Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,683,673 | A→G | 8.0% | F1074L (TTC→CTC) | PP_4988 ← | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,683,673 | 0 | A | G | 8.0% | 139.9 / 3.0 | 50 | F1074L (TTC→CTC) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/23); new base G (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 |
GCGGTCCATTTCCAGCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCGCTGCTGCCGGTATTTCGGCGGTG > NC_002947/5683527‑5683821 | gCGGTCCATTTCCAGCGGGTCTAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACAGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGGCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACt < 4:275810/149‑1 (MQ=255) aTTTCCAGCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGcgtc < 6:101096/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGcgtcgt > 1:42613/1‑149 (MQ=255) cAGCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTg < 7:183090/148‑1 (MQ=255) gCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGAcc < 3:15374/149‑1 (MQ=255) gAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACGTCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCt > 2:63413/1‑149 (MQ=255) gAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCt > 2:66109/1‑149 (MQ=255) tcgtcATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGAt < 6:325929/149‑1 (MQ=255) tcATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATgcg > 5:80834/1‑149 (MQ=255) cTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACGTCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATc < 1:63413/149‑1 (MQ=255) cTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGgatg > 8:18371/1‑146 (MQ=255) cTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGgatg < 7:18371/146‑1 (MQ=255) cGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGAcc < 2:204591/119‑1 (MQ=255) cGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGAcc > 1:204591/1‑119 (MQ=255) cGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGa < 2:201532/148‑1 (MQ=255) cGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGa < 7:125081/148‑1 (MQ=255) aaCTGCTGCCGGCTGGTGATTGGGCCGTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACTCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTg < 2:42613/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTg < 8:19108/149‑1 (MQ=255) aaCTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACGGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCCTCTCGTTGAGGGCGCACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGCTGCGCCGCCGGATGATCGA‑GTg > 5:233085/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGc > 7:139036/1‑149 (MQ=255) gcCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGa < 7:187389/139‑1 (MQ=255) gcCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGa > 8:187389/1‑139 (MQ=255) tGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAgg > 4:178872/1‑149 (MQ=255) agaTTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGtt < 6:138438/105‑1 (MQ=255) agaTTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGtt > 5:138438/1‑105 (MQ=255) gaTTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCGCGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTAc > 6:313623/1‑149 (MQ=255) gCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTATGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAgg > 4:81280/1‑149 (MQ=255) ccccTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCATGTTCACCAgg > 8:9858/1‑148 (MQ=255) cccTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGgtc < 8:139036/149‑1 (MQ=255) ggTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGa < 6:80834/149‑1 (MQ=255) aGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGACGTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGt < 1:66109/149‑1 (MQ=255) aGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGgtcgtc > 3:306902/1‑134 (MQ=255) aGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGgtcgtc < 4:306902/134‑1 (MQ=255) aGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTc < 3:178872/149‑1 (MQ=255) agcaACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCtt > 3:150992/1‑149 (MQ=255) cTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCt < 1:79321/71‑1 (MQ=255) cTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCt > 2:79321/1‑71 (MQ=255) cTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGAcc > 8:129164/1‑148 (MQ=255) cGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCAcc > 6:163053/1‑149 (MQ=255) aTGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAGCTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCgg > 3:113100/1‑149 (MQ=255) aTGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAGCTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCgg > 3:117763/1‑149 (MQ=255) gAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCg < 7:129164/147‑1 (MQ=255) gtgtGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAGCTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGctct < 4:113100/149‑1 (MQ=255) gtgtGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAGCTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGctct < 4:117763/149‑1 (MQ=255) tgGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGgc > 6:311884/1‑149 (MQ=255) tctcCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCgct > 5:316535/1‑149 (MQ=255) ctcGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCGCTGCTGCCg > 3:28399/1‑149 (MQ=255) ttGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGAcc > 3:228301/1‑105 (MQ=255) ttGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGAcc < 4:228301/105‑1 (MQ=255) gggCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCGCTGCTGCCGGTATTTc < 7:9858/148‑1 (MQ=255) aCTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCGCTGCTGCCGGTATTTCGGCGGTg < 4:28399/149‑1 (MQ=255) | GCGGTCCATTTCCAGCGGGTCGAAGTCGTCATAGGCATCGCCTTCGAACTGCTGCCGGCTGGAGATTCGCCCCTGGGTCTCGACATCCAGACGCAGCAACTGATCACGCATGCGCTCGAGTGTGGTCTCCATCTCGTTGAGGGCGAACTGCGCGTCGTTGACCTGTTGCTCGATGCGCCCCCGGATGATCGA‑GTGCTCGCCTGCCAGGTTACCCAGGTCGTCGAGCAGCTCGGCGTCGACCTTGACCATGTCACCCGGTGCCCGCTCTGGCGCTGCTGCCGGTATTTCGGCGGTG > NC_002947/5683527‑5683821 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |