Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,597,536 | T→A | 8.0% | Q409L (CAG→CTG) | dctB ← | C4‑dicarboxylate transport sensor protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,597,536 | 0 | T | A | 8.0% | 146.5 / 3.1 | 50 | Q409L (CAG→CTG) | dctB | C4‑dicarboxylate transport sensor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base A (2/2); total (26/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 |
TTCCTCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGACATCTGCCCGAGTGCG > NC_002947/1597391‑1597679 | ttccTCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCACGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAACGGTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGt > 7:225322/1‑148 (MQ=255) ccTCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTc > 6:165670/1‑148 (MQ=255) tCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAg > 5:246902/1‑149 (MQ=255) tCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAg > 5:12726/1‑149 (MQ=255) cGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTc < 6:12726/149‑1 (MQ=255) cgcgcTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAgcgc > 2:277744/1‑149 (MQ=255) gcgcTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCt < 3:76161/149‑1 (MQ=255) gcgcTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCAGTTCCAGTGGCTCCAGCGCt > 5:40080/1‑149 (MQ=255) gcgcTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCAATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCt > 4:26949/1‑149 (MQ=255) tGCAAGGCCTTGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCTGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTcc < 5:176969/120‑1 (MQ=255) cAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCAt > 8:11714/1‑149 (MQ=255) cTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGAc < 5:165670/149‑1 (MQ=255) gTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCAt < 4:225670/149‑1 (MQ=255) gACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATgg < 7:11714/148‑1 (MQ=255) cAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGgc > 3:26856/1‑149 (MQ=255) cAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGgc > 6:149569/1‑149 (MQ=255) cAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGgc > 5:196383/1‑149 (MQ=255) tCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCAGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAg < 6:40080/149‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCGCGCAGGCGCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAagc < 4:185536/136‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAagc > 3:185536/1‑136 (MQ=255) ggCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATgg < 6:292674/119‑1 (MQ=255) ggCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATgg > 5:292674/1‑119 (MQ=255) gCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATg > 5:201497/1‑126 (MQ=255) gCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATg < 6:201497/126‑1 (MQ=255) cGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTc < 8:12465/149‑1 (MQ=255) gcAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGc < 1:277744/149‑1 (MQ=255) cAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCa < 1:148947/149‑1 (MQ=255) gCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATAc > 6:2538/1‑149 (MQ=255) gCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCAGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATAc > 2:301057/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGggtg > 7:196106/1‑149 (MQ=255) ggCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCAGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGggtg < 1:301057/149‑1 (MQ=255) cAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCggttgg < 5:149569/149‑1 (MQ=255) aaaGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCt < 7:244897/122‑1 (MQ=255) aaaGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCt > 8:244897/1‑122 (MQ=255) aaGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCggttggtt < 6:246902/149‑1 (MQ=255) aGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCggttggtt > 8:170364/1‑148 (MQ=255) ggTTTTCAGCTCGCTGTTAAGTGACGCCAAGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCATCGTCCTGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGa < 8:122680/149‑1 (MQ=255) aGGTGGCTGGTAAGTGCGGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTGCAGTTGCTCCTGCGCTTGCCTCGCTTCGTCATGGCGACCTTGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTTCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTg < 8:225322/149‑1 (MQ=255) gTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTggg > 3:90785/1‑149 (MQ=255) ggCTGCTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCAGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGCTTAATTTCGTGGGc > 1:303867/1‑148 (MQ=255) tGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATg > 4:246697/1‑149 (MQ=255) gTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCggttggtt < 7:238590/131‑1 (MQ=255) gTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCggttggtt > 8:238590/1‑131 (MQ=255) gTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCAt < 4:26856/146‑1 (MQ=255) aaGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCa < 2:155594/70‑1 (MQ=255) aaGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCa > 1:155594/1‑70 (MQ=255) gctgcCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGa > 1:226961/1‑149 (MQ=255) tGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGACATCTGc < 4:90785/149‑1 (MQ=255) gCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGACATCTGCCCGAGTGCg > 6:28434/1‑149 (MQ=255) gCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGACATCTGCCCGAGTGCg < 5:2538/149‑1 (MQ=255) | TTCCTCGTTGCGAAGGCGCGCTTCCAGCAGATGCAAGGCCTGGTCGACTACGGTTGCCAGGTCAAGGCGTTCGCGCAGGCCCATCGGGCTGTTGCGGGCAAAGGTTTTCAGGTGGCTGGTAAGTGCTGCCATGCGCGTGAGCATCTGTTCCAGTGGCTCCAGCGCTTGCCGCGCTTCGTCATGGCGACCATGGTCAAGCAGCAGGCGCAGGGTTTCCAGCTGCATACGTTGGGTGGTCAGCGGTTGGTTGATTTCGTGGGCCATGGCCGCCGACATCTGCCCGAGTGCG > NC_002947/1597391‑1597679 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |