Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,826,294 | C→G | 10.2% | Q1632H (CAG→CAC) | pvdL ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,826,294 | 0 | C | G | 10.2% | 147.8 / 6.5 | 49 | Q1632H (CAG→CAC) | pvdL | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/24); new base G (3/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
CTTGAGCGGCAGCTCGACATCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTGCGCCGGCACCATGTAGGCTGGCAAT > NC_002947/4826150‑4826441 | cTTGAGCGGCAGCTCGACATCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCtgtt > 8:91881/1‑149 (MQ=255) ggCAGCTCGACATCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCAGCGACCTGTTGTTGCAg > 4:100448/1‑149 (MQ=255) gCTCGACATCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGAGCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCg < 7:98190/149‑1 (MQ=255) aTCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCGGCTCGGTTCGTg > 6:54277/1‑149 (MQ=255) aTCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTg < 3:250689/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGa > 2:126350/1‑148 (MQ=255) gCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGAc < 6:28819/149‑1 (MQ=255) gCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGc < 3:25170/148‑1 (MQ=255) tGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACgc < 5:254109/149‑1 (MQ=255) tGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACgc < 2:212323/149‑1 (MQ=255) gcgAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGttgttg < 3:222574/115‑1 (MQ=255) gcgAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACgctg‑c > 4:4703/1‑149 (MQ=255) cgAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACgctg‑ct < 5:191098/149‑1 (MQ=255) aaCGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACAGGTCGCGGCCATCTGG‑CGCGACGtgttgaa > 1:119157/1‑108 (MQ=37) aaCGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACAGGTCGCGGCCATCTGG‑CGCGACGtgttgaa < 2:119157/110‑3 (MQ=37) tCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACt > 1:232374/1‑149 (MQ=255) ggTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACg < 3:133438/132‑1 (MQ=255) ggTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACg > 4:133438/1‑132 (MQ=255) ggTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTgggg < 4:64812/149‑1 (MQ=255) ggTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTgggg < 1:126350/149‑1 (MQ=255) gCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTGCCTGCCCCAGTGTggcagcagc < 7:211060/149‑5 (MQ=255) gCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGt < 6:250498/149‑1 (MQ=255) ccGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGc < 6:210383/96‑1 (MQ=255) ccGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGc > 5:210383/1‑96 (MQ=255) cGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGAcc < 2:232374/149‑1 (MQ=255) gggCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTg < 3:15765/149‑1 (MQ=255) gCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGcc > 7:131717/1‑149 (MQ=255) gtcgtcCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGCCCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCAGGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGc > 7:111314/1‑149 (MQ=255) gtcgtcCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGc < 5:191506/91‑1 (MQ=255) gtcgtcCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGc > 6:191506/1‑91 (MQ=255) gtcCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGctg‑ctg < 4:148883/99‑1 (MQ=255) gtcCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGctg‑ctg > 3:148883/1‑99 (MQ=255) cAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTg > 2:76149/1‑118 (MQ=255) cAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCtgt > 7:147473/1‑149 (MQ=255) cAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCtgt > 8:63836/1‑149 (MQ=255) cAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTAACgc > 4:149499/1‑83 (MQ=255) aaTGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCtgtg > 1:108247/1‑149 (MQ=255) tGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGcc < 3:100448/149‑1 (MQ=255) gCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCGGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAggg < 5:54277/149‑1 (MQ=255) aGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCGAAGGGAt < 7:63836/149‑1 (MQ=255) caacAACAGGTCGCGGCCATCTGG‑CGCGACGTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCCTCTGTGCCAAAGGGAt > 5:255298/4‑147 (MQ=38) aacAACAGGTCGCGGCCATCTGG‑CGCGACGTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATg > 7:11027/3‑127 (MQ=37) aacAACAGGTCGCGGCCATCTGG‑CGCGACGTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATg < 8:11027/125‑1 (MQ=37) cAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCAt < 4:142866/129‑1 (MQ=255) cAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCAt > 3:142866/1‑129 (MQ=255) aaCACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTg > 1:237381/1‑149 (MQ=255) gTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCt < 7:167089/125‑1 (MQ=255) gcCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGGTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTGCGCCGGCAc > 1:151510/1‑148 (MQ=255) ccAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTGCGCCGGCACCa < 3:4703/149‑1 (MQ=255) ccTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTGCGCCGGCACCATGTAGGCTGGCAAt > 7:149367/1‑149 (MQ=255) | CTTGAGCGGCAGCTCGACATCGCAGGCCTGGCGGGTGCGCGAAACGATCTGGGTAGCCAGCAACGAGTGACCACCGAGGGCGAAGAAGTCGTCCTGCAGGCCAATGCGCGGCAGATTCAACACGTCGC‑GCCAGATGGCCGCGACCTGTTGTTGCAGCTCGGTTCGTGGCTCGACATGCTCACGCTG‑CTGCCACACTGGGGCAGGCAGTGCCTTGCGGTCGACCTTGCCGCTGGGGCCCAATGGCATCTGTGCCAAAGGGATGAGTTGCGCCGGCACCATGTAGGCTGGCAAT > NC_002947/4826150‑4826441 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |