| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,949,775 | A→T | 6.5% | I190N (ATT→AAT) | fliM ← | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,949,775 | 0 | A | T | 6.5% | 184.6 / 2.9 | 61 | I190N (ATT→AAT) | fliM | flagellar biosynthesis switching/energizing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/28); new base T (2/2); total (31/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
GTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCC > NC_002947/4949630‑4949920 | gtcCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGt > 6:304756/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTg > 7:59609/1‑149 (MQ=255) gTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccc < 5:304756/149‑2 (MQ=255) gACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGc > 4:240196/1‑149 (MQ=255) gAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCggg < 8:59609/148‑1 (MQ=255) aaaCCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGtt < 5:253481/149‑1 (MQ=255) aaCCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccc > 1:138652/1‑137 (MQ=255) aaCCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCAACATTGTCGGccc < 2:138652/138‑2 (MQ=255) ccGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGAc < 1:294998/149‑1 (MQ=255) gAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGt > 4:617/1‑149 (MQ=255) gAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCG‑‑‑CCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCa > 3:237186/1‑149 (MQ=255) gCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTc < 5:157012/149‑1 (MQ=255) gCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTc < 3:240196/149‑1 (MQ=255) gCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCG‑‑‑CCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATg < 4:237186/149‑1 (MQ=255) aTTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCAt < 6:205183/149‑1 (MQ=255) ttCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATg > 4:178793/1‑148 (MQ=255) tctcGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGt < 5:37250/148‑1 (MQ=255) ctcGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTAc > 3:133071/1‑149 (MQ=255) ccGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAg < 3:178793/149‑1 (MQ=255) cGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGc > 8:243444/1‑149 (MQ=255) cTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGa < 5:156744/149‑1 (MQ=255) aaTCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGaa > 7:99774/1‑141 (MQ=255) aaTCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGaa < 8:99774/141‑1 (MQ=255) cGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGa > 2:252657/1‑149 (MQ=255) tACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGc > 6:317639/1‑149 (MQ=255) tACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGc < 2:150513/149‑1 (MQ=255) gCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGc < 3:617/149‑1 (MQ=255) gCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGc < 7:243444/149‑1 (MQ=255) aTGGTCACGTTCAGATCGCCGCCGCCACCGTACAGTTCGATGTTGAAGGTTGACAGCACCACCGCTTCGCTGTGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCTGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCa < 3:194391/149‑1 (MQ=255) aTGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGc > 1:34470/1‑147 (MQ=255) aCGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCtt < 5:317639/148‑1 (MQ=255) gCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCa > 2:313818/1‑105 (MQ=255) gCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCa < 1:313818/105‑1 (MQ=255) cAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCtt > 7:224065/1‑147 (MQ=255) aGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAg > 5:153940/1‑149 (MQ=255) aGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAg < 6:153940/149‑1 (MQ=255) gATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATAGCCTGCCAGGCTTCCTTGAgg > 6:92017/1‑149 (MQ=255) gccgccgccACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGATGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcga > 5:275950/1‑149 (MQ=255) ccgccgccACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcgac > 5:56261/1‑149 (MQ=255) gccgccACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTcgacga < 6:275950/149‑1 (MQ=255) cACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCAt < 7:45048/91‑1 (MQ=255) cACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCAt > 8:45048/1‑91 (MQ=255) gTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGCCCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTACTTGAGGTCGACGTAACACTGGt > 8:65901/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGca > 2:99715/1‑149 (MQ=255) ggACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCacac > 2:258410/1‑149 (MQ=255) gACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACg > 1:316851/1‑149 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt > 1:204410/1‑149 (MQ=255) caccaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGtt > 5:39615/1‑149 (MQ=255) accaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTg < 7:276679/102‑1 (MQ=255) accaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTg > 8:276679/1‑102 (MQ=255) accaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGt > 2:232748/1‑121 (MQ=255) accaccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGt < 1:232748/121‑1 (MQ=255) ccccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCGTCCTTGAGGGCGACGAAACACTGGTCCCGCACCATGCGCACCACCCGCAGGtcgg > 6:228123/3‑149 (MQ=255) caccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATAGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtcgg < 5:92017/149‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtc < 3:186500/145‑1 (MQ=255) ccGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTtc > 4:186500/1‑145 (MQ=255) cTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCggg < 2:316851/149‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGGGCCGACAATGTTGGCCATTGCCGGGTTGACCTCTGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCggg < 8:224065/149‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGAAAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTg < 7:65901/148‑1 (MQ=255) cTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGaa < 2:34470/149‑1 (MQ=255) aCAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGccc > 2:212476/1‑149 (MQ=255) | GTCCAGGTCCGACTGGAAACCGGCATCGAGCATTTCTCGCACCGGCTCAATCATCGAGTACGGCATGGTCACGTGCAGATCGCCGCCGCCACCGTCCAGTTCGATGTGGAAGGTGGACACCACCACCGCTTCGCTGGGGCCGACAATGTTGGCCATGGCCGGGTTGACCTCGGAGTTCATGTACTCGAAGCTGACCGGCATGATCGCCTGCCAGGCTTCCTTGAGGTCGACGAAACACTGGTCCAGCACCATGCGCACCACACGCAGTTCGGTCGGGGTGAACTCACGCCC > NC_002947/4949630‑4949920 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |