Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,544,107 | T→A | 8.2% | L304Q (CTG→CAG) | mdfA → | multidrug MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,544,107 | 0 | T | A | 8.2% | 137.1 / 3.9 | 49 | L304Q (CTG→CAG) | mdfA | multidrug MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/26); new base A (2/2); total (21/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
GTTGAGTACCCTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTGTTCTCCAGCGAAC > NC_002947/1543964‑1544238 | gTTGAGTACCCTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGcc < 8:2652/149‑1 (MQ=255) gTTGAGTACCCTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGcc > 4:85842/1‑149 (MQ=255) gTACCCTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATg < 1:298838/149‑1 (MQ=255) cccTGGAGTATGGCTTGTGGCAGTTGCCGTGTTTTTGCGGGGTGATACTCGGTAAGCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCTCTGCCAGACATGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGATGGCCTGTGCCTGATGGTg < 4:187504/149‑1 (MQ=255) ccTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGc > 5:299404/1‑149 (MQ=255) ttgAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCGTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCGGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTg > 2:21946/3‑149 (MQ=255) tGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTg > 2:26800/1‑149 (MQ=255) gAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGc < 7:129254/149‑1 (MQ=255) ccTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTg < 3:205258/148‑1 (MQ=255) gTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGa < 4:254424/149‑1 (MQ=255) gCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGtggtgg > 8:89312/1‑149 (MQ=255) cTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGc < 4:28961/149‑1 (MQ=255) gATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGa > 1:234498/1‑113 (MQ=255) gATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGa < 2:234498/113‑1 (MQ=255) cTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCAt < 8:112419/149‑1 (MQ=255) aaCCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCt > 4:90557/1‑149 (MQ=255) aCCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTg > 6:299502/1‑149 (MQ=255) cTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTa > 7:290838/1‑149 (MQ=255) tGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTAc > 1:277601/1‑149 (MQ=255) tcaACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTg > 6:301036/1‑149 (MQ=255) aaCCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTgg < 2:277601/148‑1 (MQ=255) ccGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGt > 4:200564/1‑149 (MQ=255) tATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTgg < 3:85842/149‑1 (MQ=255) gCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGt > 1:270006/1‑149 (MQ=255) ccGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGc > 8:221551/1‑98 (MQ=255) ccGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGc < 7:221551/98‑1 (MQ=255) ccGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTg < 5:299502/149‑1 (MQ=255) gATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc < 2:270006/149‑1 (MQ=255) aTCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc > 3:83900/1‑148 (MQ=255) gCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCaa < 4:83900/148‑1 (MQ=255) cTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATg > 6:44486/1‑149 (MQ=255) cTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCCGGTACTGGCCGAGCGTGACCAgtg < 1:22332/101‑1 (MQ=255) cTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCAGGTACTGGCCGAGCGTGACCAgtg > 2:22332/1‑101 (MQ=255) gaggatcAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTg < 3:276863/143‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTg < 5:44486/149‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCAGAGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc < 3:90547/139‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCAGAGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc > 4:94924/1‑139 (MQ=255) cGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCAGAGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc < 3:94924/139‑1 (MQ=255) cGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCAGAGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGc > 4:90547/1‑139 (MQ=255) cTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCt < 8:290838/149‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTTTACCGCAt > 7:289830/1‑149 (MQ=255) gTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTgg < 4:97508/118‑1 (MQ=255) gTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATg < 3:200564/147‑1 (MQ=255) gTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTg < 3:90557/149‑1 (MQ=255) gcgcgcTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTGtt < 6:299404/148‑1 (MQ=255) gcTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTGTTCTCCa < 5:301036/149‑1 (MQ=255) gCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTGTTCTCCAGCGAAc < 7:89312/149‑1 (MQ=255) ccATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCt < 5:203026/83‑1 (MQ=255) ccATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCt > 6:203026/1‑83 (MQ=255) | GTTGAGTACCCTGGAGTATGCCTTGTGGCAGTTGCCGGTTTTTTGCGGGCTGATCCTCGGTAACCTGATCATCAACCGTATTGCCGATCGCTACCCGCTGCCAGCCCTGGTGCGTGGCGCGCTCTGGCCATACCTGGCTGGCCTGTGCCTGATGGTGCTGGCGACCTGGTACTGGCCGAGCGTGACCAGTGTGGTGGCCGGCATGTCGCTGTACGCGCTGGGGTTGGGCGTGGCCAATGCAGTGCTGTACCGCATGACGCTGTTCTCCAGCGAAC > NC_002947/1543964‑1544238 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |