Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,583,344 | G→A | 6.6% | W178* (TGG→TAG) | ttgR → | HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,583,344 | 0 | G | A | 6.6% | 175.1 / 2.0 | 60 | W178* (TGG→TAG) | ttgR | HTH‑type transcriptional regulator TtgR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base A (2/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.50e-01 |
AGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGG > NC_002947/1583197‑1583490 | agcGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGC‑ACTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTgg < 1:2326/149‑1 (MQ=255) gTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGCAGCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATtgct > 1:216651/1‑149 (MQ=255) cGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGcc < 6:149449/148‑1 (MQ=255) gATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt < 4:106081/149‑1 (MQ=255) ccACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGa < 8:202691/138‑1 (MQ=255) ccACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGa > 7:202691/1‑138 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTAt > 1:30085/1‑127 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTAt < 2:30085/127‑1 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTAGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCt > 6:82724/1‑149 (MQ=255) cacaAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTAGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCt > 4:107379/1‑149 (MQ=255) acaAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTg > 6:114692/1‑149 (MQ=255) aGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTg < 2:216651/149‑1 (MQ=255) gggCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTgg < 5:69252/149‑1 (MQ=255) gggCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTgg < 6:183638/149‑1 (MQ=255) ggC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt < 1:46690/126‑1 (MQ=255) ggC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt < 1:51218/126‑1 (MQ=255) ggC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt > 2:46690/1‑126 (MQ=255) ggC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAgtgt > 2:51218/1‑126 (MQ=255) cTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATg < 6:307172/149‑1 (MQ=255) gCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGATAAATGGGt > 4:266170/1‑149 (MQ=255) gCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGt > 3:41238/1‑149 (MQ=255) gCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGt > 5:96740/1‑149 (MQ=255) tGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGaca > 6:89815/1‑149 (MQ=255) cGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGc < 5:89815/148‑1 (MQ=255) ccGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTg > 6:76074/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgct > 5:317806/1‑149 (MQ=255) gTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgctgc > 6:224571/1‑149 (MQ=255) ttGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATAtgctgc > 3:139485/1‑148 (MQ=255) gCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTgcgc < 7:95609/148‑1 (MQ=255) ccTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCtt < 5:224571/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCt < 6:96740/148‑1 (MQ=255) tGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCtt > 2:96056/1‑147 (MQ=255) aGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCg > 4:220912/1‑149 (MQ=255) tGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGGCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGct > 6:63775/1‑149 (MQ=255) gTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgc < 4:41238/148‑1 (MQ=255) gTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGGTTGCCTATGGCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGTGGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgc < 7:283609/148‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTAGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgcgc < 5:82724/149‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTAGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgcgc < 3:107379/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCa > 1:36023/1‑148 (MQ=255) gcgcgcGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAAt < 3:220912/149‑1 (MQ=255) gCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTaa < 7:236781/149‑1 (MQ=255) gCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTaa < 5:76074/149‑1 (MQ=255) gCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTaa < 5:114692/149‑1 (MQ=255) ccATGTTTGCCTATGTCGATGGCATGATCGGGCGCTGTATATTGCTGACTGACAGTGTCGATATGTTGGTTGATGAAGAAAAATGTGTATACACCGGTCTGGATATGCTGATCTTGAGCCCGGCTATGCGCAAATGACAATTATTTAAg > 8:52734/1‑149 (MQ=255) cTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAgg > 4:153996/1‑149 (MQ=255) tATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAggg > 7:263987/1‑149 (MQ=255) tGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAg > 4:281330/1‑149 (MQ=255) tCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAgg < 7:43688/144‑1 (MQ=255) tCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAgg > 8:43688/1‑144 (MQ=255) tCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAgt < 6:317806/148‑1 (MQ=255) cGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAgtgt > 3:97521/1‑149 (MQ=255) gATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGtt < 4:139485/149‑1 (MQ=255) aTGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGa > 7:20838/1‑119 (MQ=255) aTGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGa < 8:20838/119‑1 (MQ=255) gCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTTATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTcc < 6:28591/148‑1 (MQ=255) gATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgcgc > 6:149195/1‑106 (MQ=255) gATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTgcgc < 5:149195/106‑1 (MQ=255) tCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAAt > 8:193579/1‑108 (MQ=255) tCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTtgt < 7:52734/149‑1 (MQ=255) cGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTtgtg > 3:196820/1‑149 (MQ=255) cTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAgg < 4:196820/149‑1 (MQ=255) | AGCGCCAGAGTGCGGTGCTGGATTGCCACAAGGGCATCACCCTGGC‑GCTGGCCAATGCCGTACGCCGGGGCCAGTTGCCTGGCGAGCTGGATGTCGAGCGCGCGGCGGTGGCCATGTTTGCCTATGTCGATGGCCTGATCGGGCGCTGGCTATTGCTGCCTGACAGTGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGG > NC_002947/1583197‑1583490 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |