Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,075,775 | G→A | 10.0% | H263Y (CAC→TAC) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,075,775 | 0 | G | A | 10.0% | 109.6 / 3.1 | 40 | H263Y (CAC→TAC) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (2/2); total (20/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
TGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGCCGGC > NC_002947/6075628‑6075922 | tgatCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGc < 5:78810/149‑1 (MQ=255) ccAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATg > 3:160199/1‑147 (MQ=255) gTGGCAGTAATTTCGCTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGACCACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGt < 4:206236/149‑1 (MQ=255) tCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCAttt < 8:79739/148‑1 (MQ=255) tCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTg > 2:119817/1‑149 (MQ=255) cGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTgg > 6:71431/1‑112 (MQ=255) cGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTgg < 5:71431/112‑1 (MQ=255) cGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTg < 1:51330/148‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCg < 2:105948/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCa < 8:95116/148‑1 (MQ=255) ggCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTACTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGtt > 2:150061/1‑149 (MQ=255) ggCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTACTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGtt > 2:154885/1‑149 (MQ=255) tATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCCTATCGGTCATTTGCGGCAGTTAGATg > 8:237643/1‑149 (MQ=255) cTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGAt > 2:205950/1‑96 (MQ=255) cTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGAt < 1:205950/96‑1 (MQ=255) aCGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCggtg < 7:237643/148‑1 (MQ=255) ttGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACctc > 1:309822/1‑149 (MQ=255) gAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGtt < 8:123322/119‑1 (MQ=255) gAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGtt > 7:123322/1‑119 (MQ=255) ttGTCGCCCAGGCTGAACACGTCCGCCCTGGCACGGCCGATGATCACGTACAGCCAGTGATGGCGTGGGTCGATGAAGATATTATTCACCGGCTAGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTTCTCCGTGGTGACCTCGTCGGtcct > 8:163839/1‑147 (MQ=255) gTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCg < 2:243623/142‑1 (MQ=255) gTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCg > 1:243623/1‑142 (MQ=255) ggCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTcc < 4:160199/149‑1 (MQ=255) tGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTg > 2:111231/1‑149 (MQ=255) acacGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCgg < 6:118298/149‑1 (MQ=255) acacGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTACTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCgg < 1:154885/149‑1 (MQ=255) acacGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTACTGGCGTGGGGCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCgg < 1:150061/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTc < 2:309822/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGt > 2:279640/1‑147 (MQ=255) ggCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTTGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTGGGGCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGc < 7:163839/148‑1 (MQ=255) ggCCGTGGCACGGCCATTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCAt < 5:31085/78‑1 (MQ=255) ggCCGTGGCACGGCCATTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGACGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCAt > 6:31085/1‑78 (MQ=255) aCGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCt > 6:211416/1‑149 (MQ=255) gTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGAt < 1:111231/149‑1 (MQ=255) ttGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGAt > 5:80546/1‑148 (MQ=255) aTCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGAGGAGc > 4:66596/1‑149 (MQ=255) tACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCgg > 3:9196/1‑148 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGc > 7:33459/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGc > 3:271173/1‑149 (MQ=255) gTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGCCgg < 1:119817/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGCCGGc > 1:72368/1‑148 (MQ=255) | TGATCAGCGAAATGCCGCCAACCAGCTGGGCCGTGGCAGTAATTTCGGTGTCGGCGCTATCAGACAACTTGTAACGGCCGTTGAGGCTCTTGTCGCGCAGGCTGAACACGTCGGCCGTGGCACGGCCGTTGATCACGTACAGCCAGTGCTGGCGTGGGTCGATGAAGATATTCTTCACCGTCTCGGTCATTTGCGGCAGTTCGATGCGGTTCTGCTCGGTGGTGACCTCTTCGGTCATCATGTTTTCCGTGCGGGTCAGCTCGACCACCTGCAGATGAGCACCGGTAGAGCCGGC > NC_002947/6075628‑6075922 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |