Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,416,934 | A→C | 8.3% | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 → | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,416,934 | 0 | A | C | 8.3% | 167.1 / 3.9 | 58 | H61P (CAC→CCC) | PP_1239 | metallo‑beta‑lactamase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/26); new base C (2/3); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAA > NC_002947/1416790‑1417080 | aCGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTg < 6:63266/149‑1 (MQ=255) cACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATg > 4:300098/1‑149 (MQ=255) aCGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTTCCTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATg < 1:86467/149‑1 (MQ=255) aCGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATgg < 6:160853/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATggg‑gg < 1:99607/141‑2 (MQ=255) cAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑Gt > 2:99607/1‑141 (MQ=255) gtgACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCa > 3:114026/1‑149 (MQ=255) gACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACAAGCCGACCCCATGCACGTG‑GTCGGCATgttcgtgg > 8:50348/1‑141 (MQ=38) gACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACAAGCCGACCCCATGCACGTG‑GTCGGCATgttcgtgg < 7:50348/148‑8 (MQ=38) acGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACggtg > 5:279342/1‑147 (MQ=255) tCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTa > 3:35867/1‑148 (MQ=255) tCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAAt > 7:211612/1‑149 (MQ=255) tCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAAt < 2:272321/149‑1 (MQ=255) tGGTCGATTGCCGCTTATCCCTGCCTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCTCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTTCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCAAGAGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGAGCTACAAtct > 8:233096/1‑146 (MQ=255) gTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTAc < 8:211612/148‑1 (MQ=255) cGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTAcc > 8:137350/1‑149 (MQ=255) cTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCa < 4:114026/149‑1 (MQ=255) cTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCa < 3:52856/149‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg > 1:231171/1‑133 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg < 2:231171/133‑1 (MQ=255) ccTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAg < 3:300098/149‑1 (MQ=255) cTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg > 6:185434/1‑149 (MQ=255) cTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAgg < 6:279342/149‑1 (MQ=255) gTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACt > 5:22501/1‑149 (MQ=255) aaaCCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTg > 6:172390/1‑149 (MQ=255) cGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGCGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg < 1:42323/122‑1 (MQ=255) cGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGGAGTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg < 1:37500/122‑1 (MQ=255) cGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg > 2:42323/1‑121 (MQ=255) cGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCg > 2:37500/1‑121 (MQ=255) cggcgCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCAt < 5:185434/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGa < 5:200485/134‑1 (MQ=255) gcgcCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGa > 6:200485/1‑134 (MQ=255) ccTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATgcgc > 4:73657/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCaa < 4:35867/149‑1 (MQ=255) tgctCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTg < 2:268184/149‑1 (MQ=255) ctCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTg > 5:268455/1‑147 (MQ=255) ggggTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAgg < 6:268455/148‑1 (MQ=255) gCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAg < 2:139690/138‑1 (MQ=255) gCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAg > 1:139690/1‑138 (MQ=255) cagctcagctCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGtt < 3:73657/147‑1 (MQ=255) agctcagctcAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTtc > 7:242874/1‑149 (MQ=255) agctcagTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTcgc < 8:242874/148‑1 (MQ=255) tcagTGCAGTGCTGGTCAACCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTATCGCgtgt > 3:16580/1‑149 (MQ=255) gtgcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGc > 5:100558/1‑149 (MQ=255) tgcagtgcTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGc > 3:234304/1‑148 (MQ=255) gTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTg < 5:172390/147‑1 (MQ=255) aCCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCATCCAAGGGACTTTGCGCTGAATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCata < 7:233096/148‑1 (MQ=255) ccACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGcc < 4:152204/134‑1 (MQ=255) ccACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGcc > 3:152204/1‑134 (MQ=255) cACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCAGGTGGAGCTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATAACgg > 7:108784/1‑149 (MQ=255) aCGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGTCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCTTGTGGCCAAAGACTGCATATCgg > 5:64146/1‑148 (MQ=255) gcaagCCGACCCCATGCACGTG‑GTCGGCATGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGa < 7:26834/98‑1 (MQ=37) gcaagCCGACCCCATGCACGTG‑GTCGGCATGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGa > 8:26834/5‑102 (MQ=37) cATGCCGGCCACGTGCGTGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAGTGTTGCGGTCTAGCTCAGCCAAGGGGCTTTGCGCGGCATGGGCGGGGCGGTGGAGGTGGCCGGGTTTCTCGGGTGTGGCCAGCGCGTGCAGATCggggggct > 8:257816/1‑143 (MQ=255) ccGTCCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 4:179112/149‑1 (MQ=255) ccGACCCCGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 2:178072/149‑1 (MQ=255) ccGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGaa < 7:137350/149‑1 (MQ=255) ccACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTaa > 7:54120/1‑149 (MQ=255) | ACGGCACGCTGATCGCCAGTGGTGACACGTTCATCCTGGTCGATTGCGGCTTTTCCCTGCGTGAAACCGAGCGGCGCCTGGCGCTGCTCGGGGTTT‑CTGCAGCTCAGCTCAGTGCAGTGCTGGTCACCCACGAACATGCCGACCACGTGCATGGG‑GTCGGCTTGCTGTCACGGCGCTACAATGTACCGGTCTACCTCAGCCAAGGGACTTTGCGCGGCATGCGCAAGCCGGTGGAGGTGGCCGGTTTTCTCGCGTGTGGCCAAAGCCTGCATATCGGCAGCCTGGAAGTAA > NC_002947/1416790‑1417080 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |