Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,458,119 | A→T | 10.0% | intergenic (+19/+21) | PP_1276 → / ← algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,458,119 | 0 | A | T | 10.0% | 167.2 / 7.4 | 60 | intergenic (+19/+21) | PP_1276/algA | hypothetical protein/mannose‑6‑phosphate isomerase/mannose‑1‑phosphate guanylyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/28); new base T (2/4); total (28/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 |
TGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGA > NC_002947/1457979‑1458258 | tGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCTGACTCGCCCCTGGGCTGACCAggg < 3:181095/149‑1 (MQ=255) aCTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAACCCAGGG‑G‑c > 4:7959/1‑149 (MQ=255) aCTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGGCTGACCAGGG‑G‑c < 2:9788/149‑1 (MQ=255) ccACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAg > 8:100369/1‑148 (MQ=255) cacaAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGt > 6:144286/1‑148 (MQ=255) aGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCa < 7:100369/149‑1 (MQ=255) cATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCAtt < 3:249346/149‑1 (MQ=255) tCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTa < 2:66955/149‑1 (MQ=255) aGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGTGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACt > 2:122431/1‑149 (MQ=255) 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ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCt > 2:281425/1‑149 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCt > 6:170488/1‑149 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCt > 7:142564/1‑149 (MQ=255) ttCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCt > 2:48267/1‑149 (MQ=255) gAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTc < 7:222903/148‑1 (MQ=255) aaTTTGCAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCAc < 3:170992/149‑1 (MQ=255) aaGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAAc < 1:48267/149‑1 (MQ=255) gaggaTGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAAcgccgc < 2:210895/149‑1 (MQ=255) ggaTGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCgcgc < 6:228722/149‑1 (MQ=255) gatgatTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAAcg > 3:274522/1‑142 (MQ=255) gatgatTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAAcg < 4:274522/142‑1 (MQ=255) tGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATgg < 1:281425/148‑1 (MQ=255) gCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGGCG‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATgg < 1:241494/148‑1 (MQ=255) gCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑GCCGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATgg < 1:237323/148‑1 (MQ=255) cGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTgg > 7:12914/1‑149 (MQ=255) cGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTg > 7:224593/1‑148 (MQ=255) cTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGt < 8:142564/149‑1 (MQ=255) aGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTgcgc < 1:122431/148‑1 (MQ=255) gtggtgGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCAt < 8:12914/149‑1 (MQ=255) gtggtgGGTGCCCCAATCGACATCTACCGCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCAt < 6:32594/149‑1 (MQ=255) ggtgggtgGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATgggg > 3:79709/1‑131 (MQ=255) ggtgggtgGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATgggg < 4:79709/131‑1 (MQ=255) ggtcggtgCACCATACCACATATACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGCCTCGCCCCTGGTAAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCCATCGTCAACACCGCAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATac > 6:187308/1‑149 (MQ=255) ggtggCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAACCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACAt < 3:7959/149‑1 (MQ=255) cATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCACGG‑G‑CGAGTCAGCAATTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGaa > 5:45924/1‑149 (MQ=255) aTCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCa < 1:38150/127‑1 (MQ=255) aTCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCa > 2:38150/1‑127 (MQ=255) cTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGc > 4:239923/1‑65 (MQ=255) cTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGc < 3:239923/65‑1 (MQ=255) tACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTc > 2:191378/1‑82 (MQ=255) tACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTc < 1:191378/82‑1 (MQ=255) aCGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGt > 8:274679/1‑148 (MQ=255) gCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGc < 8:224593/149‑1 (MQ=255) ccGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCGGCATTTAATGCGCGATGGTCTTCACCGAAAAGACGCGCTCGAAGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCTAAGCGCTCGATGTCCTACTCGcc > 3:247327/1‑147 (MQ=255) cGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAg < 7:274679/149‑1 (MQ=255) gTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGc > 1:188552/1‑149 (MQ=255) gCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACt > 6:12474/1‑149 (MQ=255) gCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGc < 7:106637/147‑1 (MQ=255) gCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGc > 8:106637/1‑147 (MQ=255) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGt > 4:113140/1‑84 (MQ=38) tCGCCCCTGGGCTGACCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGt < 3:113140/84‑1 (MQ=38) gCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGTTGGTCTTCACCGAAACGGCGGGCTCGATGGGGGTGGAGGTGCGCCGATAGACATCCTCGAAGCGCTGGATGTCTTCGTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCTCCTCg < 5:187308/149‑1 (MQ=255) cccccTGGGCTGACCTGGG‑G‑CGAGTCAGGATTTACTGGGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATg < 1:312794/112‑1 (MQ=255) ccccTGGGCTGACCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCga > 1:172780/1‑149 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt < 7:133179/110‑1 (MQ=255) cccTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGAt > 8:133179/1‑110 (MQ=255) | TGACTGCCACAAGCATCAGGGCTGAATCCTTCGAATTTGAAGGGGAGGATGATTTGCAGCGACCTTTCAGGGTGGTGGGTGGCCCATTCGACATCTACGTCATAGCCCCGAGCGTTGAATAAGCAGGCTCGCCCCTGGTCAGCCCAGGG‑G‑CGAGTCAGCATTTACTGCGCGATGGTCTTCACCGAAACGCCGCGCTCGATGGGGGTGGACGTGCGCCCATACACATCCTCGAAGCGCTCGATGTCATCCTCGCCCAGGTAGCTCCCGGACTGCACCTCGA > NC_002947/1457979‑1458258 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |