Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,248,921 | G→T | 7.5% | intergenic (‑184/‑183) | PP_1089 ← / → bvgA | hypothetical protein/virulence factors transcription regulator BvgA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,248,921 | 0 | G | T | 7.5% | 187.4 / 2.2 | 60 | intergenic (‑184/‑183) | PP_1089/bvgA | hypothetical protein/virulence factors transcription regulator BvgA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/23); new base T (3/2); total (35/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTACTGCTGTACTCAACTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCTTTCGCTGGTAAATCGCCGCGCCAGCAAGCGTCCTGTCGGTTATCG > NC_002947/1248773‑1249067 | ttACTGCTGTACTCAACTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAgtgg < 1:242633/149‑1 (MQ=255) aaCTAAAGTCTGGTTTGTTTACCGGGGGTGGAATGATCGTCAGAGTACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGTGTGGTACtttt < 7:20076/146‑1 (MQ=255) aaCTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACtttttt > 5:243976/1‑148 (MQ=255) aaCTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACtttttt > 6:212431/1‑148 (MQ=255) aaCTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACtttt > 1:231350/1‑146 (MQ=255) aaCTAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACtttt < 2:231350/146‑1 (MQ=255) aaCTAAAGGCTGGATTGTTTACCGGGTGAGGAATGATCGTCAGAGAAACTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAATATCAGTATTAAACTGGTACGTTTATGTCAGTTTGTGTTACtttt > 8:20076/1‑146 (MQ=255) tAAAGGCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCgg > 1:221283/1‑149 (MQ=255) gCTGGATTGTTTCCCGGGGGAGGAATGATCGTCAGAGAACCTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGtaat > 1:300758/1‑148 (MQ=255) 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8:234810/124‑1 (MQ=255) cTCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGtt > 7:234810/1‑124 (MQ=255) tCGTTGTGTTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGaa > 1:217345/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGttt < 6:5946/148‑1 (MQ=255) ttGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGTGTGGTACCTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTg > 1:174882/1‑148 (MQ=255) ttGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTg > 8:247384/1‑148 (MQ=255) ttGCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTg < 4:258209/148‑1 (MQ=255) gCTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGt > 2:140522/1‑147 (MQ=255) cTTTTTCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTaa < 1:140522/148‑1 (MQ=255) tttttCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCATTATTCAACTGGTACGTTTATGTAAGTGTGTGGTACTTTTTTTCGTTAATAAGTAATTTATTTTTTACAAACATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGt > 7:14157/1‑149 (MQ=255) tttttCGACGTGTTTGAGTCGGAAGTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGt > 7:49389/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTTCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCttttt < 2:185056/139‑1 (MQ=255) tttCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCt > 3:33495/1‑149 (MQ=255) ttCCTTTGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCtt > 7:52650/1‑149 (MQ=255) tttGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCTTTCGc > 3:107947/1‑149 (MQ=255) ttGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCt < 5:10966/111‑1 (MQ=255) ttGCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCt > 6:10966/1‑111 (MQ=255) gCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATg < 2:208814/138‑1 (MQ=255) gCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATg > 1:208814/1‑138 (MQ=255) gCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCTTTCGCTg < 6:243976/148‑1 (MQ=255) gCTGAAGATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCTTTCGCTg < 4:107947/148‑1 (MQ=255) gATCAGTATTCAACTGGTACGTTTATGTCAGTGGGTGGTACTTTTTTTCGGTAATAAGTAATTTATTTGTTACAACCATAGTCATTGTGTGTAGGAAGTTTCTGTAAGTTCTGTAGGCTTTTTCTGTCCATGGCTTTCGCTGGTAAATc < 3:185879/149‑1 (MQ=255) 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> NC_002947/1248773‑1249067 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |