Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,585,171 | G→A | 7.3% | intergenic (‑158/‑218) | PP_1388 ← / → PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,585,171 | 0 | G | A | 7.3% | 157.6 / 2.5 | 55 | intergenic (‑158/‑218) | PP_1388/PP_1389 | EmrB/QacA family drug resistance transporter/oxaloacetate decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/23); new base A (2/2); total (30/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.18e-01 |
GTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGAC > NC_002947/1585025‑1585316 | gTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTGACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCg < 5:272493/147‑1 (MQ=255) ttGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGTGTGat < 8:52663/148‑1 (MQ=255) gcggcCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTCAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTa > 8:269352/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGCTCTCACTGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATCCCACAGAGGCTGaa < 7:269352/149‑1 (MQ=255) tcACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCt > 6:126150/1‑149 (MQ=255) acaGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTg > 1:279149/1‑149 (MQ=255) aaGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCAcc < 5:126150/149‑1 (MQ=255) aaGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCAc > 6:70726/1‑148 (MQ=255) gCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAg > 1:233548/1‑149 (MQ=255) cTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGtt > 6:220657/1‑149 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTgg < 2:279149/148‑1 (MQ=255) ggATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTg < 5:220657/147‑1 (MQ=255) tAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCtt < 6:1370/130‑1 (MQ=255) tAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCtt > 5:1370/1‑130 (MQ=255) aaCCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTgcagca > 2:206290/1‑148 (MQ=255) aCCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCata > 2:289552/1‑149 (MQ=255) ccTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCatat > 1:89336/1‑149 (MQ=255) aGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCATGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGcc > 2:143969/1‑149 (MQ=255) aGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCATGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGcc > 2:148710/1‑149 (MQ=255) gCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttt < 5:70726/148‑1 (MQ=255) cTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCata > 2:148955/1‑134 (MQ=255) cTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCata < 1:148955/134‑1 (MQ=255) cTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttttt < 2:233548/149‑1 (MQ=255) tATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTc > 4:143386/1‑149 (MQ=255) tATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTc > 1:33421/1‑149 (MQ=255) tGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTcc < 2:33421/148‑1 (MQ=255) gCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCca > 5:206209/1‑149 (MQ=255) gCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGAATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCAGCTGTCTCCca > 1:218168/1‑149 (MQ=255) cATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCATGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTcc < 1:148710/146‑1 (MQ=255) cATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCATGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTcc < 1:143969/146‑1 (MQ=255) cccTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCt > 7:187224/1‑149 (MQ=255) tGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTa < 1:206290/148‑1 (MQ=255) aGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCct > 3:202858/1‑149 (MQ=255) aGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCct < 1:60955/149‑1 (MQ=255) gATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCTCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTa > 6:301773/1‑143 (MQ=255) gATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTa < 5:301773/143‑1 (MQ=255) aTCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCctct < 4:202858/149‑1 (MQ=255) tCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCctct < 6:206209/148‑1 (MQ=255) cGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgc > 8:152508/1‑149 (MQ=255) ggCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgcc < 8:187224/149‑1 (MQ=255) ggCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgc < 2:89336/148‑1 (MQ=255) cATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTctgcctg < 7:152508/149‑1 (MQ=255) gcgcATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCGTGTTTTTCAGTCCTATGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATg > 4:197894/1‑148 (MQ=255) gcgcATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttttt > 6:216035/1‑106 (MQ=255) gcgcATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGttttt < 5:216035/106‑1 (MQ=255) gcgcATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATg > 2:313197/1‑148 (MQ=255) cgcATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTc < 3:143386/149‑1 (MQ=255) ttCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGc < 1:289552/149‑1 (MQ=255) tCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGa > 8:220247/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACATTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGAc > 7:109722/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGc > 1:96095/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGc > 2:298552/1‑149 (MQ=255) tGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACATTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATgg < 8:109722/149‑1 (MQ=255) tGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCAt > 7:159470/1‑122 (MQ=255) tGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCAt < 8:159470/122‑1 (MQ=255) tGCGTGATATAGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGAACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTTCCTGCATGTCGAGCATGACCGCACAGATGGCGAc > 3:177883/1‑149 (MQ=255) | GTTTTGTCTATGGCGGCCCTTCGCGGGCAAGCCTGCTCTCACAGAAGCCCTCGGATTGTAACCTGAGTTAGGTAGCTTCCTATGTACTATCTGCATCCCCTATGCAAGATCGGCATTGGCGCATTCATCCAGTGCTGCATGGCTGCGTGATATCGTTGGTATGCCACAGAGGCTGAAATCCGGGGCTTGCACCAGGTTGGTGCAGCATATTGCCGCAGGTTTTTCAGTCCGCTGTCTCCCACACCTTTTATTCCTCTGCCTGCATGTCGAGCATGACCGCCCAGATGGCGAC > NC_002947/1585025‑1585316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |