Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,074,382 | G→T | 7.4% | A158A (GCC→GCA) | gatA ← | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,074,382 | 0 | G | T | 7.4% | 165.0 / 3.6 | 54 | A158A (GCC→GCA) | gatA | glutamyl‑tRNA(Gln) amidotransferase subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/23); new base T (2/2); total (29/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 |
GTAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTC > NC_002947/1074247‑1074528 | gTAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCGCTGCCGTGGCCgcgc < 3:160865/149‑4 (MQ=255) tAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACgg > 5:197148/1‑136 (MQ=255) tAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACgg < 6:197148/136‑1 (MQ=255) tAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCCGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCGCTGCCGTGGCCgcgc > 1:59960/1‑145 (MQ=255) tAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCCGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCGCTGCCGTGGCCgcgc < 2:59960/148‑4 (MQ=255) cATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCCCCGgacg > 4:174297/1‑149 (MQ=255) cccAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGAcccg > 6:49373/1‑149 (MQ=255) cAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCTGGGCATGCCGATACACCCCCCGGTGTACGTTCCCGTTGTTGCGGGCAGCAGACGCGCCGCCACCGCAGCCGCCGAACCAACCGACCAcccgc > 1:90902/1‑149 (MQ=255) acacacGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACg > 3:186442/1‑149 (MQ=255) acacacGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACg > 2:226264/1‑149 (MQ=255) acacacGA‑CGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGt > 1:55372/1‑149 (MQ=255) acGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCt > 5:177053/1‑149 (MQ=255) acGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCt > 1:34569/1‑149 (MQ=255) tCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCAc < 5:49373/149‑1 (MQ=255) aGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGGCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGGGGTTCCACGGGttct < 7:288191/148‑1 (MQ=255) gCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCa < 6:177053/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCACT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCa < 1:186324/149‑1 (MQ=255) ccGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCAc < 4:186442/149‑1 (MQ=255) gTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACcgc > 7:260863/1‑149 (MQ=255) gTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACcgc > 4:175507/1‑149 (MQ=255) ttGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGACCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGt > 8:39139/1‑148 (MQ=255) gTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTg < 4:269323/149‑1 (MQ=255) ccGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGAt > 6:309526/1‑149 (MQ=255) gct‑ggctgGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTc > 4:94039/1‑149 (MQ=255) tggcGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGt > 7:184101/1‑115 (MQ=255) tggcGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGt < 8:184101/115‑1 (MQ=255) tggcGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGc > 6:261149/1‑149 (MQ=255) ggATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTg > 8:257904/1‑143 (MQ=255) ggATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTg < 7:257904/143‑1 (MQ=255) gATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAAc < 3:94039/149‑1 (MQ=255) aTCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAAcc > 5:94395/1‑149 (MQ=255) tCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCt > 1:317833/1‑130 (MQ=255) tCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCt < 2:317833/130‑1 (MQ=255) gAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCAt > 8:62098/1‑149 (MQ=255) cgccgGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGAGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGc > 5:76019/1‑148 (MQ=255) ccgGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGaa < 1:186780/149‑1 (MQ=255) ccgGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGaa < 5:261149/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAAc > 2:201053/1‑78 (MQ=255) ggTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAAc < 1:201053/78‑1 (MQ=255) tgtCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTg < 4:120592/128‑1 (MQ=255) tgtCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTg > 3:120592/1‑128 (MQ=255) tgtCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCg < 7:62098/149‑1 (MQ=255) gCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGt < 3:175507/149‑1 (MQ=255) ccGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTg > 2:196681/1‑149 (MQ=255) gcagcaGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAgg > 7:168180/1‑149 (MQ=255) gcagcaGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAgg < 2:34569/149‑1 (MQ=255) gcagcaGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAgg > 3:287252/1‑149 (MQ=255) agcagACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCTCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTTGTCTTGCCCAGGGt < 1:300430/149‑1 (MQ=255) gcagACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACt > 6:224532/1‑123 (MQ=255) gcagACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACt < 5:224532/123‑1 (MQ=255) cagACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGa < 6:94395/149‑1 (MQ=255) gtggttcgGCCGCTGCCGTGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGCACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGAc > 5:205121/7‑148 (MQ=255) gcgcgGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATg < 2:299221/110‑1 (MQ=255) gcgcgGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATg > 1:299221/1‑110 (MQ=255) gcgGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGcc < 5:309526/149‑1 (MQ=255) aCGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTc < 2:55372/149‑1 (MQ=255) | GTAGGCGATCATGCCCCAGCGCGACACACGACCGTACGTCGGCTTGAGGCCGGTGAGGTTGGTCAGTGCCGCT‑GGCTGGCGGATCGAGCCGCCGGTGTCGGTGCCCGTGGTGGCGGGCAGCAGACGCGCGGCCACGGCAGCGGCCGAACCACCGGACGACCCGCCCGGAACGTGCTCGAGGTTCCACGGGTTCTTCACCGCGCCGTAATGGCTGGATTCGTTGGCCGAACCCATGGCGAACTCGTCCATGTTGGTCTTGCCCAGGGTGACCATGCCGGCTTC > NC_002947/1074247‑1074528 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |