Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,839,686 | T→A | 11.8% | intergenic (+63/+40) | yheT → / ← sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,839,686 | 0 | T | A | 11.8% | 124.8 / 7.1 | 49 | intergenic (+63/+40) | yheT/sseA | putative hydrolase/3‑mercaptopyruvate sulfurtransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/22); new base A (3/3); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
TGTGGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAA > NC_002947/5839539‑5839827 | tgtgGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAtt > 4:120552/1‑149 (MQ=255) ggATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCg < 7:120232/149‑1 (MQ=255) aTTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGt < 8:193067/149‑1 (MQ=255) aTTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGt > 3:295575/1‑149 (MQ=255) tGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAATGCCGGTgt < 5:208630/148‑2 (MQ=255) ccTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCggg > 8:24131/1‑149 (MQ=255) cTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGTTTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCggg‑g > 8:92454/1‑149 (MQ=255) tGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCggg‑gg > 2:233037/1‑149 (MQ=255) aTCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTGCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGAGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAATGCCGGTgt > 8:154810/1‑127 (MQ=255) 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6:288510/149‑1 (MQ=255) tGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCAt > 8:293339/1‑106 (MQ=255) tGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCAt < 7:293339/106‑1 (MQ=255) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCg < 3:108321/147‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTa > 6:68650/1‑149 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTa > 4:264225/1‑149 (MQ=255) gcgAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCcgccagcgccag > 1:53352/1‑149 (MQ=255) acCGGCAATGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGc < 3:257994/62‑1 (MQ=255) acCGGCAATGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGc > 4:257994/1‑62 (MQ=255) cGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCaaa > 3:286434/1‑147 (MQ=255) cGGCAATGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCCGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCaaa > 5:233139/1‑147 (MQ=255) | TGTGGGATTTGTCGATGGTAGCCTGCGAAATCCGGGGTACTACTTGGAACGACGGATTCCGCAGTGGCTGGTGGACGGTAGCTAGCCCGCGAATTGGTAAAGGCTGCGCGCCCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCATTGCCGGTGCCACCCACCGCGGG‑GGTTCAAC‑CCGGTCTGCTTACTCGCCGGTGGCCACCGCATGCTGCGGGTTGTTGATCCACTCACTCCACGACCCCGCATACAGCTTGCCCAGCGGGTACCCCGCCAGCGCCAGCGCAAA > NC_002947/5839539‑5839827 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |