Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,650,674 | A→C | 12.4% | H173Q (CAT→CAG) ‡ | PP_4959 ← | diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,650,674 | 0 | A | C | 12.4% | 145.3 / 8.1 | 55 | H173Q (CAT→CAG) ‡ | PP_4959 | diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/25); new base C (3/4); total (26/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCCCCTGGTAGGCCTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCTTGGGCTTGAG > NC_002947/5650526‑5650820 | gccCCTGGTAGGCCTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCa > 8:138553/1‑149 (MQ=255) gTAGGCCTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCAt < 5:51314/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGTATAAGGCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTTGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCCATGGCATCat < 3:279776/149‑2 (MQ=255) ccTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAac > 5:231293/1‑148 (MQ=255) cTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCCATGGCATCat < 1:221990/146‑2 (MQ=255) cTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCCATGGCATCat > 2:221990/1‑145 (MQ=255) cTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGACGAGCAATTGCGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGACAGCAAACGGGAAATGGACGCATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGCCATCAacca > 5:41332/1‑149 (MQ=255) cTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACACGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAacca > 5:41328/1‑149 (MQ=255) tAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAtccgtttt < 5:61583/149‑6 (MQ=255) aGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGTTGATGCCCATGGCATCAtccgttttg > 3:229829/1‑143 (MQ=255) gAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGTTGATGCCCATGGCATCAtccgttttgc < 4:229829/149‑8 (MQ=255) cGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCtt > 4:144114/1‑149 (MQ=255) gCTGGTTCTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCTATTGGGTGCCGTGCTGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCa < 6:41332/149‑1 (MQ=255) gCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCa < 6:41328/149‑1 (MQ=255) ggTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCAGTTTCCAGGa > 8:282338/1‑149 (MQ=255) gTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGAt > 5:128125/1‑149 (MQ=255) tACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATg < 6:231293/149‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAaccac < 3:168478/113‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAaccac > 4:168478/1‑113 (MQ=255) gTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGAc < 7:138553/147‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACg > 8:23844/1‑148 (MQ=255) gTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGc < 1:2557/149‑1 (MQ=255) ttGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGa < 5:126349/149‑1 (MQ=255) aCGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCt < 8:132657/149‑1 (MQ=255) cTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGtc > 8:259259/1‑136 (MQ=255) cTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGtc < 7:259259/136‑1 (MQ=255) gCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACt > 8:15689/1‑148 (MQ=255) aGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAg < 6:128125/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAgct > 1:149338/1‑149 (MQ=255) gtTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAgctgc > 8:207108/1‑149 (MQ=255) ttGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAAGAACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAgctgc > 1:66014/1‑149 (MQ=255) cACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTgg < 1:187489/119‑1 (MQ=255) cACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTgg > 2:187489/1‑119 (MQ=255) aCCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGAt > 5:93046/1‑98 (MQ=255) aCCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGAt < 6:93046/98‑1 (MQ=255) ggTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCAt < 3:144114/149‑1 (MQ=255) aGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGtt < 7:23844/149‑1 (MQ=255) gCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGa > 2:75957/1‑122 (MQ=255) gCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGa < 1:75957/122‑1 (MQ=255) gggAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCgctgc > 1:79140/1‑149 (MQ=255) gggAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCgctgc < 7:15689/149‑1 (MQ=255) aaTGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGt > 6:106228/1‑149 (MQ=255) cGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGagca < 2:79140/149‑1 (MQ=255) aaCGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGag > 7:150365/1‑136 (MQ=255) aaCGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGag < 8:150365/136‑1 (MQ=255) aCGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCt < 4:84021/149‑1 (MQ=255) aCGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCt < 7:282338/149‑1 (MQ=255) gttgatgCCCATGGCATCATCCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTg > 3:197796/3‑141 (MQ=255) gttgatgCCCATGGCATCATCCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTg < 4:197796/139‑1 (MQ=255) gCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCTTGGGCtt > 2:310723/1‑147 (MQ=255) ccATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCTTGGGCTTGa < 7:207108/148‑1 (MQ=255) cATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCgg > 4:167158/1‑107 (MQ=255) cATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCgg < 3:167158/107‑1 (MQ=255) cATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGa > 8:186427/1‑123 (MQ=255) cATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGa < 7:186427/123‑1 (MQ=255) cATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCTTGGGCTTGAg > 7:114706/1‑148 (MQ=255) | GCCCCTGGTAGGCCTTGTAGAAGTCCGACTCGCGCCACAGGCTGGTACTGGTCAGTTGCACAACGTCGAGCAATTGGGTGCCCTGCAGGTGTTGCACCGGTGCCGCCAGCAAACGGGAAATGGCCGGATTGGCAA‑AACGGATGATGCCATGGGCATCAACCACCAGAATGCCTTCGGCGGCATTTTCCAGGATGGACGCATTGAAGGCCCTGGCCGTCTCCAGCTCACGACTCAGCTGCTGCAGCATGCGCCGGTTGCGCTGCTGGTCGAGCAGCGCCTGGACCTTGGGCTTGAG > NC_002947/5650526‑5650820 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |