| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,271,813 | G→A | 11.1% | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 ← | glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,271,813 | 0 | G | A | 11.1% | 94.6 / 3.3 | 36 | R205C (CGC→TGC) | PP_3742 | glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/16); new base A (2/2); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
GTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTC > NC_002947/4271667‑4271948 | gTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGcgcg < 8:20725/149‑1 (MQ=255) tGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCgg > 4:169431/1‑149 (MQ=255) atggatgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGc < 2:11387/148‑1 (MQ=255) atggatgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCa > 7:27140/1‑149 (MQ=255) tcgatgCTTATCTGCTGGTCGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATTCGGGCGGCGCACCCTCTCGGGGTGTGCCACACACGTGTTTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCTAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCAt < 4:62813/147‑1 (MQ=255) atgCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAg > 2:214317/1‑149 (MQ=255) aTCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGCGCACGGCATcctgacc < 8:27140/147‑7 (MQ=255) ctgGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGgt < 1:64895/149‑1 (MQ=255) gCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCgg > 1:120257/1‑148 (MQ=255) cTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTg > 2:241925/1‑149 (MQ=255) aGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTg < 2:120257/149‑1 (MQ=255) cGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGAt > 6:221818/1‑149 (MQ=255) gTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAg < 8:245627/109‑1 (MQ=255) gTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAg > 7:245627/1‑109 (MQ=255) gTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCgg < 1:241925/149‑1 (MQ=255) gTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCgg < 8:207000/149‑1 (MQ=255) gggcggCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGgt < 8:178894/114‑1 (MQ=255) gggcggCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGgt > 7:178894/1‑114 (MQ=255) gggcggCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTc < 3:169431/149‑1 (MQ=255) gcACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCt < 1:214317/149‑1 (MQ=255) gCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCgg < 5:221818/148‑1 (MQ=255) gCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGgt > 6:24503/1‑149 (MQ=255) ccGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGc < 6:122865/142‑1 (MQ=255) ccGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGc > 5:122865/1‑142 (MQ=255) cgAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTc > 4:52198/1‑86 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCgg > 6:11450/1‑111 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCgg < 5:11450/111‑1 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCg > 7:180575/1‑120 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCg < 8:180575/120‑1 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAgg > 3:20460/1‑149 (MQ=255) gTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAgg > 4:226765/1‑149 (MQ=255) tCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGt > 5:175034/1‑149 (MQ=255) aGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTc < 6:175034/148‑1 (MQ=255) tgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGAc > 8:149468/2‑142 (MQ=255) tgATGCCGCGCACGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGAc < 7:149468/141‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTg < 5:67434/92‑1 (MQ=255) ggATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTg > 6:67434/1‑92 (MQ=255) | GTGATGGATGCTTATCTGCTGGACGAGCAAGGGCACCTGAAGCCGGAGTATGCGGGCGGCGCACCCACTCGGGGTGTGCCACACACGTGATTTCGCCGGGCCGCCGTGGTGCCGGTTTTTGCCGCGAATGGGTCAGGATGCCGTGCGCGGCATCAGCTCATACGGGTGTTTCCACCCCGGCAGTGCCTGGATGCGGGCTTTCCACGCCTCGATGTGCGTGAACACTGCCAACGGGATACCGGTGTCTTCCGGCATGAACACATACCCGGCCAACGACAGGTC > NC_002947/4271667‑4271948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |