Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 96.2% | 171.1 / ‑0.3 | 53 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (24/27); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCAGTAC > NC_002947/1126497‑1126788 | cTGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCCGATGGGGGGGGATAGCCCCCCACGC‑CTTAGCCGG‑Gaaa > 6:389840/1‑149 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGTCGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAA‑c < 4:105589/147‑1 (MQ=255) gAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAA‑c < 6:288934/147‑1 (MQ=255) 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gggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTAGCGGG‑TAAACCCGCTCCAAAACAGAGCCCCCCACCCCACCCAGGTGGCGGG‑GACGGCTATCAGGCGTCCGGCTAGCactc > 8:239019/1‑148 (MQ=255) ggTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcg < 5:389840/148‑1 (MQ=255) tGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCTGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCtcgatc > 2:292211/1‑149 (MQ=255) gACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAg < 3:109978/106‑1 (MQ=255) aCATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGAc < 1:97528/149‑1 (MQ=255) cTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGgcgc < 3:445989/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGCGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCacac < 1:114734/149‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCacac < 5:370210/148‑1 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGc > 7:263356/1‑149 (MQ=255) tttACCCGCGAAGGCGGAGGTATAGCCACCATGGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCg < 7:383373/149‑1 (MQ=255) tACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCgg < 5:205891/148‑1 (MQ=255) 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cgAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGAAAGCTCTCGATCGACGGGCACGCGCACACCAGGTTCCGGACGCCg > 2:208279/1‑148 (MQ=39) gCGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACg > 8:8919/1‑149 (MQ=255) cGGAGGTATAGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACg < 4:370987/148‑1 (MQ=255) taGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa < 8:263499/136‑1 (MQ=255) taGCCACCATCGC‑ATTCGCGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGG‑GAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa > 7:263499/1‑136 (MQ=255) 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NC_002947/1126497‑1126788 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |