Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,501,071 | A→G | 9.3% | F213S (TTC→TCC) | PP_1313 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,501,071 | 0 | A | G | 9.3% | 116.0 / 3.0 | 43 | F213S (TTC→TCC) | PP_1313 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/19); new base G (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACAACAACCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCACGGGCGACGTTGGCACCG > NC_002947/1500924‑1501217 | gACAACAACCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGaa < 1:305235/149‑1 (MQ=255) gACAACAACCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGaa > 7:45820/1‑149 (MQ=255) aacaacCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTg > 2:168620/1‑149 (MQ=255) caacCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGct > 4:172102/1‑149 (MQ=255) aacCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGctc < 2:58891/149‑1 (MQ=255) cccTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGGAGTGctcctc > 2:76275/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTcca < 8:45820/149‑1 (MQ=255) tctcGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTccagcactggc < 6:17125/149‑7 (MQ=255) 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2:184541/120‑1 (MQ=255) aTGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCt < 6:102799/149‑1 (MQ=255) tGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTg > 8:84296/1‑149 (MQ=255) gCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTgg > 4:182577/1‑149 (MQ=255) ggCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAg > 4:144153/1‑149 (MQ=255) ttGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCtt < 3:144153/149‑1 (MQ=255) 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tCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGCATGATAAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCg > 1:242078/1‑148 (MQ=255) gAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCAc > 1:111914/1‑149 (MQ=255) cTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCACGGGCGACGt < 4:168014/149‑1 (MQ=255) gTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCACGGGCGACGtt < 3:80947/147‑1 (MQ=255) cGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCACGGGCGACGTTGGCACCg < 2:111914/149‑1 (MQ=255) | GACAACAACCCCTTGGCTGTCTCGATGCGTAACCGTTGCAGGTAATGCAACGGCTTGTCACCTGTTGC‑GCCCTGGAAGCGGCGCATGAAGTTGCGGATGCTCATGCCGTGGTTGCGGGCCACATCCTCGAAGCGGAACTTGTCGGCGAAGTGCTCCTCCAGCCAGTGCTGGATCTGCAGGATGATCAGGTCCTGGTGCAGCTTCTGCCCGCCAAAGCCCATGCGCCCCGGGGTGTAGTTGCGTTGCACTTCGTAAAGGATATCGCGGGACACCGCACGGGCGACGTTGGCACCG > NC_002947/1500924‑1501217 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |