Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 689,978 | A→G | 7.0% | V220A (GTG→GCG) | PP_0591 ← | adenosine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 689,978 | 0 | A | G | 7.0% | 165.0 / 2.8 | 57 | V220A (GTG→GCG) | PP_0591 | adenosine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/25); new base G (2/2); total (30/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
ACCACGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCTGGGTGGGTGG > NC_002947/689836‑690124 | accacGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCAt > 1:163948/1‑149 (MQ=255) cacGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATgg > 8:262781/1‑149 (MQ=255) cacGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATgg > 2:148802/1‑149 (MQ=255) acGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAtcga < 1:92102/149‑4 (MQ=255) gCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGt < 2:163948/149‑1 (MQ=255) gCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCATGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGt > 1:229963/1‑149 (MQ=255) aTGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGttt < 2:64447/149‑1 (MQ=255) aTGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGttt > 4:211154/1‑149 (MQ=255) tCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGa < 1:214250/148‑1 (MQ=255) tCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGAt > 6:218245/1‑149 (MQ=255) tCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGAGCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGa < 2:63969/148‑1 (MQ=255) gATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATTCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTca < 3:211154/149‑1 (MQ=255) aTGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTcag < 7:262781/149‑1 (MQ=255) gCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGa > 1:148813/1‑126 (MQ=255) gCTGGCTCATATGGGCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGa < 2:148813/126‑1 (MQ=255) tGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCa < 4:106010/117‑1 (MQ=255) tGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCa > 3:106010/1‑117 (MQ=255) ggCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCg < 8:295052/122‑1 (MQ=255) ggCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCg > 7:295052/1‑122 (MQ=255) tCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAg > 7:19234/1‑145 (MQ=255) tCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAg < 8:19234/145‑1 (MQ=255) tCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCt > 4:227254/1‑149 (MQ=255) cGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATg > 1:119745/1‑149 (MQ=255) gAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAtcg < 6:3926/106‑3 (MQ=255) gAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGTGCGCGCCAtcg > 5:3926/1‑104 (MQ=255) gAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATg < 2:229963/148‑1 (MQ=255) acGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTc > 4:201415/1‑149 (MQ=255) gCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTcgggcgg < 3:227254/148‑1 (MQ=255) gtTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCcttctt > 7:140116/1‑149 (MQ=255) ttGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCttcttc < 5:218245/149‑1 (MQ=255) ttGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCAttcttc < 2:119745/149‑1 (MQ=255) ggACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGc > 4:311072/1‑149 (MQ=255) gACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGttt > 8:188909/1‑95 (MQ=255) gACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGttt < 7:188909/95‑1 (MQ=255) gACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGc < 3:59112/148‑1 (MQ=255) ggCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATgg < 8:140116/149‑1 (MQ=255) gCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCa < 1:114031/142‑1 (MQ=255) gCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCa > 2:114031/1‑142 (MQ=255) gATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGc > 7:194081/1‑149 (MQ=255) gCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCg > 3:306992/1‑149 (MQ=255) cTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGtt < 1:54180/65‑1 (MQ=255) cTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGtt > 2:54180/1‑65 (MQ=255) tcgATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGc > 1:124155/1‑119 (MQ=255) acgATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGc < 2:124155/118‑1 (MQ=255) gatgatGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGcc > 7:159071/1‑138 (MQ=255) gatgatGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGcc < 8:159071/138‑1 (MQ=255) cAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACAccc > 5:236357/1‑149 (MQ=255) tCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGaa > 6:182612/1‑137 (MQ=255) tCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGaa < 5:182612/137‑1 (MQ=255) gTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACt > 7:179866/1‑149 (MQ=255) ccTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCTAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTg > 1:12945/1‑149 (MQ=255) ccTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTg > 5:160800/1‑149 (MQ=255) gaccaTGGCGTGCGCGCCATCGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCATCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGc > 3:39678/5‑149 (MQ=255) gATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAATGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTc > 1:158694/1‑126 (MQ=255) gATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAATGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTc < 2:158694/126‑1 (MQ=255) gcgcgcACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCtgggtgg < 3:311072/149‑1 (MQ=255) gcACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCTGGgtgggtgg < 8:194081/149‑1 (MQ=255) | ACCACGCTCGAGCATGTCGAGGATGTTGTGCTGGCTCATATGGTCGAACACGCAGAGCTTGGTGTTGGACAGCGGGCACACCGTGAGCGGGATCTGCTCGTCGATGATGCGCTGCATCAGGCGCTCGTCCTCGATGGCGCGCACGCCATGGTCGATACGTTTGATCTTCAGCAGGTCGAGGGCTTCCCAGATGTACTCGGGCGGGCCTTCTTCGCCAGCATGGGCAACGGCGACGAAGCCTTCGCTACGGGCGCGGTCGAACACCCGCTGGAACTTGCTGGGTGGGTGG > NC_002947/689836‑690124 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |