Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 708,972 | A→G | 9.1% | V458V (GTA→GTG) | murJ → | lipid II flippase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 708,972 | 0 | A | G | 9.1% | 118.6 / 3.0 | 44 | V458V (GTA→GTG) | murJ | lipid II flippase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/20); new base G (2/2); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
GCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTC > NC_002947/708829‑709120 | gCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCAGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTTCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTActgct > 1:206899/1‑149 (MQ=255) aTCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTGCTGCTGGCGGGCAt > 5:121217/1‑149 (MQ=255) aTCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTGCTGCTGGCGGGCAt > 5:126107/1‑149 (MQ=255) ccTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGACAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAG‑GCTCATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCAGGCAc > 6:27798/1‑148 (MQ=255) ggTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTatat < 5:27798/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGTCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTgg < 4:13586/147‑1 (MQ=255) cGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGAAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAgg < 2:278826/149‑1 (MQ=255) tttGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGca > 2:23909/1‑149 (MQ=255) tttGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGc > 7:110106/1‑148 (MQ=255) gCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGTGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGcatc < 1:256109/148‑1 (MQ=255) cTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCTCTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGcatcat < 6:100772/149‑1 (MQ=255) ttCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTGCTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGc < 6:126107/148‑1 (MQ=255) ttCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTGCTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGc < 6:121217/148‑1 (MQ=255) ttCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCt > 7:80623/1‑149 (MQ=255) aaGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAgc < 8:110106/148‑1 (MQ=255) tGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCt < 8:30202/139‑1 (MQ=255) tGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCt > 7:30202/1‑139 (MQ=255) cAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACta > 1:18080/1‑105 (MQ=255) cAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACta < 2:18080/105‑1 (MQ=255) aGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGa > 8:297863/1‑137 (MQ=255) aGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGa < 7:297863/137‑1 (MQ=255) gTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCgg < 7:85171/149‑1 (MQ=255) cGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTg > 4:133432/1‑140 (MQ=255) cGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTg < 3:133432/140‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGTTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGTGCGCTGATCCTggc < 2:206899/149‑1 (MQ=255) ccTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcggg > 6:288170/1‑149 (MQ=255) ccTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGAGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcggg > 4:19790/1‑149 (MQ=255) ctggctggGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcgggc < 6:181755/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGa < 1:23909/149‑1 (MQ=255) ccTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGACGGCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggc > 1:179142/1‑130 (MQ=255) ccTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggc < 2:179142/129‑1 (MQ=255) tGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGc > 6:244946/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcg < 4:259100/126‑1 (MQ=255) cTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcg > 3:259100/1‑126 (MQ=255) tCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGc > 1:286567/1‑149 (MQ=255) gCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGcgtc > 6:167130/1‑127 (MQ=255) gCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGcgtc < 5:167130/127‑1 (MQ=255) gtgtTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCt > 3:166793/1‑149 (MQ=255) aC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcgggc > 3:122658/1‑108 (MQ=255) aC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTggcgggc < 4:122658/108‑1 (MQ=255) aC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTcc < 3:19790/148‑1 (MQ=255) aTGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCg > 3:232207/1‑149 (MQ=255) gcggTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCAttt < 5:244946/149‑1 (MQ=255) gTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTtcgc > 5:271550/1‑149 (MQ=255) aCTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTtcgctc > 7:296918/1‑149 (MQ=255) | GCATTGGCGATCAGCCTCGGTGCCTGCCTGAATGCCGGTTTGCTGTTCTGGAAGCTGCGCAGTCAGCAGCTGTTCGAGCCTCAGCCTGGCTGGGCAGTGTTCCTGCTCAAGCTTGTGTTGGCGGTGAC‑GCTGATGTCGGCGGTACTGCTGGCGGGCATGCACTATATGCCGGCCTGGGAGCAGGGCATCATGCTTGAGCGCTTCCTGCGGCTTGGGGCGCTGATCCTGGCGGGCGTCGTGACGTATTTTGGCTGCCTGTACCTGTGTGGCTTCCGGCCCCGGCATTTCGCTC > NC_002947/708829‑709120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |