Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,700,058 | A→C | 6.6% | D179A (GAT→GCT) | phaA → | poly(3‑hydroxyalkanoate) polymerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,700,058 | 0 | A | C | 6.6% | 190.2 / 3.8 | 61 | D179A (GAT→GCT) | phaA | poly(3‑hydroxyalkanoate) polymerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/30); new base C (2/2); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 |
GAGGCCATGGCGCCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCTGGTGGTGCCACCGCAGATCAACAAGT > NC_002947/5699910‑5700204 | gAGGCCATGGCGCCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCTAGAGCCTGCACGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGCACATGGTCACCACCGGCCGCATGCCCAGCCAGGTTAACATGGa > 6:227583/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCt > 4:277845/1‑148 (MQ=255) cgcCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGaa < 6:204011/149‑1 (MQ=255) gcCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAg > 4:52056/1‑149 (MQ=255) ccGACCAATACCCTGTCCATCCCGGCTGCGGTCTAACGCTTCTTCGATACCGGCGGCAAGAGCCTGCGCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGt < 8:4706/149‑1 (MQ=255) gACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTgg < 3:277845/149‑1 (MQ=255) aCCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTggg < 2:241447/149‑1 (MQ=255) aTACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGc > 6:86872/1‑146 (MQ=255) ccTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCTAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACCTGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAAcc < 5:227583/149‑1 (MQ=255) cTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCaa > 5:49850/1‑143 (MQ=255) cTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCaa < 6:49850/143‑1 (MQ=255) cTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCt > 3:103697/1‑149 (MQ=255) cAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCa > 3:23635/1‑149 (MQ=255) aaCCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCAc > 8:157450/1‑149 (MQ=255) gCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAgg < 7:157450/149‑1 (MQ=255) cgctgaaaCTCTTATTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCATGTCCAACCTGCCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTTAACATGGATGCATTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGTCACCAGCGAAGgc > 6:269197/6‑149 (MQ=255) aCGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGAt > 7:262051/1‑103 (MQ=255) cGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGc > 5:171291/1‑148 (MQ=255) aaaCCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATAGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAAc > 1:82250/1‑149 (MQ=255) cggcggCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGAtg > 2:142869/1‑149 (MQ=255) gcggcAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGAtgtg < 2:82250/149‑1 (MQ=255) gcAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTg < 1:246950/149‑1 (MQ=255) aaGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGa < 1:142869/149‑1 (MQ=255) agagCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGaa < 3:20153/149‑1 (MQ=255) gagCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAAc < 5:181752/149‑1 (MQ=255) cTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTgg > 2:195456/1‑100 (MQ=255) cTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTgg < 1:195456/100‑1 (MQ=255) cTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATc < 5:86872/147‑1 (MQ=255) cTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATc < 4:103697/147‑1 (MQ=255) tCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAg > 8:149033/1‑149 (MQ=255) cGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGaa > 1:253793/1‑139 (MQ=255) cGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGaa < 2:253793/139‑1 (MQ=255) gATGGCCTGTCCAACCTTGCCAAGGACATGGTCAACAACGTCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATTGATGCCTTCTAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTa < 5:171423/149‑1 (MQ=255) gATGGCCTGTCCAACCTGTCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTg < 2:221789/93‑1 (MQ=255) gATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTg > 1:221789/1‑93 (MQ=255) gATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATCCCCACCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGCCGCGGTGGTCTACAGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGt > 5:233457/1‑148 (MQ=255) gCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGc < 5:269197/149‑1 (MQ=255) gTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCa > 1:64885/1‑149 (MQ=255) tCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGaa < 3:98512/129‑1 (MQ=255) tCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGaa > 4:98512/1‑129 (MQ=255) aaCCTGGCCAAGGCCATGGTCCACACCGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCCCCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCAc > 2:10220/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCAcc > 8:182486/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCAc > 8:120282/1‑84 (MQ=255) ccTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCAc < 7:120282/84‑1 (MQ=255) agaaGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCGAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCGAGTACAGCCCGATCACCGAGCAg < 6:233457/147‑1 (MQ=255) aaGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGt < 2:64885/149‑1 (MQ=255) aaGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGt < 7:149033/149‑1 (MQ=255) aCATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGCGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCAt > 2:15330/1‑149 (MQ=255) gTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATc > 4:79318/1‑129 (MQ=255) gTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATc < 3:79318/129‑1 (MQ=255) gTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGccc < 7:188800/148‑1 (MQ=255) cggcggCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACa < 4:86120/113‑1 (MQ=255) cggcggCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCgctgc < 3:52056/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCCAGGTGAACATGGCTGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCtggtg < 1:55221/145‑1 (MQ=255) gCCCAGCCAGGTGAACATGGCTGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCtggtg < 1:50710/145‑1 (MQ=255) gCCCAGCCAGGTGAACATGGCTGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCtggtg > 2:50710/1‑145 (MQ=255) gCCCAGCCAGGTGAACATGGCTGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCtggtg > 2:55221/1‑145 (MQ=255) cccAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGt < 4:200773/100‑1 (MQ=255) gAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTTGGAACCAGCGTAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATcc < 1:178299/86‑1 (MQ=255) gAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGAGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATcc > 2:178299/1‑86 (MQ=255) aTGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCTGGTGGTGCCACCGCAGATcaacaa > 3:49791/1‑149 (MQ=255) ggATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCTGGTGGTGCCACCGCAGATCAACAAGt > 3:122487/1‑149 (MQ=255) | GAGGCCATGGCGCCGACCAATACCCTGTCCAACCCGGCTGCGGTCAAACGCTTCTTCGAAACCGGCGGCAAGAGCCTGCTCGATGGCCTGTCCAACCTGGCCAAGGACATGGTCAACAACGGCGGCATGCCCAGCCAGGTGAACATGGATGCCTTCGAAGTGGGCAAGAACCTGGGCACCAGCGAAGGCGCGGTGGTGTACCGCAACGATGTGCTGGAACTGATCCAGTACAGCCCCATCACCGAGCAGGTGCATGCCCGTCCGCTGCTGGTGGTGCCACCGCAGATCAACAAGT > NC_002947/5699910‑5700204 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |