Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,014,084 | T→A | 7.7% | H100L (CAC→CTC) | potF‑I ← | putrescine‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,014,084 | 0 | T | A | 7.7% | 147.7 / 3.3 | 52 | H100L (CAC→CTC) | potF‑I | putrescine‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/23); new base A (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 |
AGTCCACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAGGGTTTCATTGC > NC_002947/1013938‑1014222 | aGTCCACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGc < 8:111973/149‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCACTACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCAGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAg < 6:78177/149‑1 (MQ=255) ccACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCa < 3:179538/148‑1 (MQ=255) cACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGt > 7:297107/1‑149 (MQ=255) aCGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACTGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGt > 4:62952/1‑148 (MQ=255) gcgcGGTGTCGCCGAGCTCCGCCTTGACCTTGTGGATGTTGTAGCCAATACAGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGTGGCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGc < 6:70809/149‑1 (MQ=255) gTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCt > 2:73901/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGACAGTTAGGCAGCt > 8:133913/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATCTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCt > 5:220381/1‑149 (MQ=255) ttGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCtt < 1:66250/149‑1 (MQ=255) gTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTg < 1:73901/148‑1 (MQ=255) ccGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGAttt > 6:68257/1‑149 (MQ=255) cGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGAGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTg > 3:244932/1‑149 (MQ=255) cGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGAGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTg > 3:249247/1‑149 (MQ=255) aCCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAg > 6:39473/1‑149 (MQ=255) aCCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCa < 4:66022/148‑1 (MQ=255) ccTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAg < 1:153029/149‑1 (MQ=255) gTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGACAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCt > 6:300986/1‑149 (MQ=255) tCGATGTTGTAGCCAATACTGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCtt < 3:62952/149‑1 (MQ=255) gATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGc > 2:74533/1‑149 (MQ=255) gttgtAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCt > 2:150557/1‑149 (MQ=255) ttgtAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGcc < 1:148017/146‑1 (MQ=255) ttgtAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGcc > 2:148017/1‑146 (MQ=255) cAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGc < 1:150557/149‑1 (MQ=255) aTACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGAGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCg < 4:249247/149‑1 (MQ=255) aTACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGAGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCg < 4:244932/149‑1 (MQ=255) ccGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCggg < 6:220381/148‑1 (MQ=255) cGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAgg > 4:161649/1‑116 (MQ=255) cGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAgg < 3:161649/116‑1 (MQ=255) cacaGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGtt < 8:297107/149‑1 (MQ=255) gTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAgg < 5:68257/149‑1 (MQ=255) tACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGACAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAggg < 5:300986/149‑1 (MQ=255) gAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAaca > 6:153811/1‑149 (MQ=255) aaGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGGTGGAGGGGAacac < 2:33929/149‑1 (MQ=255) gTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCACCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTTGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCAcg > 2:232196/1‑148 (MQ=255) ccGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGaa > 4:129428/1‑149 (MQ=255) tCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGcc < 5:39473/149‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAg < 1:293513/116‑1 (MQ=255) tCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAg > 2:293513/1‑116 (MQ=255) aCCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGtcat > 2:73731/1‑149 (MQ=255) cTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGtcatc > 7:145040/1‑148 (MQ=255) cTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGtcatc > 4:175143/1‑148 (MQ=255) cAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGGAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAAc < 7:133913/148‑1 (MQ=255) cAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCgg < 8:212243/140‑1 (MQ=255) cAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCACTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCgg > 7:212243/1‑140 (MQ=255) cTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGc > 7:173360/1‑131 (MQ=255) cTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGc < 8:173360/131‑1 (MQ=255) tGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATc > 5:45193/1‑148 (MQ=255) gcagcaCCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAgg < 8:145040/149‑1 (MQ=255) ggTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAGGGTTTCATTg > 1:39608/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAGGGTTTCATTGc > 3:138927/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAGGGTTTCATTGc > 4:138462/1‑149 (MQ=255) | AGTCCACGGGCGCGTTGTCGCCGAGCACCGCCTTGACCTTGTCGATGTTGTAGCCAATACCGGTACTGCCCCACAGGTACGGGAAGCCGTACTGGTTGCCCGGGTCGTTCACCTCCAGCGCCTTGAGCAGCACCGGGTTGAGGTTGTGCCAGTTAGGCAGCTTGGATTTGTCCAGGCGCTTCAAGGCCTTGCCCTGGATCTGCCGGGCCATGAAATGGTTGGAGGGGAACACCACGTCGTAGCCGGAATTGCCGGTCATCAACTTGCCATCGAGGGTTTCATTGC > NC_002947/1013938‑1014222 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |