Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,561,959 | T→A | 7.4% | D309V (GAC→GTC) | hflK ← | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,561,959 | 0 | T | A | 7.4% | 161.6 / 2.7 | 54 | D309V (GAC→GTC) | hflK | integral membrane ATP‑dependent zinc metallopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/23); new base A (2/2); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 |
TAGAGCAGGTTGCTCTGCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACGCTGCTC > NC_002947/5561815‑5562095 | tAGAGCAGGTTGCTCTGCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGc < 8:21281/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCTCTGCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGc < 3:34374/143‑1 (MQ=255) aGGTTGCTCTGCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGc > 4:34374/1‑143 (MQ=255) gCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCgg > 1:313427/1‑149 (MQ=255) cccGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCgg < 3:147296/148‑1 (MQ=255) ccGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGACAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCggg > 7:39404/1‑148 (MQ=255) gTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCTCGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCt < 8:58076/131‑1 (MQ=255) gTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCt > 7:58076/1‑131 (MQ=255) gttGGTTGCCACCATTACATTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTCCATGGTCTCCACTTACCGACGCTCACGGGTGACGTCTGGTGCCTTGCTGTTCTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGa < 4:281849/148‑1 (MQ=255) ggTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACt < 2:313427/148‑1 (MQ=255) caccaTGACCTTGCTCGAGTTGTTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTcgc > 6:212771/1‑149 (MQ=255) caccaTGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTg < 3:207569/127‑1 (MQ=255) caccaTGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTg > 4:207569/1‑127 (MQ=255) accaTGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGACAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTcgcg < 8:39404/149‑1 (MQ=255) gCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGACTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTgg > 1:214108/1‑149 (MQ=255) tCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCa > 2:50311/1‑149 (MQ=255) cTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGACTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCga < 2:214108/148‑1 (MQ=255) tAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCTATGACTTCGTCGCGGTAACCATTgg < 1:118802/136‑1 (MQ=255) tAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCGATGACTTCGTCGCGGTAACCATTgg > 2:118802/1‑136 (MQ=255) gACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGatgatg < 5:212771/148‑1 (MQ=255) aCCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATgcg > 4:210891/1‑149 (MQ=255) ttGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTggg > 2:37893/1‑149 (MQ=255) gCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGcc > 4:238464/1‑149 (MQ=255) aTGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCaa > 4:146063/1‑100 (MQ=255) aTGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCaa < 3:146063/100‑1 (MQ=255) cAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGc > 3:247777/1‑117 (MQ=255) cAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGc < 4:247777/117‑1 (MQ=255) cAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACgg < 3:210891/148‑1 (MQ=255) ataCGCTCACGGGTTACGTCAGGTGGCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGTCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCGTCGAGTATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCgg < 8:158268/147‑1 (MQ=255) aGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCgg > 2:279064/1‑149 (MQ=255) cTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑acca < 1:267609/149‑1 (MQ=255) tCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑accac > 5:270843/1‑149 (MQ=255) tCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑accac > 7:97603/1‑149 (MQ=255) tCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑accac > 1:91534/1‑149 (MQ=255) aCGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑accac > 6:160555/1‑147 (MQ=255) aCGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGc‑accac < 5:160555/147‑1 (MQ=255) aCGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGc > 3:220285/1‑149 (MQ=255) aCGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGc < 3:238464/149‑1 (MQ=255) gTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTg > 6:307702/1‑116 (MQ=255) gTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTg < 5:307702/116‑1 (MQ=255) cGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGc < 6:270843/148‑1 (MQ=255) gTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCa > 3:107792/1‑148 (MQ=255) gTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCa > 7:118164/1‑148 (MQ=255) gTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCa > 7:138326/1‑148 (MQ=255) ggTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTgg > 5:46603/1‑149 (MQ=255) gTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTg < 2:55624/130‑1 (MQ=255) cTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGCAACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGtt < 1:37893/148‑1 (MQ=255) tCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCg > 7:46488/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCgg < 8:97603/148‑1 (MQ=255) gCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGc < 8:118164/149‑1 (MQ=255) gcagcTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACgc > 6:120624/1‑149 (MQ=255) cagcTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACgct > 7:163245/1‑149 (MQ=255) aagggTGAGGCAGACCGCTTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACgctgct > 1:311378/4‑149 (MQ=255) agggTGAGGCAGACCGCTTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACGCTGCTc < 2:311378/147‑1 (MQ=255) | TAGAGCAGGTTGCTCTGCCCGTCCTTGGTTGCCACCATGACCTTGCTCGAGTTGCTGTAGACCTCTTGCATGGTCTCCAGATACAGACGCTCACGGGTTACGTCAGGTGCCTTGCGGTACTCGGCAAGCAGCTTGGTGAAGCGGTCTGCCTCACCCTTGGCGCGGGCAATGACTTCGTCGCGGTAACCATTGGCATCCTCGATGATGCGCTGGGCCTGACCACGGGCTTCCGGC‑ACCACGCCATTGGCATAGGACTCGGCCTGGTTGCGGGCACGCTGCTC > NC_002947/5561815‑5562095 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |