Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,924,613 | A→G | 8.3% | D67D (GAT→GAC) | peaB ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,924,613 | 0 | A | G | 8.3% | 132.0 / 2.7 | 48 | D67D (GAT→GAC) | peaB | quinohemoprotein amine dehydrogenase modification protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/21); new base G (2/2); total (25/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
GCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCATGCGGTCGGCA > NC_002947/3924469‑3924760 | gCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCt > 8:46552/1‑149 (MQ=255) cAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCaaa > 7:158278/1‑149 (MQ=255) aaCCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGAGATTTCAGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAAc > 1:234690/1‑149 (MQ=255) gtgtTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAActgctg < 7:146423/149‑1 (MQ=255) aGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCt < 5:267766/148‑1 (MQ=255) ccacGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCAt > 1:241176/1‑148 (MQ=255) gtgtTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑ctc < 7:46552/149‑1 (MQ=255) tgtTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑ctcc > 8:239281/1‑149 (MQ=255) tgtTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑ctcc < 1:66390/149‑1 (MQ=255) aGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCgg < 4:205819/148‑1 (MQ=255) aGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGc > 3:24945/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGcc > 5:7034/1‑149 (MQ=255) cTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCtt > 2:227231/1‑149 (MQ=255) tCGACTTGTCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTg > 3:250755/1‑149 (MQ=255) tCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg < 5:262343/122‑1 (MQ=255) tCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg > 6:262343/1‑122 (MQ=255) gCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGgc < 5:246097/147‑1 (MQ=255) ccTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGgcgc > 7:66332/1‑148 (MQ=255) cGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTc > 1:136888/1‑148 (MQ=255) gATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCga > 7:22781/1‑149 (MQ=255) gATTTCCGGGGTACACGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCga < 1:227231/149‑1 (MQ=255) tttCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCgatg < 4:250755/149‑1 (MQ=255) cGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATgc > 2:209883/1‑149 (MQ=255) ggTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATgccgc < 4:26909/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg > 2:271042/1‑93 (MQ=255) cAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTg < 1:271042/93‑1 (MQ=255) gcggcgAGTCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATGTCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGt > 8:211342/1‑148 (MQ=255) gcggcgAGTCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATGTCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTc > 8:207725/1‑149 (MQ=255) ggcgAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCAc < 8:66332/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACcgc < 2:136888/149‑1 (MQ=255) gAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACcgc < 2:241176/149‑1 (MQ=255) tCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGc > 8:29950/1‑149 (MQ=255) cAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACa < 4:24945/149‑1 (MQ=255) gCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCTGGGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCACCCTTGATGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGt > 1:176256/1‑128 (MQ=255) cAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGaa < 7:25554/148‑1 (MQ=255) 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aTCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTggg < 8:22781/149‑1 (MQ=255) tCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAGACTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTggg > 1:215983/1‑149 (MQ=255) cgcgCTGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGata > 4:193216/1‑146 (MQ=255) cgcgCTGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGata < 3:193216/146‑1 (MQ=255) cgcAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGaa > 7:70802/1‑149 (MQ=255) gtgtCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCAt < 7:29950/149‑1 (MQ=255) cT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCATGCGGt > 3:202610/1‑149 (MQ=255) cT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCATGCGGt > 8:54717/1‑149 (MQ=255) tatCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCTGCCGAGCAGCGTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCAGCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCATGCGGTCGGCa < 5:40532/149‑1 (MQ=255) | GCTGAGGTTGCAACCGGTGTTGACGTTGAGCACCACGGTGTTGAGCGCGGTGCGCTCGACTTGCCTGAGGGCGATTTCCGGGGTCAGCGGCGAGCCGTCGCTGACCAGCTCCAGCGCGATCAGTTCGCGCAGGGTGTCCT‑GGATATCCTCGCCGGCAAACTGCTGGCCAAGGCGCTGCATCAG‑CTCCTCGGCCGAGCAGCCTTGCTGGCGCAAGGTGTCGATGATGCCGCCGGTCACCGCGTCAGCGGTGAACAGCGAACTGCTGGGGATATGGAACAGCATGCGGTCGGCA > NC_002947/3924469‑3924760 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |