Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 403,271 | G→C | 9.1% | intergenic (‑74/+95) | msrA ← / ← PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 403,271 | 0 | G | C | 9.1% | 123.4 / 4.2 | 44 | intergenic (‑74/+95) | msrA/PP_0337 | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA/sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/18); new base C (2/2); total (24/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 |
TCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTC > NC_002947/403124‑403413 | tCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAg > 6:18808/1‑148 (MQ=255) gcgGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCAGCCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGca > 1:69409/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAgg > 6:230051/1‑149 (MQ=255) ccAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGt < 2:181962/149‑1 (MQ=255) gcaggGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACACcacaaccttt > 3:247065/1‑142 (MQ=255) gCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGt > 1:109746/1‑149 (MQ=255) ccTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGtt < 1:294529/149‑1 (MQ=255) ccTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGtt < 2:109746/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGGAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATTGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgt < 6:102985/149‑1 (MQ=255) tGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGCGAGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtg > 1:74444/1‑149 (MQ=255) ttCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTtgt < 5:18808/147‑1 (MQ=255) aTGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACACCACAACCTTTGAAACCTGTGCTGTACCTGTGGGa < 4:247065/149‑1 (MQ=25) tttttGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCATAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGc < 1:177378/149‑1 (MQ=255) 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8:94125/132‑1 (MQ=255) aGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGt > 1:80494/1‑147 (MQ=255) ggtttggggTTGGGGCCTTGGGGGGCTTGCCGGCTCCCATTGTTACAGCAGTGTTTTAAATGTTTGTGGGGTTCTTGTGGGAGGGGGGGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGc < 2:307365/143‑1 (MQ=255) gTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTGCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGt > 7:33262/1‑141 (MQ=255) gTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCAc > 6:117691/1‑149 (MQ=255) gggTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCggg > 8:28718/1‑149 (MQ=255) 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cTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCg > 6:187635/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGc > 2:286648/1‑148 (MQ=255) ggTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTc < 7:28718/149‑1 (MQ=255) ggTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTc < 7:41016/149‑1 (MQ=255) | TCGCGGCCAGGCAGGGCCTGTTCCGCAGTGGGCATGACGTTTTTGTTCA‑CCAGGATTTCCGAACGC‑AGGACCATGGCCGTTCCTCTGTGTTTATTCAGTGGGGTAGGGGTTTGGGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAGGTTTCAAAGGTTGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCGAATGGCTTCTATAGTGCCCGAGGATTACGCAGCTGTCAGGCCACCGGGCCACGCGGATAGCGCTTCAGCCGCTCGGCCAGTTC > NC_002947/403124‑403413 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |