| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,344,484 | C→G | 11.8% | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,344,484 | 0 | C | G | 11.8% | 75.7 / 4.8 | 34 | intergenic (+59/‑119) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/12); new base G (2/2); total (20/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-02 | |||||||||||
CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGC > NC_002947/5344336‑5344631 | cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCTCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCTGCCTCTTCGAGGGTAATCCCC‑‑CCGACAAGGCAACGCGTTACATc > 4:37910/1‑149 (MQ=25)cAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCCGGTAAACCCC‑‑CCGACCAGGCAACCCCTTACCTc > 3:144700/1‑149 (MQ=37) ccTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGTCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 2:11064/148‑1 (MQ=21) tGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCACTTCGCGGGTTAACCCC‑‑CCAACCAGGGCACCGGTTTACTCGGAGGAGCGGGTTTTCCcg > 3:61933/1‑149 (MQ=25) gAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 7:150346/148‑1 (MQ=255) aGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCCGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCATCGCCGGTAAAACCG‑‑CCAGCCACGCAACTCGTTACCTCGTAGGAGCTGGTTAACCcccg > 1:62215/1‑147 (MQ=37) aCAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 8:71229/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc > 1:197775/1‑138 (MQ=21) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GCGGGTTTAc < 2:197775/138‑1 (MQ=21) aGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg < 3:269532/149‑1 (MQ=255) gcCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAgg‑ccg < 6:282612/149‑1 (MQ=255) aCGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCCgg > 5:486/1‑149 (MQ=255) acaacaaGTTCCGCGGCCGGCAGCCTGGTTTACCCGAGTTTGTGCCGCGCTCTTCGTTGTTAAACCCG‑‑CCTACCATGCATCCGGTATCCTCTTAGGTCCGTGTTTACCCGCTTTTTGGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTa < 2:62215/148‑1 (MQ=255) actactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 8:50527/1‑109 (MQ=255) actactTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 7:50527/109‑1 (MQ=255) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAAGCGTTTCCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCCGGTTGCACACCGCTCCCCGCTACCCAGTCt > 7:178157/1‑149 (MQ=38) ctTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCGACCACGCAACGCGGTACCTCGTAGGAGCCGGTTTAACCGCGGAGACG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCCCGCCCAGCTACACTGTcg > 8:248564/1‑148 (MQ=38) tCCGCGGCCGTCACCGGGTTTTATCCTTGCTTGTGCCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTCCCCGCCAACGCGTTACCTCGTTGGTGCGGTTTTACCCGCTAAGTGG‑CCGGCCCAGGTTGAac < 6:78835/125‑1 (MQ=25) tCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAac > 5:78835/1‑125 (MQ=255) cggggTTGATCGGAGCTTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTTGGAGGGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 7:248564/146‑1 (MQ=38) 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cccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 6:25200/1‑149 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg < 3:244149/107‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc > 4:209200/1‑131 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGc < 3:209200/131‑1 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGtt > 1:155310/1‑149 (MQ=255) cG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGTCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 6:51883/1‑149 (MQ=255) cccccTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTg > 4:244149/4‑107 (MQ=255) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAg > 8:19989/1‑123 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga > 4:53436/1‑106 (MQ=255) cTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAaga < 3:53436/106‑1 (MQ=255) tCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGc > 7:287564/1‑149 (MQ=255) | CAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGG‑CCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCCAGGC > NC_002947/5344336‑5344631 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |