Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,819,491 | G→A | 7.8% | A3900V (GCC→GTC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,819,491 | 0 | G | A | 7.8% | 147.8 / 2.2 | 51 | A3900V (GCC→GTC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base A (2/2); total (21/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
TCCAGCACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGGTGTAGATCACGTAGGCGAGGTT > NC_002947/4819347‑4819633 | tcCAGCACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCg < 8:59501/147‑1 (MQ=255) cAGCACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGt < 6:171004/147‑1 (MQ=255) cAGCACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCt > 5:224489/1‑149 (MQ=255) cACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTggg < 4:12747/149‑1 (MQ=255) aCGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTggg > 1:262138/1‑148 (MQ=255) cGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTcc > 3:224824/1‑149 (MQ=255) gTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTg > 4:44237/1‑149 (MQ=255) cTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCg > 2:54019/1‑148 (MQ=255) cACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCt < 6:224489/147‑1 (MQ=255) cgcCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGcc < 5:65488/148‑1 (MQ=255) cagcagGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGCATGAGAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAgcgc > 1:219155/1‑147 (MQ=255) gcagGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTc > 4:59123/1‑127 (MQ=255) ggCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATc < 7:185792/119‑1 (MQ=255) ggCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATc > 8:185792/1‑119 (MQ=255) ggCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGGCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGc < 5:173862/149‑1 (MQ=255) cccTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGGGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCAc > 7:47797/1‑149 (MQ=255) ccTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCAcc < 3:44237/149‑1 (MQ=255) cGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCtt < 4:224824/147‑1 (MQ=255) gTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGc > 1:213030/1‑139 (MQ=255) gTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGc < 2:213030/139‑1 (MQ=255) gCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGTGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGgtt < 1:54019/149‑1 (MQ=255) gACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGACGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGgttgtt > 7:90651/1‑147 (MQ=255) gACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCAAGATGTCGAAGCTTTGCGAGACGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGgttgtt > 3:260589/1‑147 (MQ=255) aTTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCa > 6:77247/1‑149 (MQ=255) cACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTc > 5:158917/1‑93 (MQ=255) cACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTc < 6:158917/93‑1 (MQ=255) aCGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCcgcg > 1:213724/1‑149 (MQ=255) tctACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCAt < 4:258708/137‑1 (MQ=255) tctACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCAt > 3:258708/1‑137 (MQ=255) ctACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCg < 7:222639/149‑1 (MQ=255) tACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGCGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCgctgct < 1:203361/146‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCg < 2:262138/146‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGa < 5:77247/147‑1 (MQ=255) cTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGAcc > 4:223469/1‑148 (MQ=255) cgcCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCAcc > 1:220384/1‑149 (MQ=255) aGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCgg < 3:223469/149‑1 (MQ=255) aGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCgg < 2:261674/149‑1 (MQ=255) ggc‑‑g‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAg < 2:213724/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCgg < 2:219155/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCgg < 6:242120/149‑1 (MQ=255) aCTGCCAGACCTAGATGTCGAAGCTTTGCGAGACGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCt < 4:260589/149‑1 (MQ=255) aCTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGACGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCt < 8:90651/149‑1 (MQ=255) ccAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATc < 6:149942/118‑1 (MQ=255) ccAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAgg > 5:6076/1‑149 (MQ=255) cAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGgt < 3:178496/149‑1 (MQ=255) ccGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGGTGTAg < 3:200495/149‑1 (MQ=255) agctGTCGAACCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCGCGCTGATCGCCAGGTTAGGGACGTTGCTCTGCTGGTTGTTGAGCATGCCGGGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCTGGCGGGTCGAGCCTGAGGTGTAGATc < 6:269978/146‑1 (MQ=37) tGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGGTGTAGATCACg < 2:220384/149‑1 (MQ=255) gAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCga > 3:155038/1‑113 (MQ=255) gAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCga < 4:155038/114‑2 (MQ=255) tGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGGTGTAGATCACGTAGGCGAGGtt > 7:54530/1‑149 (MQ=255) | TCCAGCACGGTGATGCCGGTGGCCTGCACGTGCGCCAGCAGGCCCTGCGGGTCATGGGCGATGACATTAGGCACGATCTCTACCTTGGCGCCGAACAGCGGC‑‑G‑CAGCCAGGAACTGCCAGACCGAGATGTCGAAGCTTTGCGAGGCGGTCTGGGCAATCACGTCCTGCTCGCTGAGCGCCAGGTAAGGCACCTTGCTCAGCTGGTTGTTGAGCATGCCGCGCTGCTCGACCATCACCCCTTTCGGCAGGCCGGTCGAGCCTGAGGTGTAGATCACGTAGGCGAGGTT > NC_002947/4819347‑4819633 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |