| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,013,847 | C→T | 14.0% | intergenic (+52/+58) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,013,847 | 0 | C | T | 14.0% | 123.1 / 10.0 | 52 | intergenic (+52/+58) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/26); new base T (5/2); total (23/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
CCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGG > NC_002947/6013705‑6013995 | ccGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCACCCCCACGGGCACCACACGACTCGAAc > 2:80092/1‑149 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtg < 7:191816/146‑1 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCtg > 8:191816/1‑146 (MQ=255) gAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑c < 3:76972/149‑1 (MQ=255) aaCTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCCCCCCCCCAACCACAGGTGCCGCACAAGGCTGCAACCCGGTG‑cc > 2:81738/1‑149 (MQ=255) aaCTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑cc > 4:181446/1‑149 (MQ=255) tGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑cc > 4:73442/1‑146 (MQ=255) tGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑cc < 3:73442/146‑1 (MQ=255) tGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCCAACGCTGTG‑ccct > 5:67570/1‑146 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGTCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCtgt < 7:201519/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCtgt < 4:51966/149‑1 (MQ=255) aGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCtgt < 6:49165/149‑1 (MQ=255) ccAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTgg < 2:161771/149‑1 (MQ=255) gTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCg < 3:181446/149‑1 (MQ=255) cgcgTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCCCCCCCAACCGGGCAGCCCAGGTCGAGCACGCGGTG‑GCGTGCCTGGGGGAGCGGGCgg > 3:121963/1‑148 (MQ=255) gTTGAAGCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGGGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGATTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTG‑CTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGcc < 7:59586/149‑1 (MQ=18) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCg < 3:46733/121‑1 (MQ=255) tCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCg > 4:46733/1‑121 (MQ=255) ccGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTGTCGAACGCTGTG‑GCGGACCTGTGGGTGCGGGCGTGCCCCCGAATTGCCGc > 4:80995/1‑148 (MQ=38) gAAGTCGCTGGAAGGTGGTGGGGTCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCTGCTGCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCtt < 7:200221/149‑1 (MQ=255) acgTCGCGGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGCCACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCttt < 2:181852/147‑1 (MQ=255) tCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCTTACCTGTGGGAGCGGGTGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCtttt < 6:285279/147‑1 (MQ=255) tCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGTGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCtttt > 5:285279/1‑147 (MQ=255) cGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTTTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATc < 1:80092/149‑1 (MQ=255) gCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATc < 6:67570/148‑1 (MQ=255) gCTGGAAGGTGGTGTGGGCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 1:81738/149‑1 (MQ=255) gtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCGGTG‑CCGGACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCCACCCTTTTTTATGGTTgcc > 2:87066/1‑140 (MQ=37) gtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgcc < 1:87066/141‑1 (MQ=255) cAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGc < 3:80995/149‑1 (MQ=255) tCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaac > 3:82079/1‑148 (MQ=255) ccTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttc < 8:290339/149‑1 (MQ=255) cTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑GCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCACGCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGGCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttct > 7:274286/1‑149 (MQ=37) cTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGc > 1:43102/1‑90 (MQ=255) cTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGc < 2:43102/90‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAg < 7:220493/142‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 4:82079/147‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttctt < 3:107057/147‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCCCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACCAGCGCTGGTAAAg > 8:220493/1‑142 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTG‑CTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTg > 6:94856/1‑135 (MQ=17) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTG‑CTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTg < 5:94856/135‑1 (MQ=17) gctggCACGCCGGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTATCGAACGCTGTG‑CCTTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTaa < 3:201974/146‑1 (MQ=38) actcccGCTCCCACAGGTACGTCACATCGTTCGAGACCTGTT‑ATGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTCTCTGGTTGCCGCCCGCCCAGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCt > 6:278580/4‑149 (MQ=17) aCGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTG‑CTGCCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCt > 6:283538/1‑149 (MQ=18) ccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCgg < 3:53805/149‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc > 3:69343/1‑143 (MQ=255) tCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGc < 4:69343/143‑1 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 7:100308/1‑149 (MQ=255) ccACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc < 2:30487/149‑1 (MQ=255) ccACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTG‑CTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 7:180452/1‑149 (MQ=21) acaGGTACGGCACAGCGTTCGAGCCCTGTG‑CTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 2:282903/1‑148 (MQ=25) caGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTgg > 3:233179/1‑103 (MQ=255) caGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTgg < 4:233179/103‑1 (MQ=255) ctcGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTCCCCCAACTGCATCCGCCCCAgg > 3:234938/1‑149 (MQ=255) | CCGTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTG‑CCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGG > NC_002947/6013705‑6013995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |