| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,344,480 | A→G | 14.4% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,480 | 0 | A | G | 14.4% | 60.9 / 4.0 | 34 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/9); new base G (2/2); total (21/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.77e-01 | |||||||||||
CCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTC > NC_002947/5344335‑5344608 | ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCTGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTTCCAGGCAACGCGTTACCt > 1:173284/1‑149 (MQ=255) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCTCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCTGCCTCTTCGAGGGTAATCCCC‑‑CCGACAAGGCAACGCGTTACATc > 4:37910/1‑149 (MQ=25) cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCCGGTAAACCCC‑‑CCGACCAGGCAACCCCTTACCTc > 3:144700/1‑149 (MQ=37) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGTCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 2:11064/148‑1 (MQ=21) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCACTTCGCGGGTTAACCCC‑‑CCAACCAGGGCACCGGTTTACTCGGAGGAGCGGGTTTTCCcg > 3:61933/1‑149 (MQ=25) gAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 7:150346/148‑1 (MQ=255) aGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCCGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCATCGCCGGTAAAACCG‑‑CCAGCCACGCAACTCGTTACCTCGTAGGAGCTGGTTAACCcccg > 1:62215/1‑147 (MQ=37) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 8:71229/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc > 1:197775/1‑138 (MQ=21) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 2:197775/138‑1 (MQ=21) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 3:269532/149‑1 (MQ=255) gcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg‑ccg < 6:282612/149‑1 (MQ=255) aCGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCCgg > 5:486/1‑149 (MQ=255) acaacaaGTTCCGCGGCCGGCAGCCTGGTTTACCCGAGTTTGTGCCGCGCTCTTCGTTGTTAAACCCG‑‑CCTACCATGCATCCGGTATCCTCTTAGGTCCGTGTTTACCCGCTTTTTGGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTa < 2:62215/148‑1 (MQ=255) actactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 8:50527/1‑109 (MQ=255) actactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 7:50527/109‑1 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAAGCGTTTCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCCGGTTGCACACCGCTCCCCGCTACCCAGTCt > 7:178157/1‑149 (MQ=38) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCGACCACGCAACGCGGTACCTCGTAGGAGCCGGTTTAACCGCGGAGACG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCCCGCCCAGCTACACTGTcg > 8:248564/1‑148 (MQ=38) tCCGCGGCCGTCACCGGGTTTTATCCTTGCTTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTCCCCGCCAACGCGTTACCTCGTTGGTGCGGTTTTACCCGCTAAGTGG‑CCGGCCCAGGTTGAac < 6:78835/125‑1 (MQ=25) tCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAac > 5:78835/1‑125 (MQ=255) cggggTTGATCGGAGCTTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTTGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 7:248564/146‑1 (MQ=38) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGGCTTATCGAATAGCCGTTGCCGTCCCTc > 3:222381/1‑149 (MQ=255) tCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACAACCCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTTCAGTCCa > 6:86749/1‑147 (MQ=255) cGAGCTTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAACCCG‑‑CCGACCCGGCAACGCGGTACCGCGTAGGCGCGGGGTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCGGCCAGCTACACTGGCTTATCGAATAGCCGTTGCACTGCATCGc > 2:22238/1‑149 (MQ=37) ctggggccgccCTCTTCGCGGCAAACCCCG‑‑CCAACCCGCCACCCCGTTCCCTCTCCGGCGGGGTTTTACCCGCTACGTGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCt < 4:222381/144‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGac > 2:3324/1‑149 (MQ=21) cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 6:25200/1‑149 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 3:244149/107‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc > 4:209200/1‑131 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc < 3:209200/131‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:155310/1‑149 (MQ=255) cG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGTCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 6:51883/1‑149 (MQ=255) cccccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 4:244149/4‑107 (MQ=255) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg > 8:19989/1‑123 (MQ=255) | CCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTC > NC_002947/5344335‑5344608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |