=255) cAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGTTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCgg < 2:193399/148‑1 (MQ=255) cAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCgg < 6:15624/148‑1 (MQ=255) cagGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCt < 1:231545/102‑1 (MQ=255) cagGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCt > 2:231545/1‑102 (MQ=255) ggCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAGCAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCa < 1:172216/149‑1 (MQ=255) ttcggttcgCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGt > 5:59732/1‑149 (MQ=255) cggttcgCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTc < 3:97489/148‑1 (MQ=255) cggttcgCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGAGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCACCATCGTCa > 1:197086/1‑149 (MQ=255) cgggtcgCGCCTCGGTTCCGATGTCTCTGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTc < 3:150646/148‑1 (MQ=255) ggttcgCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCa < 6:127320/148‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCacgg < 5:71266/145‑1 (MQ=255) ggTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCacgg > 6:71266/1‑145 (MQ=255) gATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCacggacgg > 1:116573/1‑143 (MQ=255) gATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCacggacgg < 2:116573/143‑1 (MQ=255) gATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTc > 3:23777/1‑149 (MQ=255) ctcGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTCGTAcc > 3:151906/1‑149 (MQ=255) tcGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCCGGGGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTCGTAcc > 1:70889/1‑149 (MQ=255) gCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTCGTACCTGTTGCGCTTCCACACCGCCGCgg < 7:243983/149‑1 (MQ=255) aCTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACgg > 4:239826/1‑101 (MQ=255) aCTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACgg < 3:239826/101‑1 (MQ=255) | AAGAACAACTGACCGGGCACTACACGGGCCGCTGCTGGCCACTGCTGCAGCAAGCCCAGTTCAGCAACCTGCGGACAGCAGGCCCTTGGTTGTTCGGTTCGCGCCTCGGTTCCGATGTCTCGGCCCAGTACGACTTCCAGTGGCAACTTGAACAAGGTGCTGCTGGCGCC‑GTGTGCGGCTGGATAGTCAGCGCGCTTCCCGCTGCCCGGCTCGCCGGACACTTGAGCCACGCCAACATCGTCACGGGCACGGACGGCCACTCGTACCTGTTGCGCTTCCACACCGCCGCGG > NC_002947/3835616‑3835906 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |