Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 632,051 | C→G | 10.6% | A464P (GCG→CCG) | aldB‑I ← | aldehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 632,051 | 0 | C | G | 10.6% | 164.4 / 7.1 | 55 | A464P (GCG→CCG) | aldB‑I | aldehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/25); new base G (3/3); total (27/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
GAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCAGCGCTTCGGCTTCGTCC > NC_002947/631906‑632199 | gaagGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCgg > 3:66807/1‑149 (MQ=255) agGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGACCGCGGCATGCGCCggg > 2:249317/1‑148 (MQ=255) aCGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACaag < 2:303659/149‑3 (MQ=17) tAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACaa > 5:252967/1‑139 (MQ=14) tAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACaa < 6:252967/140‑2 (MQ=14) aagaagCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGtt < 4:192555/149‑1 (MQ=255) agaagCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCGCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTg > 7:107348/1‑149 (MQ=255) gCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCCTCCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTc < 1:249317/149‑1 (MQ=255) gCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCGCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTcc < 8:107348/149‑1 (MQ=255) cccAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCca < 7:200062/149‑1 (MQ=255) ccAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTg < 5:208555/143‑1 (MQ=255) ccAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTg > 6:208555/1‑143 (MQ=255) aGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACGTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCcaca > 4:171505/1‑148 (MQ=255) aTTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACg < 4:237541/147‑1 (MQ=255) aTTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACg > 3:237541/1‑147 (MQ=255) tCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTg > 1:187170/1‑129 (MQ=255) tCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTg < 2:187170/129‑1 (MQ=255) ggTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGt < 4:66807/146‑1 (MQ=255) tCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGt > 5:90255/1‑106 (MQ=255) tCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGt < 6:90255/106‑1 (MQ=255) ctgATAGTGAACCAGCATCATCTTGTGCGTCTCAAGCCCAACCC‑CCGACTTCATGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTACACAAACGGCCACCCTTGATTCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGt > 1:203102/1‑149 (MQ=18) tAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGTACGCGGCATGCGGCGGGTACTGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCGGGCGCATGCGGTAGGCAGGGTTGAt < 2:203102/149‑1 (MQ=21) aTCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTcgc > 6:93705/1‑149 (MQ=255) tCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGt > 7:84530/1‑139 (MQ=255) tCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGt < 8:84530/139‑1 (MQ=255) ccAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGt > 3:297925/1‑129 (MQ=255) ccAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGt < 4:297925/129‑1 (MQ=255) tcTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACg > 1:292547/1‑149 (MQ=255) gtgCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAg < 8:193387/118‑1 (MQ=255) gtgCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAg > 7:193387/1‑118 (MQ=255) gtgCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGc < 2:16934/146‑1 (MQ=255) gtgCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCg > 6:166548/1‑148 (MQ=255) gtgCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCg < 5:166548/148‑1 (MQ=255) gTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGcc > 3:283688/1‑149 (MQ=255) tcACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCTTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAg > 3:179146/1‑149 (MQ=255) aCGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg > 3:51109/1‑128 (MQ=255) aCGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCggg < 4:51109/128‑1 (MQ=255) gCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGcc > 1:148165/1‑148 (MQ=255) cccAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCg > 2:92441/1‑148 (MQ=255) aCCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTc < 7:60394/149‑1 (MQ=255) c‑ccGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGgt < 1:92441/149‑1 (MQ=255) c‑ccGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGgt > 6:155788/1‑149 (MQ=255) ttcttGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTcc < 4:15430/115‑1 (MQ=255) ttcttGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTcc > 3:15430/1‑115 (MQ=255) cacctGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGtt > 1:95450/5‑149 (MQ=17) cttGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTgg > 3:23134/1‑149 (MQ=255) ttGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGgcgc > 4:77846/1‑124 (MQ=255) ttGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGgcgc < 3:77846/124‑1 (MQ=255) tGTACCCGGCGCATGCCGCGTTCGGCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGc > 2:275033/1‑148 (MQ=17) gTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTgg < 2:292547/146‑1 (MQ=255) cccGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCTTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAAtt < 4:179146/148‑1 (MQ=255) cccGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTg < 4:283688/149‑1 (MQ=255) ccgccgAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGc < 3:171505/149‑1 (MQ=255) gcgGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCAGCgcttc < 5:246432/149‑1 (MQ=255) gcgGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCAGCgcttc < 4:23134/149‑1 (MQ=255) ccGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCAGCGCTTCGGCTTCGTcc < 2:148165/149‑1 (MQ=255) | GAAGGCGACGCGGTCTAGAAGAAGCCCAGCGGATTGATGTCGTAGCTCACCAGCAGGTTCTTGGTCTGCTGATAGTGATCCAGCATCATCTTGTGCGTCTCACGCCCAACCC‑CCGACTTCTTGTACCCGCCGAACGCGGCATGCGCCGGGTACAGGTGGTAGCAGTTGGTCCACACACGGCCAGCCTTGATGCCCCGGCCCATGCGGTAGGCACGGTTGATGTCGCGGGTCCACACGCCGGCGCCCAGGCCGAACTCGGTGTCGTTGGCAATTGCCAGCGCTTCGGCTTCGTCC > NC_002947/631906‑632199 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |