| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,403,590 | G→A | 8.6% | intergenic (‑56/+25) | PP_1227 ← / ← PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,403,590 | 0 | G | A | 8.6% | 160.4 / 3.7 | 58 | intergenic (‑56/+25) | PP_1227/PP_1228 | membrane protein/methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/28); new base A (3/2); total (28/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
ACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATG > NC_002947/1403453‑1403732 | aCAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCACGCCCGCGAag < 5:142592/149‑1 (MQ=255) aGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGa > 7:70012/1‑149 (MQ=255) aaaGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAAc < 6:132997/148‑1 (MQ=255) cccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTc > 2:50177/1‑149 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATATCGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAaga < 6:232286/118‑1 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAaga > 5:232286/1‑118 (MQ=255) ccTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTc > 2:118464/1‑148 (MQ=255) cTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCa > 1:93561/1‑149 (MQ=255) ttCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGGCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCa < 7:73196/148‑1 (MQ=255) gTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCctg < 2:93561/148‑1 (MQ=255) tGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCctgct > 6:33799/1‑149 (MQ=255) aTGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATc < 8:116604/137‑1 (MQ=255) aTGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATc > 7:116604/1‑137 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTgg < 1:97058/149‑1 (MQ=255) tCGAAGAAAGTGGATCGGGTTCGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCctgctgctg < 2:10848/148‑1 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAg < 4:105836/114‑1 (MQ=255) gaagaaAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAg > 3:105836/1‑114 (MQ=255) agaaTGTGGATCGGGTTGGTTTCGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATACCTATGGGGCGGGGCCGGTCAGGGCCGCTTCGC‑GGGCGTGCCGGCTATGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTg < 2:312429/148‑1 (MQ=255) aGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAg > 2:195307/1‑149 (MQ=255) gATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCgg > 6:20722/1‑149 (MQ=255) gggTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCa < 5:166264/149‑1 (MQ=255) tttggCATAAGTTGTGCTCGAGAATAACTATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTg < 1:179415/145‑1 (MQ=255) tAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGc > 3:220384/1‑149 (MQ=255) tAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGc > 5:142037/1‑149 (MQ=255) tgCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCg < 2:267411/148‑1 (MQ=255) cTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGAtt > 7:162081/1‑149 (MQ=255) cTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACACGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGAt > 3:83861/1‑148 (MQ=255) tCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGCCGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGAtt > 5:96784/1‑148 (MQ=255) tCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTAGC‑GGGCTTGCCCGCGAAGATGACCTGACAGGATAGACTCGAAACTGATCCATAAGCTACTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGTGCTTGGCTGATGCGTTCCTAtt > 1:87562/1‑148 (MQ=255) aaGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATg > 3:307279/1‑136 (MQ=255) aaGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATg < 4:307279/136‑1 (MQ=255) aGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATc < 5:20722/149‑1 (MQ=255) gAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCg < 8:70012/149‑1 (MQ=255) gAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCg < 6:142037/149‑1 (MQ=255) gAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCg < 4:220384/149‑1 (MQ=255) gAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCg < 1:50177/149‑1 (MQ=255) aaCGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCt > 8:189270/1‑149 (MQ=255) aCGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGCGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTgg > 1:42601/1‑104 (MQ=255) aCGAGGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTgg < 2:42601/103‑1 (MQ=255) gtgcggtgcCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCccagc < 5:33799/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCt < 1:118464/147‑1 (MQ=255) tCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCt < 1:287306/147‑1 (MQ=255) aGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTc < 1:195307/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTc < 7:189270/148‑1 (MQ=255) aGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACACGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCa < 4:83861/149‑1 (MQ=255) ccTCTTCGC‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtc > 7:238866/1‑149 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtct > 1:117426/1‑149 (MQ=255) tctTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtctc > 2:250804/1‑149 (MQ=255) ctTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTg < 3:163542/122‑1 (MQ=255) ctTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTg > 4:163542/1‑122 (MQ=255) ctTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtctc > 2:208992/1‑148 (MQ=255) ttCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCg > 4:53671/1‑148 (MQ=255) ttCGC‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtct > 6:132139/1‑146 (MQ=255) ttCGC‑GGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGtct < 5:132139/146‑1 (MQ=255) gc‑gGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGCCACGTCTCGAAt < 8:162081/148‑1 (MQ=255) gc‑gGGCACGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATg > 3:182687/1‑149 (MQ=255) gCGTGCCCGCGACGAGGCCCTTACAGGCTAGACGCGAAACGGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGAt < 8:300178/127‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGGGCCGATGCCTCGGCCTGCCCCGCCAGTGAt > 7:300178/1‑127 (MQ=255) | ACAGGGTGGCGGCGATCGAGGTGCGTAAAAGCCCTTGTTCGCTGGTGATGTCGAAGAAAGTGGATCGGGTTGGATTAGGCATAAGTTGTGCTCAAGAATAACGATGGTGCGGTGCCTGTCAGGGCCTCTTCGC‑GGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCCTGACAGGCTAGACGCGAAACTGCTCCATCAGCGCCTGCTGCTGGTTGGCCAGCCGGTTCAGGGCTTGGCTGATGCGTGCCGATTCATCGGCCTGCCCAGCCAGTGATTCTGTCACGTCTCGAATG > NC_002947/1403453‑1403732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |