Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,120,470 | T→A | 14.4% | intergenic (‑212/‑90) | pepA ← / → PP_0982 | cytosol aminopeptidase/YjgP/YjgQ family permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,120,470 | 0 | T | A | 14.4% | 132.8 / 10.5 | 54 | intergenic (‑212/‑90) | pepA/PP_0982 | cytosol aminopeptidase/YjgP/YjgQ family permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base A (4/4); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 |
CCGCGTCGTCGCGCACCAGCGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTCAGC > NC_002947/1120323‑1120616 | ccGCGTCGGCGCGCACCAGCGGAATAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCttt < 8:128824/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGCTCACCAGCGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGGCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCg < 3:108845/149‑1 (MQ=255) cgcACCAGCGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCAAAGGCGAAcctcc < 4:255331/149‑4 (MQ=255) cACCAGCGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCAt < 2:105673/149‑1 (MQ=255) cGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCt < 7:127213/149‑1 (MQ=255) aaaGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGa < 3:29808/149‑1 (MQ=255) aaGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGAt < 7:181895/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGt > 8:287170/1‑148 (MQ=255) tGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGAt > 4:310404/1‑137 (MQ=255) tGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGAt < 3:310404/137‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGt > 8:100426/1‑149 (MQ=255) gtgGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGt > 7:112490/1‑123 (MQ=255) gtgGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCAAAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGt < 8:112490/123‑1 (MQ=255) gCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTa > 8:193827/1‑130 (MQ=255) gCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTa < 7:193827/130‑1 (MQ=255) gCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCAtt < 5:167093/149‑1 (MQ=255) gTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGc < 1:197907/149‑1 (MQ=255) aCAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTTACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGTTT‑CGACTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCa < 3:258941/149‑1 (MQ=255) cGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGcc > 2:66047/1‑149 (MQ=255) gcCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGc < 4:13181/133‑1 (MQ=255) gcCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGc > 3:13181/1‑133 (MQ=255) cTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCAAAGGCGAAcctcc > 6:271314/1‑82 (MQ=255) cTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCAAAGGCGAAcctcc < 5:271314/85‑4 (MQ=255) ccAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTTAAGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTg > 1:245586/1‑149 (MQ=255) atttGACTGGGGCGGTAAATCCATGTATAATGGGCGAAGTTTACATGGAGGTT‑GGCCTTGGGCTAACGGGAATTGGTCTTGTATGTATTATGTCTTTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGtt < 1:66047/146‑1 (MQ=255) gACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGAt > 5:93884/1‑149 (MQ=255) aCAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATc > 3:181797/1‑149 (MQ=255) gggCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGc < 3:54437/108‑1 (MQ=255) gggCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGc > 4:54437/1‑108 (MQ=255) gTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGt > 3:171436/1‑149 (MQ=255) tCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGt > 7:185141/1‑148 (MQ=255) tCAATAACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTATGGCGAACCGGAATTGGTCTTGGATGTACTAATTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCAGCACTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGAGCGTCTGTCGt > 2:91045/1‑148 (MQ=255) aaTCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCTAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTAt < 8:17010/149‑1 (MQ=255) caGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATgg < 1:17006/94‑1 (MQ=255) caGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATgg > 2:17006/1‑94 (MQ=255) aTAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCcgc < 4:181797/149‑1 (MQ=255) aaTGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCcgc > 3:263696/1‑147 (MQ=255) aTGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGa < 8:185141/148‑1 (MQ=255) aCTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTgg > 8:250646/1‑148 (MQ=255) ttACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCAc > 7:134705/1‑149 (MQ=255) aTGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGTGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCtt > 3:47314/1‑148 (MQ=255) aTGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCtt > 7:27214/1‑148 (MQ=255) ggAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCcgc > 2:135882/1‑129 (MQ=255) ggAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCcgc < 1:135882/129‑1 (MQ=255) ggAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAg > 1:107744/1‑149 (MQ=255) gAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAg < 2:237890/148‑1 (MQ=255) cggTT‑CGCCAAAGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAgg > 2:212350/2‑90 (MQ=255) cggTT‑CGCCAAAGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAgg > 2:207885/2‑90 (MQ=255) cggTT‑CGCCAAAGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAgg < 1:212350/89‑1 (MQ=255) cggTT‑CGCCAAAGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAgg < 1:207885/89‑1 (MQ=255) cGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGt < 4:263696/148‑1 (MQ=255) gCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTc < 4:171436/148‑1 (MQ=255) ccTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTCAg > 8:85875/1‑149 (MQ=255) ccTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTCAg > 4:139763/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGTGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTCAgc > 6:306525/1‑149 (MQ=255) | CCGCGTCGTCGCGCACCAGCGGAAAAGCTGCCAGTTTGAGCCTGTGGCAAGCGTGCTGACAACCCCGATGTGCGCCTTCGTACGCGGCCAAGTGACAGGGGCGGTCAATCACAGGATAATGCGCGCACTTTACATGGAGGTT‑CGCCTTTGGCGAACCGGCATTGGTCTTGGATGTACTAAGTCATTGTTTGGCGCCATTGCATGGCAGTCCGCCCTGACAACCCAGGAGTGTCTGGTTTGATCGTCTTTCGTTATCTGTCCCGCGAGGTCCTGGTCACCTTGAGCGCCGTCAGC > NC_002947/1120323‑1120616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |