Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,979,788 | T→A | 7.0% | D141V (GAC→GTC) | flgF ← | flagellar basal‑body rod protein FlgF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,979,788 | 0 | T | A | 7.0% | 161.1 / 2.9 | 57 | D141V (GAC→GTC) | flgF | flagellar basal‑body rod protein FlgF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/29); new base A (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.11e-01 |
GCATCGGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTCCGGC > NC_002947/4979641‑4979934 | gCATCGGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTc < 2:250663/149‑1 (MQ=255) aTCGGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGACgg > 1:139629/1‑149 (MQ=255) ggccggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGACGGCa < 2:139629/148‑1 (MQ=255) ggccggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGA‑CAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCAc < 8:245249/148‑1 (MQ=255) gccggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCAcc < 1:132225/149‑1 (MQ=255) ccggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCAccc < 7:264123/149‑1 (MQ=255) cggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGACGGCAccat < 6:53325/149‑3 (MQ=255) ggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACccac > 5:209715/1‑149 (MQ=255) ccGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACccacttccac < 6:209715/149‑1 (MQ=255) aaGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTc < 7:90746/149‑1 (MQ=255) aGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCt < 2:188677/149‑1 (MQ=255) gTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTc > 6:272749/1‑149 (MQ=255) aTCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGt < 4:158965/118‑1 (MQ=255) aTCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGt > 3:158965/1‑118 (MQ=255) 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cccTTCGTCAGGCCTTGGGTGTCCTGGGTGACCAGTTTGATGCGGTCGCCCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGcc < 6:169927/149‑1 (MQ=255) tCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGGCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTg < 7:188285/149‑1 (MQ=255) aGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc < 2:34573/148‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGa > 4:45210/1‑149 (MQ=255) gCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGa > 5:214374/1‑149 (MQ=255) cTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc < 6:44557/144‑1 (MQ=255) cTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc > 5:44557/1‑144 (MQ=255) ggTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCAcc < 4:122320/148‑1 (MQ=255) tCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCAt < 4:101275/149‑1 (MQ=255) ccAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATg < 6:325921/107‑1 (MQ=255) ccAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATg > 5:325921/1‑107 (MQ=255) ccAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCg < 5:272749/149‑1 (MQ=255) gATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACg > 6:155994/1‑147 (MQ=255) cGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACgcagca < 3:45210/148‑1 (MQ=255) gTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCacac > 1:131044/1‑149 (MQ=255) aCCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAg > 5:277527/1‑149 (MQ=255) aCCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAg < 6:191594/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAgg < 7:241294/149‑1 (MQ=255) acccGGACACCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAgg < 6:166822/146‑1 (MQ=255) cGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCa > 6:50852/1‑149 (MQ=255) cATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGAAGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATcca > 7:69364/1‑147 (MQ=255) aTCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGAACGCAGCACACCGAGGGCATCGAt > 4:171768/1‑149 (MQ=255) cACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCAACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGt > 1:77850/1‑149 (MQ=255) cgGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGc < 6:277527/149‑1 (MQ=255) gggTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATc > 8:155553/1‑78 (MQ=255) gggTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATc < 7:155553/78‑1 (MQ=255) ggTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTa < 6:214374/149‑1 (MQ=255) tCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTAcc < 3:255391/149‑1 (MQ=255) ttCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCgg > 2:269649/1‑149 (MQ=255) aCCCATGGGGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCGCGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTAc > 1:12700/1‑149 (MQ=255) aCCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTAc < 5:50852/149‑1 (MQ=255) ccATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACg > 6:314671/1‑148 (MQ=255) gAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACAt < 1:307343/148‑1 (MQ=255) gCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGc > 5:279557/1‑149 (MQ=255) cTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGc < 5:314671/148‑1 (MQ=255) tGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTg > 2:209278/1‑149 (MQ=255) gtgggTGCCGACGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGc > 3:858/4‑149 (MQ=255) ccGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAgg < 7:23773/99‑1 (MQ=255) ccGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAgg > 8:23773/1‑99 (MQ=255) cGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCTCGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTCCGgc < 2:12700/149‑1 (MQ=255) | GCATCGGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTCCGGC > NC_002947/4979641‑4979934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |