Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,806,115 | A→T | 8.4% | S593T (TCG→ACG) | PP_4234 ← | bifunctional aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,806,115 | 0 | A | T | 8.4% | 170.6 / 4.0 | 59 | S593T (TCG→ACG) | PP_4234 | bifunctional aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/27); new base T (3/2); total (30/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
CGACGATGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTC > NC_002947/4805969‑4806259 | cgacgaTGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAAc < 8:89812/149‑1 (MQ=255) tGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGGACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGa < 6:182268/149‑1 (MQ=255) gACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGGTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGTTCGGCcgacgag < 3:17322/149‑2 (MQ=255) gCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATc > 7:275832/1‑149 (MQ=255) cAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑Gc > 2:91802/1‑149 (MQ=255) aGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCt < 8:75312/149‑1 (MQ=255) gCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGTTCGGCcgacgag < 6:222098/138‑2 (MQ=255) gCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGTTCGGCcgacgag > 5:222098/1‑137 (MQ=255) ccGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCGATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGaccac > 5:314023/1‑149 (MQ=255) ccGACCCAGCGCGGGGGGCGCAGCGCGGCGCCCTGCTCCGGCTGGCGGATCAGGTCCGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCACCGCTGGCCATTCGGTGACTGCAGGCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCGGAGGAAATC‑GCTGaccac < 4:192730/149‑1 (MQ=255) cGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGaccacc < 1:173783/149‑1 (MQ=255) aCCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGAccacca > 3:291350/1‑148 (MQ=255) gcgGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTgg < 5:109106/149‑1 (MQ=255) ttGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGt < 1:91802/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCTATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 6:314023/148‑1 (MQ=255) gcgcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTg < 8:277630/148‑1 (MQ=255) gcAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGa > 4:206315/1‑148 (MQ=255) gcgcGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTgg > 6:274467/1‑137 (MQ=255) gcgcGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTgg < 5:274467/137‑1 (MQ=255) cgTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTg < 8:275832/149‑1 (MQ=255) tCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCt < 6:174401/127‑1 (MQ=255) tCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCt > 5:174401/1‑127 (MQ=255) cGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCg < 4:291350/148‑1 (MQ=255) ctggctgATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGc < 5:195923/149‑1 (MQ=255) tggctgATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGac < 8:285077/104‑1 (MQ=255) tggctgATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGac > 7:285077/1‑104 (MQ=255) ctgATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATCTGCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGa < 1:82680/149‑1 (MQ=255) gATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGatat > 5:317690/1‑149 (MQ=255) aGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGgcg > 1:170549/1‑149 (MQ=255) cGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGTAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGc < 1:64358/149‑1 (MQ=255) cGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGTCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCgg > 4:151733/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGc > 3:29642/1‑149 (MQ=255) tGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑Gc < 2:310562/75‑1 (MQ=255) tGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑Gc > 1:310562/1‑75 (MQ=255) tCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGCGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGgcg > 4:209841/1‑149 (MQ=255) aaTTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGgc > 2:280747/1‑146 (MQ=255) aaTTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGgc < 1:280747/146‑1 (MQ=255) aaTTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCt > 5:131015/1‑149 (MQ=255) gCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGaa < 6:131015/148‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACt > 1:309338/1‑149 (MQ=255) ctGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGaca > 3:169175/1‑149 (MQ=255) tGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCCCCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGac < 3:206315/147‑1 (MQ=255) ggCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACATCGTCGGCCGAACGGCAGAGGAAATC‑TCTGACCACCAAAGCATGGGAGGTGGACATGCCGGTGACCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACt > 5:196240/1‑149 (MQ=255) gCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTg > 2:138943/1‑149 (MQ=255) aTTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGcc < 6:317690/149‑1 (MQ=255) aTTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGc > 5:324881/1‑148 (MQ=255) ggTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGCGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCg < 3:209841/149‑1 (MQ=255) gTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCgg < 2:309338/149‑1 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTc > 1:274855/1‑124 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTc < 2:274855/124‑1 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTgg < 3:168110/132‑1 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTgg > 4:168110/1‑132 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGaa > 5:183747/1‑149 (MQ=255) tCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGaa > 2:20223/1‑149 (MQ=255) aCCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTg > 2:196272/1‑148 (MQ=255) cTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTAc > 6:88467/1‑149 (MQ=255) ctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATC‑GCTGTCCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGAGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGATCCTGTACCg > 1:179904/2‑148 (MQ=255) ctcgGCCGTTCGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGGACCTGTACCg > 1:31000/2‑148 (MQ=255) gCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCCGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTc < 4:242775/149‑1 (MQ=255) | CGACGATGGCGACGCCAGCTTGCCGACCCAGCGCGGGTTGCGCAGCGCGGCGTCCTGCTCCGGCTGGCTGATCAGGTACGGGTTTCCGCTGGTGCTCAATTGCAGCTCTGGCCATTCGGTGACTGCAGTCTTCACCTCGTCGGCCGAACGGCCGAGGAAATC‑GCTGACCACCAAAGCCTGGGAGGTGGACATGCCGGTGCCCAGCTCGGTGCCGATATGGCGCAGGCTGATGCGGCCATCGGCGCTGAACTCGACACTGGCCATCGGCGCCTCGGAACCTGTACCGAAGTC > NC_002947/4805969‑4806259 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |