| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,112,015 | T→C | 5.8% | T133A (ACC→GCC) | rluB ← | 23S rRNA pseudouridylate synthase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,112,015 | 0 | T | C | 5.8% | 206.0 / 2.3 | 69 | T133A (ACC→GCC) | rluB | 23S rRNA pseudouridylate synthase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/33); new base C (2/2); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
GTGAACTTGGCCGGGCCGTCCTCCAGCATTACGCCGGCTTTCAGGCGCTCGATCATCTCGTCGTCGACTTCACCACGCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGTTTGTTGTA > NC_002947/5111867‑5112162 | gTGAACTTGGCCGGGCCGTCCTCCAGCATTACGCCGGCTTTCAGGCGCTCGATCATCTCGTCGTCGACTTCACCACGCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGTATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCggt > 8:219187/1‑149 (MQ=255) tGAACTTGGCCGGGCCGTCCTCCAGCATTACGCCGGCTTTCAGGCGCTCGATCATCTCGTCGTCGACTTCACCACGCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCggtg > 5:141075/1‑149 (MQ=255) aaCTTGGCCGGGCCGTCCTCCAGCATTACGCCGGCTTTCAGGCGCTCGATCATCTCGTCGTCGACTTCACCACGCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCggtggt < 7:82500/149‑1 (MQ=255) 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6:19058/149‑1 (MQ=255) gCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGc < 6:13539/149‑1 (MQ=255) acacGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGc > 2:48454/1‑141 (MQ=255) acacGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGc < 1:48454/141‑1 (MQ=255) gTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCgg > 8:3876/1‑149 (MQ=255) tACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGt < 3:112775/149‑1 (MQ=255) tACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGt > 1:10813/1‑149 (MQ=255) aCGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTgg < 5:219107/129‑1 (MQ=255) aCGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTgg > 6:219107/1‑129 (MQ=255) aCGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCg > 4:59135/1‑149 (MQ=255) aTCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGcc > 3:196046/1‑148 (MQ=255) aTCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCAAGCGGCCTGCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGCACACGGTCGGGCGccc > 4:180698/1‑149 (MQ=255) tctcGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCt > 1:129275/1‑149 (MQ=255) gTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTTGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGCGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTc < 3:306883/147‑1 (MQ=255) gTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTcc < 2:10813/148‑1 (MQ=255) gTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGc > 1:217877/1‑109 (MQ=255) gTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGc < 2:217877/109‑1 (MQ=255) tGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACg > 1:152282/1‑149 (MQ=255) 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4:73214/149‑1 (MQ=255) tgctgTTCACCACCGACGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGcc > 2:42054/5‑149 (MQ=255) gCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTc > 7:85158/1‑111 (MQ=255) gCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTc < 8:85158/111‑1 (MQ=255) gCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACgg < 3:169768/135‑1 (MQ=255) gCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACgg > 4:169768/1‑135 (MQ=255) ccAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCgg > 2:262792/1‑124 (MQ=255) ccAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCgg < 1:262792/124‑1 (MQ=255) aGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATAAAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTc > 8:32829/1‑149 (MQ=255) aCCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGtt > 7:156440/1‑149 (MQ=255) aCCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGtt > 3:13217/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGTGGTGAACAGCATCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGttt < 4:196046/149‑1 (MQ=255) cGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTCCGCCGTCGGGTttg < 6:141075/149‑1 (MQ=255) tCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGTttgtt < 5:258119/149‑1 (MQ=255) gtggtgAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGTTTGTTGTa > 8:96942/1‑149 (MQ=255) | GTGAACTTGGCCGGGCCGTCCTCCAGCATTACGCCGGCTTTCAGGCGCTCGATCATCTCGTCGTCGACTTCACCACGCACACGTACCGCGTACTCACGGTCCATCTCGTAGGATGGGTGCATCAGGCGGTTGGCCAGTTCACCGTCGGTGGTGAACAGCAGCAAGCCAGTGGTGTTGATGTCGAGGCGGCCGATGTTGATCCAGCGGCCTTCTTTTGGCCGTGGCAAGCGGTCGAACACGGTCGGGCGCCCTTCCGGGTCGTCACGGGTGCAGATTTCGCCGTCGGGTTTGTTGTA > NC_002947/5111867‑5112162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |