| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 897,394 | G→A | 6.9% | A276T (GCA→ACA) | PP_0779 → | methyl‑accepting chemotaxis transducer/sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 897,394 | 0 | G | A | 6.9% | 168.1 / 2.2 | 58 | A276T (GCA→ACA) | PP_0779 | methyl‑accepting chemotaxis transducer/sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/26); new base A (2/2); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
AAGCGCATCGATGCCCATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGATAC > NC_002947/897247‑897536 | aaGCGCATCGATGCCCATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAggcggc < 4:208024/149‑1 (MQ=255)aaGCGCATCGATGCCCATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAggcggc < 3:141818/149‑1 (MQ=255) gATGCCCATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACCACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGgcgc < 8:202729/149‑1 (MQ=255) cccATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGACATCTGCCGCCtcg < 7:147530/149‑3 (MQ=255) ccATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTac > 3:36046/1‑148 (MQ=255) ctggctggAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTac > 1:125221/1‑133 (MQ=255) gctggAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGt < 6:131166/145‑1 (MQ=255) gctggAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTAcc > 2:269571/1‑148 (MQ=255) ggCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCTCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCa < 1:218059/149‑1 (MQ=255) cTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTg > 1:200857/1‑149 (MQ=255) cTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTg > 1:282022/1‑149 (MQ=255) tACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCg < 3:249923/149‑1 (MQ=255) aCAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTTGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGt < 3:235934/139‑1 (MQ=255) aCAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGt > 4:235934/1‑139 (MQ=255) cccGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAgg > 6:94234/1‑149 (MQ=255) cccGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAgg > 3:134418/1‑149 (MQ=255) cccGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAgg > 5:160680/1‑149 (MQ=255) ccGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGc > 6:14882/1‑149 (MQ=255) gATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGTGACATCTGCCGCCt > 5:216605/1‑107 (MQ=255) gATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGTGACATCTGCCGCCt < 6:216605/107‑1 (MQ=255) ttCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCg > 7:144966/1‑148 (MQ=255) tCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCg > 4:155971/1‑147 (MQ=255) gATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAg < 5:94234/148‑1 (MQ=255) gATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAg < 5:14882/148‑1 (MQ=255) cACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCAc > 6:231863/1‑149 (MQ=255) cACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCAc > 2:20870/1‑149 (MQ=255) cACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCAc < 2:282022/149‑1 (MQ=255) tgCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGAc < 4:36046/148‑1 (MQ=255) cTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTg < 1:269571/148‑1 (MQ=255) gTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGaa < 6:1640/130‑1 (MQ=255) gTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGaa > 5:1640/1‑130 (MQ=255) tACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCAc > 2:172620/1‑149 (MQ=255) aCAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCAcc > 5:47277/1‑149 (MQ=255) cAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCAcc < 3:155971/148‑1 (MQ=255) cAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCg < 6:160680/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGt > 5:53982/1‑149 (MQ=255) gtCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCg > 5:177517/1‑149 (MQ=255) tCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCAc < 8:66733/139‑1 (MQ=255) tCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCAc > 7:66733/1‑139 (MQ=255) aaGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGAt > 1:280878/1‑93 (MQ=255) aaGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGAt < 2:280878/93‑1 (MQ=255) gTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGa > 5:149246/1‑143 (MQ=255) gTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGa < 6:149246/143‑1 (MQ=255) tGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCg < 1:20870/149‑1 (MQ=255) aTCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTTGa < 1:172620/148‑1 (MQ=255) aCCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGAGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGc > 6:36428/1‑148 (MQ=255) ccGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGc > 7:56382/1‑147 (MQ=255) aCCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCaa < 5:45778/85‑1 (MQ=255) aCCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCaa > 6:45778/1‑85 (MQ=255) gTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGgccgc < 4:207835/149‑1 (MQ=255) tCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGgcc < 1:298147/146‑1 (MQ=255) tCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGgcc > 2:298147/1‑146 (MQ=255) cAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGCCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCCTGATGCCTGGACTGGAGGCTTCCATGCAAGAGgccgcc > 3:302829/1‑148 (MQ=255) gCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGgc < 5:36428/149‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGAc < 3:111547/132‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGAc > 4:111547/1‑132 (MQ=255) gCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGa < 8:144966/149‑1 (MQ=255) cGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGATa < 6:177517/149‑1 (MQ=255) cGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGATa < 4:134418/149‑1 (MQ=255) taGGCGACATCTGCCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGATAc > 3:91813/2‑149 (MQ=255) | AAGCGCATCGATGCCCATGGCCGGGTGATCTGGCTGGAGGCCTCGTACAACCCGATCTTCGATGCCCACGATGTGCTGTACAAGGTGGTCAAGTTCGCCACCGTGATCACCGACCAGGTCAACCAGGAGCTGGCAGTGGCCGAGGCGGCAGATGTCGCCTACAACACCTCGCTGGGTACCGATGTCAGTGCTCGCAAGGCCACCGAAGTGGTCACCCAGACTGTCACCGTGATGCGTGGACTGGAGGCTTCGATGCAAGAGGCCGCCGACGGCATCCAGGCGCTGGATAC > NC_002947/897247‑897536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |