Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,220,277 | C→T | 10.7% | A153T (GCC→ACC) | moaB‑II ← | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,220,277 | 0 | C | T | 10.7% | 122.7 / 5.9 | 47 | A153T (GCC→ACC) | moaB‑II | molybdenum cofactor biosynthesis protein B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/20); new base T (2/3); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
TGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAATGCCCGGAACA > NC_002947/5220132‑5220417 | tGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTATTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGc > 1:75010/1‑146 (MQ=255) gCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCTGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGcc < 5:257822/149‑1 (MQ=255) cTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTccc < 2:283546/149‑1 (MQ=255) tCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTcc > 8:18648/1‑147 (MQ=255) aCCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCg > 8:257393/1‑149 (MQ=255) cGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGc > 1:36702/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCgg > 2:317478/1‑147 (MQ=255) gagagGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCgg > 2:230095/1‑149 (MQ=255) gagagGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCg < 7:30152/148‑1 (MQ=255) agGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGTCAGAATGCCtt > 3:82777/1‑122 (MQ=255) agGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGTCAGAATGCCtt > 3:87035/1‑122 (MQ=255) agGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGTCAGAATGCCtt < 4:82777/122‑1 (MQ=255) agGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGTCAGAATGCCtt < 4:87035/122‑1 (MQ=255) gTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCggcagg > 2:102756/1‑149 (MQ=255) ttACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGTCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCaa < 5:78788/148‑1 (MQ=255) ttACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCaa < 2:36702/148‑1 (MQ=255) cTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACAt < 4:285104/148‑1 (MQ=255) cTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATa < 4:294445/149‑1 (MQ=255) aaaaTTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATAc < 2:75010/147‑1 (MQ=255) aaTTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAAc > 2:110243/1‑149 (MQ=255) tGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTg < 1:317478/148‑1 (MQ=255) ccTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAAt > 8:30631/1‑88 (MQ=255) ccTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAAt < 7:30631/88‑1 (MQ=255) cGGCCATAGCAGCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGGTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCATGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACTTGCGGTTg < 6:167176/148‑1 (MQ=255) tAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGt < 1:245459/140‑1 (MQ=255) tAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGt > 2:245459/1‑140 (MQ=255) gAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCg > 7:72691/1‑149 (MQ=255) tctcCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCggcagg < 2:307678/116‑1 (MQ=255) tctcCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCggcagg > 1:307678/1‑116 (MQ=255) cTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAAc < 1:110243/148‑1 (MQ=255) tCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCTGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGc < 4:300480/123‑1 (MQ=255) tCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGc > 3:300480/1‑123 (MQ=255) ggCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGct > 3:228359/1‑149 (MQ=255) cAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCa < 8:41840/149‑1 (MQ=255) tggttGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGt < 7:116640/146‑1 (MQ=255) cATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATc > 6:147767/1‑149 (MQ=255) cATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATc < 7:18648/149‑1 (MQ=255) tGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATc > 8:248859/1‑147 (MQ=255) tGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCga < 5:147767/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATc > 2:94421/1‑146 (MQ=255) gCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCgaga < 1:102756/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCgaga < 3:34551/149‑1 (MQ=255) gTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAAt > 5:302039/1‑149 (MQ=255) tCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCagctggatgcacggcaccggccatgcaacttcgtcaaacacctgttgccgatgtaggagattctatggccggaggcaaattttcagtaaaaacg > 4:284‑M1/1‑55 (MQ=255) ctgctCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCagctggatgcacggcaccggccatgcaacttcgtcaaacacctgttgccgatgtaggagattctatggccggaggcaaattttcagtaaaaacgccatc > 5:71307‑M1/1‑50 (MQ=255) ctgctCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAATGCCCGGaac > 2:68171/1‑148 (MQ=255) ctgctCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTACACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAATGCCCGGaac > 5:92519/1‑148 (MQ=255) ctCGGACAGAATGCCTTCCCAGGCTGTGCGGCAGGCTCCGGTAGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCTGTTTGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAATGCCCGGaaca < 7:257393/146‑1 (MQ=255) | TGGCACGCTGACTCGTACCTCGAGGTTGCTGAGAGAGGCCGATGGCGTTTTTACTGAAAATTTGCCTCCGGCCATAGAATCTCCTACATCGGCAACAGGTGTTTGACGAAGTTGCATGGCCGGTGCCGTGCATCCAGCTGCTCGGCCAGAATGCCTTCCCAGGCGGTGCGGCAGGCTCCGGTCGAGCCCGGCAGGCAACATACCAACGTGCGGTTGGACAACCCGGCCAACGCCCGGCTCTGCACGGTCGAGCTGCCAATATCGAGAATCGACAATGCCCGGAACA > NC_002947/5220132‑5220417 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |