Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,557,029 | T→G | 15.7% | K150Q (AAG→CAG) | gntZ ← | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,557,029 | 0 | T | G | 15.7% | 103.8 / 12.0 | 44 | K150Q (AAG→CAG) | gntZ | 6‑phosphogluconate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base G (3/4); total (20/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGCCGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGC > NC_002947/4556881‑4557171 | aGGCGGTACTCGATGCCGTTATGAACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGGACGCTGGTGCTGGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCGGGCGCCAGCGCCtt < 6:219556/149‑1 (MQ=255) aGGCCGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCtt < 2:167564/149‑1 (MQ=255) ggCCGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTg < 6:252803/149‑1 (MQ=255) gCCGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTg > 2:137573/1‑148 (MQ=255) gTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACa < 2:104877/149‑1 (MQ=255) cTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCg < 4:19714/149‑1 (MQ=255) cTCGATGCCGGTATGAAGCATTTTCACGTTGTGCCCGGCGCCGGGTGGACCGGCATGGATGTAGGCGTGCTCGGAACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCTGGGGTACGC‑GGATGTCGCCGACGCCCGGCGCCAGCGACTGGAACCGCgg > 6:77627/1‑149 (MQ=255) gCCGTTATGCACCATTTGCACGTACTGCCCGGCGCCCGGTCGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGCGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGC‑GGATGCCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAg < 5:77627/149‑1 (MQ=255) ccGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAg > 5:27849/1‑149 (MQ=255) gTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGgc < 6:30544/149‑1 (MQ=255) aTGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGTCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGAGCCTGGAACCGCTGTTCAAGgcgc < 3:219897/148‑1 (MQ=255) tGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTc < 7:60555/149‑1 (MQ=255) tGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCtg < 6:131347/149‑2 (MQ=255) aCCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGTGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGaa > 7:50277/1‑149 (MQ=255) tCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTc < 1:126435/148‑1 (MQ=255) cACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTcc < 8:194804/148‑1 (MQ=255) aCGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCtt > 1:255391/1‑149 (MQ=255) gTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCtttt < 1:137573/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCtttt > 6:11163/1‑149 (MQ=255) gTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTcgc < 6:27849/149‑1 (MQ=255) cccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGc < 8:189090/115‑1 (MQ=255) cccGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGc > 7:189090/1‑115 (MQ=255) ggACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCgg < 6:25429/104‑1 (MQ=255) ggACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCgg > 5:25429/1‑104 (MQ=255) gACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAg < 2:255391/149‑1 (MQ=255) ccGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAgg > 1:130709/1‑108 (MQ=255) ccGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAgg < 2:130709/108‑1 (MQ=255) cGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCTTGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAg > 6:8579/1‑149 (MQ=255) aTGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGTGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTc < 8:50277/149‑1 (MQ=255) aTGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTc < 5:11163/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGGACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCca > 7:65267/1‑148 (MQ=255) cATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGccc < 5:32671/116‑1 (MQ=255) cATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGccc > 6:32671/1‑116 (MQ=255) aTGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAAt > 7:152886/1‑149 (MQ=255) caTGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTc < 4:94429/128‑1 (MQ=255) gCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc > 6:12352/1‑147 (MQ=255) gCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGc > 4:111582/1‑147 (MQ=255) cACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGtt < 5:8579/149‑1 (MQ=255) cACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGtt > 2:199548/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCGCCAGCGCCTTTAACAGCGGGTCCAGGCGGTGGAACACGTCCTTTTCGCTTCCGTTTATTTTTTTTTAGCCGCTGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGCCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTg < 1:86459/149‑1 (MQ=255) gCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTg > 6:202801/1‑149 (MQ=255) aGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggcg > 2:243499/1‑149 (MQ=255) aGCGCCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCgcggcg > 1:44702/1‑149 (MQ=255) gcgcCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGGACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGgcgc < 8:65267/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTgg < 6:128454/129‑1 (MQ=255) gcgcCTGGAACCGCTGTTCAAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTgg > 5:128454/1‑129 (MQ=255) | AGGCCGTACTCGATGCCGTTATGCACCATTTTCACGTAGTGCCCGGCGCCCGGTGGACCGGCATGGATGTAGCCGTGCTCGGCACGCTGGTGCTCGCCGCTGCGGCCATGGGTACGCGGGATGTCGCCCACGCCCGGCGCCAGCGCCTTGAACAGCGGTTCCAGGCGCTCGAACACGTCCTTTTCGCCGCCGATCATCATGCAGTAGCCGCGGTCCAGGCCCCACACGCCGCCGGAAGTCCCGACGTCCAGATAATGCAGGCCGCGCTTGGCCAGTTCTGCAGCGCGGCGC > NC_002947/4556881‑4557171 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |