Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 468,464 | A→G | 9.6% | C831C (TGT→TGC) | PP_0386 ← | sensory box protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 468,464 | 0 | A | G | 9.6% | 137.0 / 5.5 | 53 | C831C (TGT→TGC) | PP_0386 | sensory box protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/23); new base G (3/2); total (27/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 |
ACGTCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTGGGTGATCT > NC_002947/468321‑468612 | aCGTCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGt < 5:116145/149‑1 (MQ=255) aCGTCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGt < 3:19774/149‑1 (MQ=255) tCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTGCCGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGa < 1:42366/149‑1 (MQ=255) tCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGTTTGGACACCTGCGCACAGGTGAg > 8:111274/1‑149 (MQ=255) cTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGCCCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCt > 7:240260/1‑149 (MQ=255) ctctTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTg > 6:225553/1‑147 (MQ=255) ctTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGc < 6:156786/149‑1 (MQ=255) ggCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGttt > 2:316857/1‑149 (MQ=255) cgcTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTc < 1:49943/149‑1 (MQ=255) 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acCTGTGCGCAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTg > 8:41930/1‑149 (MQ=255) acCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTg > 8:117169/1‑149 (MQ=255) gtatctcacaCGTGTCTACGCCCTGGATCCGTTTTTCGAACTATGTGCGATTGGGCAGTCCGGTCAGCGGGTCTTGGTGGGATTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTgg < 4:166845/143‑1 (MQ=255) cTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTggg > 6:1489/1‑149 (MQ=255) cTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGGCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTggg < 8:61286/149‑1 (MQ=255) acaGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCACCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCACCACGAAGTgggacatcg > 3:166845/1‑143 (MQ=255) | ACGTCGCGTACCTGCTCTTTCAGGCGCTGGGCGATGCCCTTGAGCAGCAGGTCGCCGACCGGGTGGCCAAGGCTGTCGTTGATGTGCTTGAAGCGGTCGAGGTCCAGGAACAGCACTG‑CGCCCTGGCGGTTGGACACCTGCGCACAGGTGAGTACGCCCTGGAGCCGGTTTTCGAACAAGGTGCGATTGGGCAGGCCGGTCAGCGGGTCGTGGTGGGCTTGATAGTCGAGTTTGGCCTGGGCGTGCTTGATGCTGGAGATGTCTGCAAAAACCGCCACGAAGTGGGTGATCT > NC_002947/468321‑468612 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |