Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,647,457 | C→T | 8.1% | R422H (CGC→CAC) | oprB‑II ← | carbohydrate‑selective porin |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,647,457 | 0 | C | T | 8.1% | 136.9 / 2.6 | 49 | R422H (CGC→CAC) | oprB‑II | carbohydrate‑selective porin |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/25); new base T (2/2); total (22/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
GCCAGCGGCTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTT > NC_002947/1647320‑1647593 | gCCAGCGGCTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGc < 3:180502/149‑1 (MQ=255) aGCGGCTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAgg > 2:32284/1‑149 (MQ=255) aGCGGCTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAgg > 6:218460/1‑149 (MQ=255) cTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTggg < 1:113248/149‑1 (MQ=255) cTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTggg < 1:32284/149‑1 (MQ=255) ccTTGGTTCGTACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTgggg < 3:203159/147‑1 (MQ=255) ccTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTgggg < 4:309746/147‑1 (MQ=255) cTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGc > 1:288095/1‑147 (MQ=255) cTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGc < 2:288095/147‑1 (MQ=255) cGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGt > 5:97999/1‑147 (MQ=255) gCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGa < 3:101742/148‑1 (MQ=255) ttCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGt > 2:107129/1‑149 (MQ=255) ttCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGt > 5:154406/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTc < 7:274638/148‑1 (MQ=255) aGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCgg < 3:294067/149‑1 (MQ=255) aTCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGt < 5:218460/148‑1 (MQ=255) gTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGaa < 6:97999/148‑1 (MQ=255) gTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAAt > 2:233808/1‑149 (MQ=255) ggTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGcc < 3:114327/149‑1 (MQ=255) tcCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAAt < 8:217592/149‑1 (MQ=255) tcCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGATCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGAGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGTAAAATTGAAAGCCGTaa > 6:267828/1‑148 (MQ=255) cGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATa > 8:146515/1‑148 (MQ=255) ggTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTc > 2:22242/1‑149 (MQ=255) gTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCg < 1:22242/149‑1 (MQ=255) 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tGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTgg > 1:264828/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGTGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGcc > 6:138650/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGTGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGcc > 6:133861/1‑149 (MQ=255) gccgccGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCg > 6:184529/1‑149 (MQ=255) gccgATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGt > 3:169755/1‑149 (MQ=255) cgATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTg < 2:264828/149‑1 (MQ=255) ccATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGTGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATa < 5:138650/149‑1 (MQ=255) ccATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGTGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATa < 5:133861/149‑1 (MQ=255) aTCGACCTGCGACAGCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATaga < 5:267828/149‑1 (MQ=255) tCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATagag < 1:107129/149‑1 (MQ=255) acCCCTCGCGGTTGGCGGATGTAATGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATAGAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGTCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATATAGGcc < 6:22878/140‑1 (MQ=255) acCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGATCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGACCGGGTTGTCGTACTCATAGACGcc > 5:22878/1‑140 (MQ=255) ccccGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTgg < 4:169755/149‑1 (MQ=255) cccgcccgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTa < 4:260084/126‑1 (MQ=255) cccgcccgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTa > 3:260084/1‑126 (MQ=255) cccgcccgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGt > 6:322835/1‑149 (MQ=255) ccgcccgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGtt < 5:184529/149‑1 (MQ=255) cgcccgGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCACCTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGtt < 1:233808/149‑1 (MQ=255) | GCCAGCGGCTTCCTTGGTTCGCACCTTCAGTGCTCATCGTAGGTTCTCCGTCAGGTCAAAAAAGGGGTTAGAAACTGCTCTGGATCTTCAGGCCGCCGATCAGGGCGCCATCGACCTGCGACACCCCGCCCGGGTGGCGGATGTACTGCAGGTTGGGGCGTACCGTGAGCCAGTCGGCCAAGTGAATGCCGTAATACAGCTCGGCGCTGTACTCGGTGTCCTGCA‑CTGGCAGGAAGCCCGGGTTGTCGTAGTCATAGAGGCCGGCGGCCTGGTT > NC_002947/1647320‑1647593 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |