Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,090,049 | G→C | 7.9% | G296G (GGC→GGG) ‡ | astA‑II ← | arginine N‑succinyltransferase subunit alpha |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,090,049 | 0 | G | C | 7.9% | 144.3 / 2.1 | 48 | G296G (GGC→GGG) ‡ | astA‑II | arginine N‑succinyltransferase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/22); new base C (2/2); total (24/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
TCTGTTGCCAGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAGATGTCGATG > NC_002947/5089903‑5090187 | tCTGTTGCCAGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGcc > 6:249682/1‑149 (MQ=255) tCTGTTGCCAGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGcc < 2:114611/149‑1 (MQ=255) ttGCCAGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGtt < 1:86398/148‑1 (MQ=255) aGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACGGCCTGTTGcagga < 2:65816/149‑4 (MQ=255) ccTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAg < 7:101139/149‑1 (MQ=255) cTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACAcc > 1:171250/1‑146 (MQ=255) cTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACAcc < 2:171250/146‑1 (MQ=255) tctaaCCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACGGCCTGTTGcagg < 5:96973/140‑3 (MQ=255) tCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACGGCCTGTTGcagg > 6:96973/1‑141 (MQ=255) aCCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACgg < 3:150966/149‑1 (MQ=255) ccGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACggg > 6:138627/1‑149 (MQ=255) cgcgACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGgc > 4:228740/1‑149 (MQ=255) cgcgACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGgc > 6:25310/1‑149 (MQ=255) aGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGcgcccgcc < 2:215509/149‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCtt > 1:137135/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGAc > 7:7991/1‑149 (MQ=255) tGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCggg > 7:100538/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTCACCCACGCACAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCCACACCGCGCGGTAGTCGTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGGACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGc < 7:217104/149‑1 (MQ=255) ccTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCctct > 5:109869/1‑149 (MQ=255) tCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTc > 4:195428/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACCCCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATc > 1:45544/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTg < 6:32267/104‑1 (MQ=255) ccACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTg > 5:32267/1‑104 (MQ=255) ccACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATc > 1:38787/1‑149 (MQ=255) ccACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATc < 2:45544/149‑1 (MQ=255) cGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCggg > 8:97697/1‑134 (MQ=255) cGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCggg < 7:97697/134‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGTTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGAt < 5:79435/143‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGAt > 6:79435/1‑143 (MQ=255) gcgcGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCCTGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCATGTACGGTCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGc < 8:253464/149‑1 (MQ=255) ccACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTgg > 1:223703/1‑149 (MQ=255) cACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTggg < 5:25310/149‑1 (MQ=255) cACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTggg < 8:100538/149‑1 (MQ=255) gCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGc < 2:137135/149‑1 (MQ=255) tGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCagag > 7:43502/1‑149 (MQ=255) cACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGCGCGGATGCCAGAGGTgcgcg > 2:104290/1‑149 (MQ=255) ccAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCAt < 6:109869/149‑1 (MQ=255) gtccagCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCg > 7:54472/1‑149 (MQ=255) tccagCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCgg < 2:38787/149‑1 (MQ=255) agCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGgcc < 3:228740/149‑1 (MQ=255) gCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGgccg > 4:110751/1‑149 (MQ=255) cgcgcgGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGa < 8:54472/149‑1 (MQ=255) cgcgGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAg < 1:108107/149‑1 (MQ=255) cgcgGTAGTCCTGCAACAGGCCGGTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCGCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAg < 5:138627/149‑1 (MQ=255) ggtgtGCAACGGCCTGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAGATGTCGa > 8:164122/5‑149 (MQ=255) cTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAGATGGCGATg > 8:243774/1‑148 (MQ=255) tGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCagag < 5:256875/105‑1 (MQ=255) tGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCagag > 6:256875/1‑105 (MQ=255) | TCTGTTGCCAGACCTCAAACCGCGACCAGGCGCACGCTGGCGCCCTCACCCACGCCCAGCGCGTCGGCTGCTGCCACGCTCAGGCTGACCGGCTTGCCAGGCACCCAGTCCAGGTCCAGCAACACCGCGCGGTAGTCCTGCAACAGGCCGTTGCACACCAGGTACGGGCGCCCGCCTTTGACCGGGGCCTCTTCGATCTTCACCGGCACCACCCGGCTCTGGGCGATCGAGCGGATGCCAGAGGTGCGCGCATGCAGGGTCGGGCCGCCGTCGAAGATGTCGATG > NC_002947/5089903‑5090187 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |