Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,667,164 | C→T | 7.5% | L310L (CTC→CTT) | nuoL → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,667,164 | 0 | C | T | 7.5% | 154.4 / 2.1 | 53 | L310L (CTC→CTT) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base T (2/2); total (26/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.92e-01 |
TGTACCTGATCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCAC > NC_002947/4667028‑4667311 | tgtACCTGATCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGAcc < 2:179115/149‑1 (MQ=255) tACCTGTTCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGGGCCGTTCCCCCGCTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGAcc < 1:105296/149‑1 (MQ=255) tACCTGATCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCa < 1:250501/148‑1 (MQ=255) tACCTGATCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCAt > 4:280597/1‑149 (MQ=255) ccGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGc > 4:302837/1‑142 (MQ=255) aaCGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACAt > 3:257211/1‑149 (MQ=255) ttCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGc > 8:14981/1‑149 (MQ=255) ctgGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCACGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTggg > 6:192319/1‑149 (MQ=255) ctgGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTgg < 7:14981/148‑1 (MQ=255) ctgGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTgg < 2:291291/148‑1 (MQ=255) tgGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGc > 1:294359/1‑149 (MQ=255) gcCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg < 1:156452/149‑1 (MQ=255) gcCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg < 3:302837/149‑1 (MQ=255) gACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGc > 3:243847/1‑149 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTTGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGa > 2:222759/1‑149 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTTGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGa > 2:218342/1‑149 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTg > 6:321920/1‑138 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTg < 5:321920/138‑1 (MQ=255) cTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGATTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATAAAGCGTATCCTCGACTACTCGACCAAGAGCCAGATAGGCTTCATGTTCCTGGCCATGGGCGTGCTTGCCTGCGa > 5:261366/1‑149 (MQ=255) ccTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTg < 7:112200/121‑1 (MQ=255) ccTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTg > 8:112200/1‑121 (MQ=255) cTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACgcggc > 3:181276/1‑149 (MQ=255) tgtgGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg < 2:279562/125‑1 (MQ=255) tgtgGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg > 1:279562/1‑125 (MQ=255) cGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtga > 7:246326/1‑149 (MQ=255) gTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtgatg < 3:280597/149‑1 (MQ=255) gTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCtgat > 1:43215/1‑148 (MQ=255) ttGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCa > 7:52654/1‑149 (MQ=255) ttGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCa > 3:153823/1‑149 (MQ=255) cTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTgg > 2:255152/1‑106 (MQ=255) cTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGAACATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCAGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGcc > 4:54856/1‑147 (MQ=255) gTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCACGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCcttctt < 5:192319/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCTATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCaa < 3:145468/149‑1 (MQ=255) gCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATGCTCGCGTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCGTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGc < 5:154191/149‑1 (MQ=255) gCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCctg > 3:101917/1‑149 (MQ=255) cgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTTGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCtt < 1:222759/149‑1 (MQ=255) cgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTTGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCtt < 1:218342/149‑1 (MQ=255) cgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCtt < 4:153823/149‑1 (MQ=255) cgctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCtt < 4:101917/149‑1 (MQ=255) ctgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGc < 4:181276/149‑1 (MQ=255) tgGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGcc < 5:53663/149‑1 (MQ=255) aCAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCAc < 4:222389/103‑1 (MQ=255) aCAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCAc > 3:222389/1‑103 (MQ=255) aCAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCcg > 3:167798/1‑149 (MQ=255) aGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCcggt < 4:243847/149‑1 (MQ=255) aCCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGt < 7:29804/75‑1 (MQ=255) aCCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGt > 8:29804/1‑75 (MQ=255) ccGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCcggtgcg < 4:167798/149‑1 (MQ=255) tCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATc > 5:158588/1‑149 (MQ=255) tCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATc < 6:158588/149‑1 (MQ=255) aGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGtt < 4:257211/149‑1 (MQ=255) cTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTtgcctgcc < 2:294359/148‑1 (MQ=255) tCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGCTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTCCTGTTCCTTGACTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGccac > 8:184525/1‑149 (MQ=255) | TGTACCTGATCGCCCGTACCAACGGCCTGTTCCTGCTGGCGCCGGACATC‑‑CTGCACCTTGTAGGTGTGGTCGGTGGCTTGACCCTGGTACTGGCAGGCTTCGCTGCGCTGGTACAGACCGATATCAAGCGTATCCTCGCCTACTCGACCATGAGCCAGATCGGCTACATGTTCCTGGCCCTGGGCGTGGGTGCCTGGGACGCGGCGATCTTCCACCTGATGACCCACGCCTTCTTCAAGGCCCTGCTGTTCCTTGCCTCCGGTGCGGTGATCGTTGCCTGCCAC > NC_002947/4667028‑4667311 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |