Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,141,507:1 | +A | 8.0% | coding (424/972 nt) | PP_2757 → | sugar‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,141,507 | 1 | . | A | 8.0% | 190.7 / 11.7 | 50 | coding (424/972 nt) | PP_2757 | sugar‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (23/23); new base A (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCA > NC_002947/3141361‑3141652 | cGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCcgcg‑c < 4:258125/148‑1 (MQ=255) tAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTg < 3:281509/149‑1 (MQ=255) tAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTg < 3:260557/149‑1 (MQ=255) aTTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGc < 2:19837/149‑1 (MQ=255) tCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc > 3:72364/1‑145 (MQ=255) tCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGCCAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTgtc < 4:72364/147‑3 (MQ=255) cTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGa < 5:312661/149‑1 (MQ=255) tGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGa > 4:96247/1‑148 (MQ=255) gATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGCTGCCCGACACcggcg > 2:290325/1‑149 (MQ=255) gATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTGTCCGag > 5:232545/1‑126 (MQ=39) gATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACG‑CGCGGCCGGCCGCGACGTTGTCCGag < 6:232545/127‑2 (MQ=39) aTCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACcggcg < 1:204387/148‑1 (MQ=255) ccTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGc < 5:279854/149‑1 (MQ=255) tCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCggcggc > 4:199560/1‑137 (MQ=255) tCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTCTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATc > 1:282048/1‑149 (MQ=255) gcgcATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTgg > 1:182920/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTCGTCCGCGACACCGGCGGCAAGCGCCCCAACCTGGTGtt > 7:103488/1‑148 (MQ=255) agcagGTATCCCGATTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAAGGTGGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCt < 1:290325/149‑1 (MQ=255) ccGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGt > 3:283045/1‑149 (MQ=255) ccATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCtgt > 8:166025/1‑149 (MQ=255) cATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGgtg < 5:108369/118‑1 (MQ=255) cATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGgtg > 6:108369/1‑118 (MQ=255) tgtgCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATcc > 8:105579/1‑149 (MQ=255) gtgCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCg > 5:135206/1‑149 (MQ=255) gCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGc > 8:157639/1‑148 (MQ=255) cATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGTCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTac < 5:111790/149‑1 (MQ=255) gCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTacgac < 7:105579/148‑1 (MQ=255) cAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACCCCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTacgac > 8:147270/1‑147 (MQ=255) cAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTAcgacga < 6:135206/149‑1 (MQ=255) aGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAg < 4:283045/149‑1 (MQ=255) gTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTCGTGCGCGACACCCGCGGCAACGGCCGCATCCTGGTGTTCAAAGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGt > 1:138434/1‑149 (MQ=255) tACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGtt < 7:157639/149‑1 (MQ=255) ccTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGcc < 2:76619/83‑1 (MQ=255) ccTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTgaaga < 1:261578/149‑1 (MQ=255) tCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGaagaag > 7:246109/1‑149 (MQ=255) caacaCCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTc > 5:122347/1‑100 (MQ=255) caacaCCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTc < 6:122347/100‑1 (MQ=255) caacaCCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTAc < 3:96247/149‑1 (MQ=255) acacCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATc < 5:231494/122‑1 (MQ=255) acacCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATc > 6:231494/1‑122 (MQ=255) caccTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGtt < 7:270714/132‑1 (MQ=255) caccTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGcc > 7:123479/1‑148 (MQ=255) accTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGGG‑TGTTGGCCGAACAGCTGGTGCTCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGa < 2:282048/149‑1 (MQ=255) accTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGc < 2:116956/90‑1 (MQ=255) accTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGc > 1:116956/1‑90 (MQ=255) cTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGat > 6:319853/1‑148 (MQ=255) ggACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGatcatc > 4:275431/1‑149 (MQ=255) gACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATcc > 5:144134/1‑149 (MQ=255) ccaacgcgcgGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCg > 6:76870/7‑148 (MQ=255) cGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAAt < 6:144134/149‑1 (MQ=255) gcgGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTCGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCa < 7:166025/149‑1 (MQ=255) cgcg‑cgTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCa < 3:275431/149‑1 (MQ=255) | CGGTAATTCAGACCCTCGGTACCCTGAGCGTGATCGACCCCTGGCTCAAGCGCATCCAGGCAGCAGGTATCCCGCTTTTCACCATTGATGTGCCATCGCAGTACAGCCTCAACAACACCACCTCGGACAACGTCGCGGCCGGCCGCG‑CGTTGGCCGAACAGCTGGTGCGCGACACCGGCGGCAAGGGCCGCATCCTGGTGTTCAACGGCTTCTACGGGGTGCCGGTCTGTGCGATCCGCTACGACGAGTTGAAGAAGGTACTGGCCGATCATCCGCAATTGCAGATCGTCCA > NC_002947/3141361‑3141652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |