| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,990,750:1 | +A | 11.4% | coding (730/2169 nt) | vgrG‑I ← | type VI secretion system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,990,750 | 1 | . | A | 11.4% | 111.9 / 11.1 | 35 | coding (730/2169 nt) | vgrG‑I | type VI secretion system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (18/13); new base A (2/2); total (20/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
CTTGCCCACGGCATCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATG > NC_002947/2990604‑2990895 | cTTGCCCACGGCATCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑gg < 5:188803/149‑1 (MQ=37) tataGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGATGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGccagg < 4:222121/148‑5 (MQ=11) tAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCtt > 5:30923/1‑148 (MQ=39) tatttGCTCTGCTGCGCCAGGAAGGGCGCGGCGGCTCTGTGGTGCTTGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCTCCTGCTCGCTGTAGGGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGAt < 8:255967/146‑1 (MQ=11) ttGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGcc > 3:15990/1‑149 (MQ=37) tctGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCg > 2:246715/1‑149 (MQ=37) tctGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTA‑GCCGGGGGGGTGAAGGTGTGGTCGCGGGGCACCTTGCCAGC‑CGTGCGCACCTGCAGCGTGTAGCGCAAGCCGCGAAGGCCGGGTTTGGGTTGATAGCCACCGc > 4:241057/1‑149 (MQ=11) aTGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGt > 5:60507/1‑149 (MQ=37) tGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGt < 3:266372/148‑1 (MQ=37) cAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAgg < 6:11248/119‑1 (MQ=39) cAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAgg > 5:11248/1‑119 (MQ=39) aGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTg > 3:194642/1‑149 (MQ=39) aGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTg < 4:15990/149‑1 (MQ=39) aGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTa > 3:115584/1‑148 (MQ=39) cggcggCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTCGCGAGC‑GGTGAGCACCTCCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGATCTTCTCTTGGTACAGGACg > 5:156885/1‑149 (MQ=14) 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ggtgggtgAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCg < 3:241057/149‑1 (MQ=255) tgAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCTCTTGGTACAGGACGCTGTCAg < 3:203978/120‑1 (MQ=255) tgAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAg > 4:203978/1‑120 (MQ=255) gtgGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGt > 3:223656/1‑149 (MQ=255) tgGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTc < 7:61350/149‑1 (MQ=255) gTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCtt > 4:27784/1‑149 (MQ=255) gTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGAGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCTCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCtt > 8:175128/1‑149 (MQ=255) gcTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATgg > 5:325991/1‑149 (MQ=255) tGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTc > 2:91459/1‑149 (MQ=255) tacagCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGcc > 2:315925/5‑149 (MQ=17) cTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCa > 5:316600/1‑48 (MQ=255) cTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCa < 6:316600/48‑1 (MQ=255) agCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGaaa < 2:79127/124‑1 (MQ=255) agCGAGCAGGTGCGCACC‑GCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGaaa > 1:79127/2‑125 (MQ=255) gAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATg < 2:37277/149‑1 (MQ=255) gAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATg > 1:37277/1‑149 (MQ=255) c‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTc > 6:161040/1‑130 (MQ=255) c‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTc < 5:161040/130‑1 (MQ=255) | CTTGCCCACGGCATCGCGTTTATAGCGGCCTGGGTAATCGAAGTATTCGTAATCTTTGCTCTGATGCTCCAGGAAGGGCCCGGCGGCTCTGTGCTCCTGGCGGTAGGCCGGGTGGGTGAAGGTGTGGTCGCGCTGCACCTGGCGAGC‑GGTGCGCACCTGCTCGCTGTAGCGCAAGCGGCGAAGGCAGGGTATGGCTTGATCGCCACCGCTGTTCGCTTGGTACAGGACGCTGTCAGGGCCTACAGGCTCGTCGTCATCGCCGAAACCCTCGTCTTCATGGTCGGCCTTGATG > NC_002947/2990604‑2990895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |