Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,117,249 | T→A | 9.8% | C132S (TGC→AGC) | iorA‑II → | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,117,249 | 0 | T | A | 9.8% | 112.8 / 3.9 | 41 | C132S (TGC→AGC) | iorA‑II | isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/19); new base A (2/2); total (20/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 |
TGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGGCGCTTTCTTGCC > NC_002947/4117106‑4117397 | tggtCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGc < 5:11315/149‑1 (MQ=255) aGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCt < 4:226519/149‑1 (MQ=255) ggTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCtg < 8:15257/149‑1 (MQ=255) gTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCtgt > 7:151437/1‑149 (MQ=255) tCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCAt > 3:69715/1‑148 (MQ=255) cAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGa > 2:255011/1‑149 (MQ=255) aaTGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGAc < 1:255011/149‑1 (MQ=255) ggCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGc < 8:241891/149‑1 (MQ=255) tATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTgg < 8:225371/145‑1 (MQ=255) tATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTgg > 7:225371/1‑145 (MQ=255) ttGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAgg < 4:260390/149‑1 (MQ=255) ccAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCAt < 6:19716/133‑1 (MQ=255) ccAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCAt > 5:19716/1‑133 (MQ=255) gTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGAGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAg > 6:119255/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCt > 5:200041/1‑149 (MQ=255) ggTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCtgat < 6:200041/149‑1 (MQ=255) gCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCa < 2:89783/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCAGCGGCAcag < 7:56117/80‑3 (MQ=255) ggCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCAGCGGCAcag > 8:56117/1‑78 (MQ=255) tgctCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGc < 6:263200/137‑1 (MQ=255) tgctCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGc > 5:263200/1‑137 (MQ=255) ctCAAGCACACGCCCAAACACAGCGATGAGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGAGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGATGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGc > 1:137196/1‑118 (MQ=255) tCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACccg > 3:170738/1‑149 (MQ=255) aaGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGcc < 4:219419/78‑1 (MQ=255) aaGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGcc > 3:219419/1‑78 (MQ=255) aaGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCtgatg > 5:220702/1‑125 (MQ=255) aaGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCtgatg < 6:220702/125‑1 (MQ=255) aaGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACccgcc < 8:91364/149‑1 (MQ=255) ccAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCa > 6:197340/1‑124 (MQ=255) ccAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCa < 5:197340/124‑1 (MQ=255) ccAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCa < 4:194689/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCt > 7:161507/1‑149 (MQ=255) aTGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTc > 2:83947/1‑148 (MQ=255) aGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCt > 3:232783/1‑149 (MQ=255) tCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGa > 2:146295/1‑93 (MQ=255) tCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGa < 1:146295/93‑1 (MQ=255) aCCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGgc < 8:151437/149‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGgcg < 4:170738/149‑1 (MQ=255) tgtgCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGGCGCt > 7:107925/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACg > 7:251384/1‑123 (MQ=255) ccGCAGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACg < 8:251384/123‑1 (MQ=255) tGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGTCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGGCGCTTTCTTGcc > 3:198845/1‑149 (MQ=255) | TGGTCGCCGCCTGGGTCGAGCACCAGGTGGCTCAATGCGGCTATTGCCAGTCTGGCCAGGTCATGGCAGCCACGGCGCTGCTCAAGCACACGCCCAAACCCAGCGATGCGCAGATCGATGCAGCCATGGTCAACCTGTGCCGCTGCGGCACCTACAACGCCATCCATGCCGCTGTGCATGACCTGGCCCAGGGGGAGCAGGCCTGATGAACACGCCAGTCGATACACCCGCCGAACTGCTCAGGCTGCAGCGGGGCGAAACGGTCAACCTGTCACGTCGGCGCTTTCTTGCC > NC_002947/4117106‑4117397 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |